RNA id: TCONS_00050613



Basic Information


Item Value
RNA id TCONS_00050613
length 118
RNA type rRNA
GC content 0.52
exon number 1
gene id XLOC_025746
representative True

Chromosome Information


Item Value
chromosome id NC_007114.7
NCBI id CM002887.2
chromosome length 62628489
location 52620058 ~ 52620175 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence


gctcattctgaaaacgtagtcgcGTGGACGTTACTGGAgacggttactcactgaagttaagcagggctgagcctgctcagtacctggatgggagaccacatgggaaaacaaggttgct

Function


GO: NA

KEGG: NA

Ensembl:

ensembl_id ENSDART00000116830

JBrowse2


Neighbor


RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00052379 lncRNA upstream 227853 52390252 ~ 52392205 (+) True XLOC_025739
TCONS_00052798 lncRNA upstream 231019 52377578 ~ 52389039 (+) True XLOC_025738
TCONS_00050604 lncRNA upstream 240586 52367302 ~ 52379472 (+) True XLOC_025737
TCONS_00052797 lncRNA upstream 355912 52224103 ~ 52264146 (+) False XLOC_025735
TCONS_00052378 lncRNA upstream 389905 52229866 ~ 52230153 (+) True XLOC_025735
TCONS_00052380 lncRNA downstream 186097 52806272 ~ 52809710 (+) False XLOC_025750
TCONS_00052799 lncRNA downstream 906790 53526965 ~ 53652401 (+) False XLOC_025761
TCONS_00052381 lncRNA downstream 985991 53606166 ~ 53632347 (+) False XLOC_025761
TCONS_00052382 lncRNA downstream 1011943 53632118 ~ 53649626 (+) True XLOC_025761
TCONS_00052383 lncRNA downstream 1491214 54111389 ~ 54111972 (+) True XLOC_025765
TCONS_00050611 mRNA upstream 16375 52545014 ~ 52603683 (+) False XLOC_025745
TCONS_00050612 mRNA upstream 17090 52545400 ~ 52602968 (+) True XLOC_025745
TCONS_00050610 mRNA upstream 80395 52528606 ~ 52539663 (+) True XLOC_025744
TCONS_00050609 mRNA upstream 123293 52487695 ~ 52496765 (+) True XLOC_025743
TCONS_00050608 mRNA upstream 130007 52475058 ~ 52490051 (+) False XLOC_025743
TCONS_00050614 mRNA downstream 64381 52684556 ~ 52700610 (+) True XLOC_025747
TCONS_00050615 mRNA downstream 82525 52702700 ~ 52732034 (+) True XLOC_025748
TCONS_00050616 mRNA downstream 117390 52737565 ~ 52801302 (+) False XLOC_025749
TCONS_00050617 mRNA downstream 133241 52753416 ~ 52801106 (+) True XLOC_025749
TCONS_00050618 mRNA downstream 186172 52806347 ~ 52883424 (+) False XLOC_025750
TCONS_00050578 other upstream 2544868 50069595 ~ 50075190 (+) False XLOC_025717
TCONS_00050573 other upstream 3487581 49132341 ~ 49132477 (+) True XLOC_025709
TCONS_00050561 other upstream 5159455 47460488 ~ 47460603 (+) True XLOC_025690
TCONS_00050528 other upstream 6984872 45635077 ~ 45635186 (+) True XLOC_025668
TCONS_00050515 other upstream 7731905 44888037 ~ 44888153 (+) True XLOC_025662
TCONS_00050620 other downstream 208737 52828912 ~ 52829006 (+) True XLOC_025751
TCONS_00050635 other downstream 1447348 54067523 ~ 54067639 (+) True XLOC_025764
TCONS_00050662 other downstream 2678868 55299043 ~ 55299158 (+) True XLOC_025787
TCONS_00050664 other downstream 2863338 55483513 ~ 55483647 (+) True XLOC_025789
TCONS_00050682 other downstream 5016199 57636374 ~ 57639448 (+) False XLOC_025808