RNA id: TCONS_00052820


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00052820
length 218
lncRNA type inter_gene
GC content 0.44
exon number 2
gene id XLOC_025824
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007114.7
NCBI id CM002887.2
chromosome length 62628489
location 58210375 ~ 58212686 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

CCagactcagagttcacagcagCTCCATCACTCATATAAGGAGGCAGATGCATTGAGTTGTTGCTCTTCATAGACAAACAGCTGAACTCTGGGGATGCTGCTCTCTGGTGGTCAACTGGAGCCTCGCTCTCCTCAATCACACTCATTTCACTGTCAGTTTTCATCTTCTCTTTTTCTGCAAACATTTCCTGGATGTGTAATTTGATTTTTTAGGTCTC

Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00052818 lncRNA upstream 17445 58188654 ~ 58193860 (+) True XLOC_025823
TCONS_00052817 lncRNA upstream 18606 58187987 ~ 58192699 (+) True XLOC_025822
TCONS_00050700 lncRNA upstream 30922 58174077 ~ 58180383 (+) True XLOC_025821
TCONS_00052388 lncRNA upstream 74011 58136942 ~ 58137294 (+) True XLOC_025820
TCONS_00052816 lncRNA upstream 215758 57994378 ~ 57995547 (+) True XLOC_025816
TCONS_00052821 lncRNA downstream 87352 58300038 ~ 58303363 (+) False XLOC_025826
TCONS_00052822 lncRNA downstream 87556 58300242 ~ 58305878 (+) False XLOC_025826
TCONS_00052823 lncRNA downstream 87568 58300254 ~ 58305878 (+) True XLOC_025826
TCONS_00050702 lncRNA downstream 132176 58344862 ~ 58353587 (+) True XLOC_025827
TCONS_00052389 lncRNA downstream 212314 58425000 ~ 58429124 (+) True XLOC_025830
TCONS_00050698 mRNA upstream 26275 58167303 ~ 58185030 (+) False XLOC_025821
TCONS_00050697 mRNA upstream 33144 58167288 ~ 58178161 (+) False XLOC_025821
TCONS_00050696 mRNA upstream 56816 58133227 ~ 58154489 (+) False XLOC_025820
TCONS_00050695 mRNA upstream 79781 58119571 ~ 58131524 (+) True XLOC_025819
TCONS_00050694 mRNA upstream 113832 58092212 ~ 58097473 (+) True XLOC_025818
TCONS_00050701 mRNA downstream 18874 58231560 ~ 58292496 (+) True XLOC_025825
TCONS_00050703 mRNA downstream 142166 58354852 ~ 58372651 (+) True XLOC_025828
TCONS_00050704 mRNA downstream 166764 58379450 ~ 58416968 (+) False XLOC_025829
TCONS_00050705 mRNA downstream 169886 58382572 ~ 58416867 (+) True XLOC_025829
TCONS_00050706 mRNA downstream 242742 58455428 ~ 58468835 (+) True XLOC_025831
TCONS_00050699 other upstream 40891 58168523 ~ 58170414 (+) False XLOC_025821
TCONS_00050692 other upstream 212746 57997990 ~ 57998559 (+) False XLOC_025817
TCONS_00050688 other upstream 381386 57825939 ~ 57829919 (+) True XLOC_025812
TCONS_00050682 other upstream 571857 57636374 ~ 57639448 (+) False XLOC_025808
TCONS_00050664 other upstream 2727658 55483513 ~ 55483647 (+) True XLOC_025789
TCONS_00050717 other downstream 489634 58702320 ~ 58710755 (+) True XLOC_025845