RNA id: TCONS_00052823


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00052823
length 542
lncRNA type inter_gene
GC content 0.49
exon number 3
gene id XLOC_025826
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007114.7
NCBI id CM002887.2
chromosome length 62628489
location 58300038 ~ 58305878 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

TCACAGTTCAGTCTGAACCTCACAAGGACATCCACTGACTCCTCGTACAATAACACCCTGTgctgttttactttatttctgaTTCCTGCGCCGGGATAATATTGTTATCTGTGTGCTGTATTGTGCGCGCGCACGATCTGCTGTTCATCACGCACGAGCTTCACAACACAACGACACAAGAGATCGGAGAGTGTGGAGCTCCTGCAGAGGCTGATGGAGAGCTCAGAGGACTGGCTGAAGTCCAGCGGTCTGTCTGTGTCTGACCTGCTGTCTCTCTGCACAACTGATGCTCCAGTctcagAGACCGGATCGGGGCTGAGCAGACAGCTGCAGATCAGCAGTGAGTCTCTGGCTCAGTTTGAGGAGCAGCTTTACATGTGAGCATCTTCTTCTTCACTCCACTGCACTCATCAGGAACACACTTCATCATCCTCACAGAAAGACGCTGTAAGAACATCACGCTCAATCATCTACCCATCTCTGAATGTTCTGATGGGTTTTTCTTGATTAAGCAGACACTAAGGGAACACTCTGTTTTCTCA

Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00052819 lncRNA upstream 87568 58210375 ~ 58212686 (+) False XLOC_025824
TCONS_00052820 lncRNA upstream 87568 58211305 ~ 58212686 (+) True XLOC_025824
TCONS_00052818 lncRNA upstream 106394 58188654 ~ 58193860 (+) True XLOC_025823
TCONS_00052817 lncRNA upstream 107555 58187987 ~ 58192699 (+) True XLOC_025822
TCONS_00050700 lncRNA upstream 119871 58174077 ~ 58180383 (+) True XLOC_025821
TCONS_00050702 lncRNA downstream 38984 58344862 ~ 58353587 (+) True XLOC_025827
TCONS_00052389 lncRNA downstream 119122 58425000 ~ 58429124 (+) True XLOC_025830
TCONS_00050707 lncRNA downstream 164057 58469935 ~ 58470519 (+) True XLOC_025832
TCONS_00052824 lncRNA downstream 248552 58554430 ~ 58595650 (+) True XLOC_025834
TCONS_00052825 lncRNA downstream 274711 58580589 ~ 58615939 (+) True XLOC_025835
TCONS_00050701 mRNA upstream 7758 58231560 ~ 58292496 (+) True XLOC_025825
TCONS_00050698 mRNA upstream 115224 58167303 ~ 58185030 (+) False XLOC_025821
TCONS_00050697 mRNA upstream 122093 58167288 ~ 58178161 (+) False XLOC_025821
TCONS_00050696 mRNA upstream 145765 58133227 ~ 58154489 (+) False XLOC_025820
TCONS_00050695 mRNA upstream 168730 58119571 ~ 58131524 (+) True XLOC_025819
TCONS_00050703 mRNA downstream 48974 58354852 ~ 58372651 (+) True XLOC_025828
TCONS_00050704 mRNA downstream 73572 58379450 ~ 58416968 (+) False XLOC_025829
TCONS_00050705 mRNA downstream 76694 58382572 ~ 58416867 (+) True XLOC_025829
TCONS_00050706 mRNA downstream 149550 58455428 ~ 58468835 (+) True XLOC_025831
TCONS_00050708 mRNA downstream 166427 58472305 ~ 58487848 (+) True XLOC_025833
TCONS_00050699 other upstream 129840 58168523 ~ 58170414 (+) False XLOC_025821
TCONS_00050692 other upstream 301695 57997990 ~ 57998559 (+) False XLOC_025817
TCONS_00050688 other upstream 470335 57825939 ~ 57829919 (+) True XLOC_025812
TCONS_00050682 other upstream 660806 57636374 ~ 57639448 (+) False XLOC_025808
TCONS_00050664 other upstream 2816607 55483513 ~ 55483647 (+) True XLOC_025789
TCONS_00050717 other downstream 396442 58702320 ~ 58710755 (+) True XLOC_025845

Expression Profile

//