RNA id: TCONS_00052388



Basic Information


Item Value
RNA id TCONS_00052388
length 353
lncRNA type sense_over
GC content 0.27
exon number 1
gene id XLOC_025820
representative True

Chromosome Information


Item Value
chromosome id NC_007114.7
NCBI id CM002887.2
chromosome length 62628489
location 58133227 ~ 58154489 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence


tcagtgaataaaatgtatgtgtttattggaattacatctaatttattcataaaatgtatttaaattttcagtgttttgtgggatcgactatttagtgtattctgacctggGGTGcgatcaaataaataatataaataaggtAGTAtctgatatataagggactaagccgaagtacaataaatgaatgaatgaataatataataaaatataaatgaaaaatatatgatGCATTCTAAAATGATATAAAGATATGAGAGCACATgcatgttaattaaaataaagtattacaaAAAGCAGTTTTAGGCGTAATGCTGTATTGTTCATGTGAATTTTCGTCAGCCTGATTGACTGCC

Function


GO: NA

KEGG: NA

JBrowse2


Neighbor


RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00052816 lncRNA upstream 141395 57994378 ~ 57995547 (+) True XLOC_025816
TCONS_00052815 lncRNA upstream 150095 57981258 ~ 57986847 (+) True XLOC_025814
TCONS_00052387 lncRNA upstream 368276 57766624 ~ 57768666 (+) True XLOC_025809
TCONS_00052814 lncRNA upstream 495852 57636374 ~ 57641090 (+) False XLOC_025808
TCONS_00052386 lncRNA upstream 496355 57636416 ~ 57640587 (+) True XLOC_025808
TCONS_00050700 lncRNA downstream 36783 58174077 ~ 58180383 (+) True XLOC_025821
TCONS_00052817 lncRNA downstream 50693 58187987 ~ 58192699 (+) True XLOC_025822
TCONS_00052818 lncRNA downstream 51360 58188654 ~ 58193860 (+) True XLOC_025823
TCONS_00052819 lncRNA downstream 73081 58210375 ~ 58212686 (+) False XLOC_025824
TCONS_00052820 lncRNA downstream 74011 58211305 ~ 58212686 (+) True XLOC_025824
TCONS_00050695 mRNA upstream 5418 58119571 ~ 58131524 (+) True XLOC_025819
TCONS_00050694 mRNA upstream 39469 58092212 ~ 58097473 (+) True XLOC_025818
TCONS_00050691 mRNA upstream 130804 57997980 ~ 58006138 (+) False XLOC_025817
TCONS_00050693 mRNA upstream 130809 57997996 ~ 58006133 (+) True XLOC_025817
TCONS_00050690 mRNA upstream 144957 57991074 ~ 57991985 (+) True XLOC_025815
TCONS_00050697 mRNA downstream 29994 58167288 ~ 58178161 (+) False XLOC_025821
TCONS_00050698 mRNA downstream 30009 58167303 ~ 58185030 (+) False XLOC_025821
TCONS_00050701 mRNA downstream 94266 58231560 ~ 58292496 (+) True XLOC_025825
TCONS_00050703 mRNA downstream 217558 58354852 ~ 58372651 (+) True XLOC_025828
TCONS_00050704 mRNA downstream 242156 58379450 ~ 58416968 (+) False XLOC_025829
TCONS_00050692 other upstream 138383 57997990 ~ 57998559 (+) False XLOC_025817
TCONS_00050688 other upstream 307023 57825939 ~ 57829919 (+) True XLOC_025812
TCONS_00050682 other upstream 497494 57636374 ~ 57639448 (+) False XLOC_025808
TCONS_00050664 other upstream 2653295 55483513 ~ 55483647 (+) True XLOC_025789
TCONS_00050662 other upstream 2837784 55299043 ~ 55299158 (+) True XLOC_025787
TCONS_00050699 other downstream 31229 58168523 ~ 58170414 (+) False XLOC_025821
TCONS_00050717 other downstream 565026 58702320 ~ 58710755 (+) True XLOC_025845

Expression Profile


//