RNA id: TCONS_00052389


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00052389
length 3955
lncRNA type inter_gene
GC content 0.35
exon number 2
gene id XLOC_025830
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007114.7
NCBI id CM002887.2
chromosome length 62628489
location 58425000 ~ 58429124 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

CCCTTTTTggctgttttgaaaaaaaaaaccctaatgtGATCCAAACCGTGAGACTTGCGATCCCTATACACCACTAGCCACCATGAAATAAACACAGCACAACTGTAATCGGTTCATCCATACAGTTTTATTTCCAGGCTTTTTGGTAACCCAAGTTCAATGTTAGTCAtgctgttacacacacacagcgatcAGAGATCTTCAGAAAGGCATTGGgtctagtctacactgcagtatTTCTAAGAAGAACCGCGCATATTCAGCACCAGTAATAATCAGATTGTGCATTCCTTCACTACGCATGTCAAATTTTACAATCATCAaccgctaataataataataataaataatgtagaaAACTATTCTTTTACTTAAAACATTGAACTCCGGTTCCAGGATGGCTGAAACAATCAACTCTGGATGGAGGAGGTAACCGATTTAATATCGTCAACAAATACTAACGTGGTCGTCGTCACCAGAAATTTGATTGTTTTCCCAGCAAGGTAGGTATTATTACAAGACAATCCCAAACTTGGTCTACATTTGGTAATTTAACCACTTTAACACTTTAATGAACACTGCtgaatgctttattttaataatattacaaaatcaaGAGCTGTATTTTTCCGCTGCACGCTATCATCTGATCATGCTTTCCAACACATCGCTGACCGAGAAGCACATCATCCTACAAAAGCTTGGATGGTGTATGAAAATAATGACAGGAGTTTAATGCCAAAAATCACTTATATAGCTGAAGGACGGCTGCGGAACAGTAGCACCATTTTCCaaaaccagtgtttcccaacagTGTTCCTGAAGACAcatcaacagtacacattttcaagcTCTCCCTAATCAACCAcatcatcagaacattagaagagactccaaaacctgaatgggtcagataagggagacatccaaaatactGTTGGTGcgtcttcaggaacagggttgggaaacagcATTCATAACACTGAAGCGATAAGCTCAGAAATGCAAAACACCACTTTTTTCATCCCTCATAAAACAATCTACAATCTATAAACACCTCCCTGTGACTAAAGGAATGGGTCAAATCAAAAACACTTTCCGTATATCCAGTCTGTCACTATCCTAGCTGTCTGACGCTATACGTCGATGGAAAACAGCTTGTTTACACAATCAACTCAAGGTATTTATGTACTCAAAAAGATCTGAGTTACGTATTAAATATCACATGAGCAGTGTTATGTGTTACCAAACACATAAGCCAGTAATAATCGGGTATTGTGGAACTATTAAACCACAAACTATTtcatgctacactgtaaaaaaaacatccattaattagcatttttttgtattttgtaattcatgtttttattcttttccatgtttatttctgcttttgaattgctttatgagatcttgatctttcttccaacaacttttaacattgaaaagtttgaaaaagtgacttttattgacatcttTAATAGTTTAAGGtcatatattgttttgtattgctACTAATacattgtaataaactgccattaGGTAGTGATCTACACTAGTTTTTAAcactagatggcgctctaggttagtttttaccactagatggtgctctaggctagctttttttaacagtagatggcgctctaggctagtttttttttaacaatagacGGTTCTCTAAGCTATTTTCTTTACAGCAGACTGCGATCTAGGTTAGTTTACcattagatggcgctctaggctagattttaatattagatggtgatctaggctagttttaaacactagatggcgctctaggctagttgtaTACAGTAGATGGACTTTATTACAGCAGACTGCGATCTAGGTTTTTAACATTAGATGGCGCTCTCGGTTAGATTTTATTATTAGAtggtgatctaggctagttttaaacactagatggtgctctaggctagtttttaacactagATGGTGATCTAGGTTAGTAGTTTTTAACACTAGATGGTgatctaggctagcttttaacattagatggtgatctaggctagtttttttaacagtagattaCCAGTAGATGgagctattgtttttttttgttttttacagcagactgcgatctaggctagtttttaagatTAGATAGCaatttaggctagtttttacccaTTAGAtggtgatctaggctagtttttaacaagaTGGCATTCTAGGCTACTTTTTTAACAGTAGATTACCAGTAGATGGTGCTAttgggtttgtttttttccaGCAGACTGTGATCTAAGCtagttgtttttaacagcaggtgacGTCCTTACAAATGGTTTGTTAGACATCGTCTgatgctaaaaactagcctatctgcagttaaatactagcctagagcatcgtctgatgctaaaaactagcctatatgcaattaaatactagcctagagcatcgtcttatgctaaaaactagcctatatgcattaaatactagcctagagcatcgtcttatgctaaaaactagcctatctgcagttaaatactagcctagagcatcaccTCATGCTACAATCTTGTCTATCTGCAGTTAAATACTAGCCTATTTAGAGTGCAGTCTGCTGTTgaatttaacaataaaattagacagagcagagatcaacatcccacaatgcaattcacaactgtaaaaaaaacaaaaaaaaaaaaacatggaaactgttaattaagagattttttttacagtgtagtcactTTCAATATCCGTCTATGctcaaaacaaacacattcatGTCCATCAAACTGAACTTTCTACTGCTGATCCTAAGcacaggagagaaaaaaaataaataaatctgaaaacaGTAAACGAACGGCAAACAAGAACATAAATAAAACCTCTCGACactaaatgaaaacaataaataaataaaaacgtaacTCAAAAATCCAAAAACTGACCACAGGTCTGTCTAAAGTGCATAGTATCACAGTGGTGTTTACATGAACGCCAAAACAAAAAGTGCTTGAGACTATTAGCTAGAGTGAGTGTGTTTGCGAACGCAGAGCCACGATTTGATCCGAACAAACTATTTACACAGATTTTCAAGCATATCGTTTACATTGACAGGAGCTGATTCCGCTAGCATATCAAAGCACTGAGGTAAAGAAGCAGCAAAACAGCAAACAGTATTGCTCGAATACAAGAGATCACCGTTAGTAACGTCATCGAAATCACATGCAGCATTTTCTATTATAAGTTAATAAGTATTGCATGTGAAATGTCTAGACACTTAAAATCTAAGGCTACATACACGGTCCTACTGAATTCCATTTTGTTTATATACGTATATATTTCTAATGTTTATCAAATGACTCTCATAAAAGAATATCTGGTTCATATTCCGTTATAAAAagcttgtcaatttttttttattactattattcctGTAACAGTGTTTTCTCGCACAATCTTAGATTTTAAATTAGCGCATTAAATACttctcagatattttttttttttacaaatttaatttgtgcATTAATGTAATGgcatttagattattatttttttaaatatgcaaatagaaTTGGGGATATAAAGCTGTTGCAAAAAATTGGAGAAACCCATTCTAAGATTTTCTAAATGCATTATTCTCGATTGAATCAACTTTGAgcttagtgtttaacagcagatgacgctctaggctagtttttaacatcagataggctagtttttaacattagCAATAGCAATTTAGGCATTTTTATAACAATAGTTTGAACTTTAGGTTAGTTTTTAGTAttagatggtgctctagtcttgtttaacagaagatcggctagtttttaacattagACTGCGATTTAGGCTAGTTGTTATCAATAGAGGGGGCTTTAGGCTGGATTTTAACATTTAATGGCAATTTaagctagcttttaacagcagctaggctagttttaaaaaatagcaatttatgcta

Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00050702 lncRNA upstream 71413 58344862 ~ 58353587 (+) True XLOC_025827
TCONS_00052822 lncRNA upstream 119122 58300242 ~ 58305878 (+) False XLOC_025826
TCONS_00052823 lncRNA upstream 119122 58300254 ~ 58305878 (+) True XLOC_025826
TCONS_00052821 lncRNA upstream 121637 58300038 ~ 58303363 (+) False XLOC_025826
TCONS_00052819 lncRNA upstream 212314 58210375 ~ 58212686 (+) False XLOC_025824
TCONS_00050707 lncRNA downstream 40811 58469935 ~ 58470519 (+) True XLOC_025832
TCONS_00052824 lncRNA downstream 125306 58554430 ~ 58595650 (+) True XLOC_025834
TCONS_00052825 lncRNA downstream 151465 58580589 ~ 58615939 (+) True XLOC_025835
TCONS_00052826 lncRNA downstream 159080 58588204 ~ 58624381 (+) True XLOC_025836
TCONS_00052827 lncRNA downstream 225400 58654524 ~ 58680069 (+) False XLOC_025837
TCONS_00050704 mRNA upstream 8032 58379450 ~ 58416968 (+) False XLOC_025829
TCONS_00050705 mRNA upstream 8133 58382572 ~ 58416867 (+) True XLOC_025829
TCONS_00050703 mRNA upstream 52349 58354852 ~ 58372651 (+) True XLOC_025828
TCONS_00050701 mRNA upstream 132504 58231560 ~ 58292496 (+) True XLOC_025825
TCONS_00050698 mRNA upstream 239970 58167303 ~ 58185030 (+) False XLOC_025821
TCONS_00050706 mRNA downstream 26304 58455428 ~ 58468835 (+) True XLOC_025831
TCONS_00050708 mRNA downstream 43181 58472305 ~ 58487848 (+) True XLOC_025833
TCONS_00050710 mRNA downstream 226251 58655375 ~ 58659343 (+) True XLOC_025838
TCONS_00050711 mRNA downstream 227188 58656312 ~ 58656994 (+) True XLOC_025839
TCONS_00050712 mRNA downstream 234818 58663942 ~ 58665324 (+) True XLOC_025840
TCONS_00050699 other upstream 254586 58168523 ~ 58170414 (+) False XLOC_025821
TCONS_00050692 other upstream 426441 57997990 ~ 57998559 (+) False XLOC_025817
TCONS_00050688 other upstream 595081 57825939 ~ 57829919 (+) True XLOC_025812
TCONS_00050682 other upstream 785552 57636374 ~ 57639448 (+) False XLOC_025808
TCONS_00050664 other upstream 2941353 55483513 ~ 55483647 (+) True XLOC_025789
TCONS_00050717 other downstream 273196 58702320 ~ 58710755 (+) True XLOC_025845

Expression Profile

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