RNA id: TCONS_00050716



Basic Information


Item Value
RNA id TCONS_00050716
length 545
lncRNA type lincRNA
GC content 0.49
exon number 2
gene id XLOC_025844
representative True

Chromosome Information


Item Value
chromosome id NC_007114.7
NCBI id CM002887.2
chromosome length 62628489
location 58694176 ~ 58695037 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence


GAAAAAGGCTCCTGTTGACCCTCAGAGAGCAGCATCTCCAGTGTTCAGCTGTGTGTCCATGAAGAGCAACAGATCCATGCATCAGCCTCCCCAATTCAGTGATGGATCTGCTGTGAGATCTGCGTCTGTTGATCTATGGATGAAGCAAACAGAACAGCAGCTCTTGCCTCATGAAAGTGAACTGCAGATGAATGAGACGAGACCTCAGCTCTGGCCTAATGGATGTGAACAACAGTTGAAGGACACAAGACCTCAGCCCTGGCCTACTGGAAATGAACAACAGTTGAAGGACACAAGACCTCAGCTCTGGCCTAATGGATGTGAACAACAGTTGAAGGACACAATACCTCAGCTCTGGCCTAATGGAAGTGAACAACAGTTGAAGGACACGAGACCTCAGCTCTGGCCTAATGGAAGTGAACTACAGTTGAAGGACACGAGACCTCAGCTCTGGCCTAATGGATGTGAACAACAGTTGAAGGACACGAGACCTCAGCTCTGGCCTAATGGATGTGAACAACAGTTGAAGGACACGAGACCTCAGC

Function


GO: NA

KEGG: NA

Ensembl:

ensembl_id ENSDART00000193377

JBrowse2


Neighbor


RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00052828 lncRNA upstream 11290 58682557 ~ 58682886 (+) True XLOC_025843
TCONS_00050709 lncRNA upstream 14107 58654598 ~ 58680069 (+) False XLOC_025837
TCONS_00052829 lncRNA downstream 16017 58711054 ~ 58712370 (+) True XLOC_025846
TCONS_00052832 lncRNA downstream 17663 58712700 ~ 58715206 (+) False XLOC_025847
TCONS_00052831 lncRNA downstream 17663 58712700 ~ 58715206 (+) False XLOC_025847
TCONS_00052830 lncRNA downstream 17663 58712700 ~ 58715206 (+) True XLOC_025847
TCONS_00052833 lncRNA downstream 111178 58806215 ~ 58811833 (+) True XLOC_025848
TCONS_00050712 mRNA upstream 28852 58663942 ~ 58665324 (+) True XLOC_025840
TCONS_00050710 mRNA upstream 34833 58655375 ~ 58659343 (+) True XLOC_025838
TCONS_00050711 mRNA upstream 37182 58656312 ~ 58656994 (+) True XLOC_025839
TCONS_00050708 mRNA upstream 206328 58472305 ~ 58487848 (+) True XLOC_025833
TCONS_00050706 mRNA upstream 225341 58455428 ~ 58468835 (+) True XLOC_025831
TCONS_00050718 mRNA downstream 138269 58833306 ~ 58835177 (+) True XLOC_025849
TCONS_00050721 mRNA downstream 289426 58984463 ~ 58989816 (+) True XLOC_025852
TCONS_00050722 mRNA downstream 356466 59051503 ~ 59052994 (+) True XLOC_025854
TCONS_00050723 mRNA downstream 422099 59117136 ~ 59167824 (+) True XLOC_025855
TCONS_00050724 mRNA downstream 716919 59411956 ~ 60282238 (+) False XLOC_025857
TCONS_00050699 other upstream 523762 58168523 ~ 58170414 (+) False XLOC_025821
TCONS_00050692 other upstream 695617 57997990 ~ 57998559 (+) False XLOC_025817
TCONS_00050688 other upstream 864257 57825939 ~ 57829919 (+) True XLOC_025812
TCONS_00050682 other upstream 1054728 57636374 ~ 57639448 (+) False XLOC_025808
TCONS_00050664 other upstream 3210529 55483513 ~ 55483647 (+) True XLOC_025789
TCONS_00050717 other downstream 7283 58702320 ~ 58710755 (+) True XLOC_025845

Expression Profile


//