RNA id: TCONS_00052868


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00052868
length 6968
lncRNA type inter_gene
GC content 0.39
exon number 2
gene id XLOC_025898
representative False

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007114.7
NCBI id CM002887.2
chromosome length 62628489
location 62054694 ~ 62061838 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

tttcactcatttatttattcattcactcactcatccattcattcacttattcattcattcacttattcattctttcactcatttatttattcattcactcactcatccattcattcacttattcattcattcacttattcattctttcactcatttatttattcattcactcactcatccattcattcacttattcattctttcactcatttatttattcattcactcactcaatcatttactcattcactcattcattcattcattctttcctgCATTTCTGATGtcgggtcgtgggggcagcagtctcaagAGAGAGCTCCAGACTtccctttccccagacacttcctccagctcctcctgggGGACATAGtctctccagcgtgtcctgggacttccccgaggcctcctcctggtgcgACACGCCTATAACagctccctaggtaggcgtccaggaggcttctgaaacagatgcctgagccacctcagctgacttctctggatgtgaAGGTGCAGCGGCTCtacataagagtgcgccctgccaccctgcgcaAGAACCTCATTTCGGCtccttgtatctgagatcttgtcctttcagtcatgacccaaagcccATGAGCAGAGGGGAGAGCAGGAGCGTAGACTGACCAGtcaatcaagagctttgcctttcagcttagctaaaattaaaatcaaCACACACAAGACGAAGGACTTCATtacaaaaatcttttatttacaatcttcaGAATAAGTCAACAGGATACACTGCCAGTTTAAACAGAACTCGTCTTTGAGACTCGATCATAAGCACTACAGAAAGTTGGCGAACGAGTAATAATAGTGAATGTCTCGCGGTGTTGCTGCTGACAGAAAATAATGAAGAACGGCTCATCAGGAGCTCGTATAACTTACACGACGGCGACTAAAACCGGCAGCCTTTCCCCCCCTGACAAGGAGATCCTCGTATCTTTGGATAAACACAGACGTGACGGCTGATGTCTTCGCTCAATACTTCATAAACATTCGACGCAGATCAAAACATTTGGATTTTACAAACGCTCCAAACGGAAGACTTTAATACAAGCCCAAACCCTGGCAGGGAATATGGATTGGATTTCATTGGCAAACGGTGGGCTTGTTTTCATATAAACGTATATTCATCTGTCTGTAGTTACATAGTGCAAATGGACACAAGCCCGCTGAAGATCAagatcagcatcatcatcatcaaaccgCGCGttgtttttcttcttcaaatCACTGAAACGGAGCCAAAATGGCGAAAGCGCGGCAACAAAACGCGCCATCAGGAGCTCTTCAAATACACCAGGTCagaaatcataaatatttaaagtatatacAAAGAAAGAACTTTTATAAAGCCTTTATGTCCTCAAATCAACATGAAGAATTCATATACCAGataacccagcaagcattttgtgtatgtgtgtgtttgtgtgtgtgcttaatAAACGTCTCGGCTAAAACAATGCTAAATAATTTAGCCTGAAAATGTAATAGACGCCTAACAATAGTCTATAGTCAAGAATGAATGACTTCACATATGAAGTGTGACTGATCTAGGTTATCTGCGAGATGTATCTGCTAAATCTGAGAACATCTTTACATGCTGTACTAAATGAACTTTCTAAACGTCTATTTAACGTCCAAAATGGACTGCTATTAGATGTTTTGCAGATGAGAAAACGCTCTACGTTGTCTTTCAGACCAAGTATTTTGTCCAAATATGAACATAAACACCAAAGATGCCTGCACAATGTGCAATTGTTAGACGTCTATAAGTGATTTTTGATGGCAGTCCAAATTTAGCCTCGTTTTAGGCGATTTAAATTGCATATAACATTTCCATGCATTTgggtttttaaaataaactgcagTCTAATCAATGTTgaatatattgcattttaaatgctcatctttttaaaatgcaattcagCTCATAGTAAAAAAATGACATGTATTCTGTTCGAAAAGTGGTTAAAATACAGCTAGCTCAAATGAGAAACTTAGATTTGCATACGAACATATAAATGTGGTTATTATGCATTTAAATCACATTCAGCTTATTGAAACTATAACACAAATCTTTAATTAAGCATAAATTACATATAGCAAGTTCATTACCTCCAAACGAATGGAAATTTTATAGGCAAATTCACAAAAGTCGAAATATTTCTGAGTGCTGTGAGGAGAAACGAAGTGTTTTTCCCTCTGTTGTATTGTTGTTTCTCTGAAAAGGTGCTCAAATGGCAAGACTTTCTAACATTCAACCTATAAACTCTATTAGTGTCTATTAATCTGCTGCTAGTGCTAACgttccattcacacggggcttcatcGTCAAAGCTTCCCATTcgctttgaatgggtgatgtcaggcgttgccgaaccacattgtggcgttgctcgctgcagaagttgggactagctcaacgtttcaagcgccgacggaagcgtcagccaatcagatcgctgtatgcaaatacaccagctagacagtggcctattgctgactgaattttattggctgacgcttctatgatgatcgcttcagccccaacttcagacacgccttcagtcaagcgttgacgctgaagcctcgtgtgaatggggcgtaagttttagctacttgtatcTTTTCCGTTATGTTCCTAAGAGCgcatatttattctttttaaaagatactaAAGCTTCTTCATTAGATACAAGACCTTACTTATTAGATACAGATACGGTTAATTACATGCTAGTACTTATTAATTAGATACTAGCACGTCTTTCAGTAGATAATAGtaattcatttcactttttagtCAGTGGATTACGGTGATCAATTATTGGAATACTGATCAGTTCAGACAGTTTAGTACGTCTGTCAATTGTtcctaatattatatatattagggttgggtgatgtcgaccaatttggcatcgtacgatgtctaatatgaaacatcgcgatggacgatggcaacATCGTCATTGGTGGCGGTGAATTAGTTATGAAtagttaattaatttataacaaataaattatttgtagcctaccgttttactACGTGACCCGCACGGTGTTTGTTTTACCCATTACCGAATCAAAATTGAATAAGGATAAGTTACACagataattaccacctgtcaatcactttttccgcgggactcttGAATAGgcgtgaataggcagagtgatctgtgtcgttataatggccttgacaaacttggttggtaaaaaaggtgcacaaccaacaggaaacACTtaaaaactaagacgtattagtgtaaacaggggctgagtgtgtatttttcgcgagcggatttgcaacagggGCAGGGCGGAGGATTCCGATGCCGGTTCAGCATCATGGTGTCTGTCAGCCAttggcgatggatgatggcatcgccTATCGGTCCaacccttttatatatatatatatatatattagggatgtcaCAATTTTGTAattcggtactgaaattttataAACGTCCATGTCATGAACATTTGAACGCTGTGTAACGAGTtcctaaacagcgctgatttaccACTGTGTTCacaagctcaacagaaatgactatgattggccgagaaggtcatcggTTCatcaaactcaccgctgtttactgagaataaccacagatacaggaacGTTTTAAAATCATGTCgatctataagctgacatacaatTGATCTGCTGATAAATCTCAGCATTGAAACGATccagtgttcctgtatctgtgattatactcagtaaacagcggtgagttcagtgaatttttttacaatttcagtACTGATAGTattgaattccagtattgtgacaaccctaatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatattaaatacaaccAGATATTCGTTACACTATAGTTTGCTTATTCCTAAATAGACACTAGTTTTAATTAgataaatattcattattaattgATTAGATAGCAGTAATCAATTAAATACGAGCACTTTTTAATTAATAGTAACAGATATTCAACAGTCACAACTGCCTTTGTGTTGTTTAATCAGAACTGTACACATTAGTTACTAGCAATTGTACTAGTAAAATACTGAAATATActtaatatagtatataataaatgtgtacttgttctttaaaaatgttattataacataaataataataaacactagCAGCTAATGGACGCAGGCTGgtatttaaaggcatagttcacccaaaatatgaACGTTTCCTCAACTTTCCTAAACGTTCATGAGTTTGTTTTCTCCTGTTGATGGGATATTGATCAGTTATTCTTCAgcatatcttcatttgtgttcggcagaagaaagaaactcgggTTTAAACCAAGTGACGGATGATTTCTGGGGTGAACTGTTGCTTTAATGGAAAAGATACCAGCTAAGAACATTCGTTTGAGCAGCAGTGTGAGAATAAACACTAGTAGAGTGTTCATATTAAATGCTGAAGAGTTTGCCATAGTGCAAAGAGTAAAGCAGAtctctacagtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgagcagagcgccatctgctggccaCCGACAGCGCAAAAACACCTGATCTTTTTAGAAGGGCagataaataacttaaataattcattaatttaatattttaataaagaggGTCCGTCGCTGCATCATCATCGGTTTACAGTGTGCATGATGAGCGCGTCATGAATTGTTGGGATAAAAAGCAAAGCAGAGGTTCCTGAAGTGAAGAGCTGGCTGTGTGCATGTGTACAGGTTTATATGGTTTACGGGGACACACATTTGTATACTGACTTGATTACACTGCTAaatgtgtcttgtttctagcccaaatacctaaaaattcttaaatcaagacgcATTTTCTTGATATAGGGGTGTTTTTTTCTAGAAGTaaattctttaaaacaaaataaatattttatttagcttattttaaggaaaaactggcTTTATTTTCACtccttatttctgaaaacaagccaatattttgtgcttgtccagaaaatgatttcaaaatgtgtagatatttagactagaaacaagacaaaaacacaaagtaGGAAGAGCATTTTCTGCAGTGTGTGGCCTAGTTGGGGGCTAGGCTGCATTATATTATCCCTCTATTTAAAAATGCaagaatgtatttaaaaataagcatttttcacTGTATAAATACATCACGCCTATGgggtgtccctgtaaaccatgtatacaagtGTTTGTGTTAGTCAAAGTGCTGTGTGTGTAAGTATatatggtttacagggacacaaagcTGTGGGTATGACTTGATTGTACTCTATCAAAGTGGTTTACAGGGTCGCATTTAAAACACTTAAAGATCATACTTAATGAGGTCGTTTGATATGCAAGTTTTGCTGCAGGTTGGCGTTTAGGGATACTTATTTACTGTATAATATACATTACACCCATGGAGTGTCGCTGTAAACCATGTATGTAAGTgtatatgtggtttacagggacacaaagttgTGGGTATGACTTGTACTCTATCAAGGTGGTTTACAGGGTCGCATCTCGTGTTCCTCTaatttaaaacacttaaacatcCAACATAACGAGGTCATTTTATATGCAGATATTGCTGTGAGGGTTAAACTGATATTAGGACCATATCATGAGAGGATTTTACTGTATGAAATGCATTACACCTAtggagtgtccctgtaaaccatgtatacaagtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgttgtcaaagTGCTGTGTAAgtatatgtggtttacagggacacaatgAGTATGACTTAGTTGTACTCTATCAAGGTGGTTTACAGGGTCGCATCTCGTGTCCCTCTAATTTAAAACGCTTAAAAGTCATACTTAATGAGGTCTTTTGATATGCAAGTTTGCCGCAGGTTtgctgtgagggttgagtttaggaaTAGGACCATACCATAAGCAggttttactgtataaaaatgcATTACACCTATGGAGTGTCCCTGCAAACCACGTAAACAAGTGTGTGTAAgtatatgtggtttacagggacccAAAGTTGTAAGTATGACTTAGTTGTAGTCTATTGAGGTGGTTTACAGGGTCGCATCTCGTGTCCCTTTAATTCTAAATCATACGTAGTGAGGTCTTTTGATATATAAACTTTGCCACAGGTTTACTGTGAGGGTTTGATTCAGGAGTGGATCATACCATAAGCagattttactgtataaaatacattactccaatggagtgtccctgtaaaccatgtatacacgcatgtgtgtgtgttcaagtggAAGGTGCCCAGTTTGATGATAATGTGCTggcagtcgtgtgtgtgtgtgtgttcaggtggaGGgtggaGGTGACGGTGGTGCCGCTGCCCAGTTTGATGATCATCTGCTGGCAGTCGTGTAGTGTGCGTTTGTCTCCCAGTTTCTCCAGTGTGCGCGCGGCGTCCGCCAGCATGCCCACCCTCTGCCCAGGAGCCGACAGGAAAGATGGAGGCAGAAACCGGCACGCCAACATCACCGCCTCCGCCTGCTCACGCTGACCCGGGTGGAGCTCACACTCTTCtgatcagaaacacacacacagcgagtTCAGGGTGAGAGGATAACACTAGTGGGATGATCATGAAGCAGTGTCCGGTGTAAAACGGAGTTAATTCAAGGTGTGTGCAAGTATATGTGTGCGTTAGTCcaagtgtgtgtgtattcatgtatgcatgtatgtttgtttgtttgtgtgcaagTATgtctgcatgagtgtgtgtgcgcttgcatatatgcatgtgtgtgtgtatgcatgcatgtatgtgtgtacatttatggatgtatgtatttatgtgtgtacacgtatatatatatatatgtgtgtgtgtgtgtgtgttcacctatTCTGGCTCCAGGAGTGGCGCGGCGGCGCAGACTGC

Function

GO:

id name namespace
GO:0006325 chromatin organization biological_process
GO:0044428 obsolete nuclear part cellular_component

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00052856 lncRNA upstream 670502 61364484 ~ 61384192 (+) False XLOC_025890
TCONS_00052396 lncRNA downstream 145996 62207834 ~ 62233239 (+) False XLOC_025904
TCONS_00052869 lncRNA downstream 166672 62228510 ~ 62241916 (+) False XLOC_025904
TCONS_00052397 lncRNA downstream 242204 62304042 ~ 62306549 (+) True XLOC_025908
TCONS_00052870 lncRNA downstream 306886 62368724 ~ 62384693 (+) True XLOC_025913
TCONS_00052871 lncRNA downstream 362497 62424335 ~ 62489117 (+) False XLOC_025914
TCONS_00050764 mRNA upstream 1380 62000822 ~ 62053314 (+) True XLOC_025897
TCONS_00050763 mRNA upstream 92861 61896514 ~ 61961833 (+) False XLOC_025896
TCONS_00050762 mRNA upstream 92861 61896514 ~ 61961833 (+) True XLOC_025896
TCONS_00050760 mRNA upstream 510944 61540527 ~ 61543750 (+) False XLOC_025895
TCONS_00050765 mRNA downstream 65143 62126981 ~ 62138955 (+) True XLOC_025899
TCONS_00050766 mRNA downstream 78239 62140077 ~ 62149828 (+) True XLOC_025900
TCONS_00050767 mRNA downstream 99411 62161249 ~ 62169060 (+) True XLOC_025901
TCONS_00050768 mRNA downstream 134834 62196672 ~ 62203711 (+) True XLOC_025902
TCONS_00050769 mRNA downstream 144020 62205858 ~ 62209351 (+) True XLOC_025903
TCONS_00050717 other upstream 3343939 58702320 ~ 58710755 (+) True XLOC_025845
TCONS_00050699 other upstream 3884280 58168523 ~ 58170414 (+) False XLOC_025821
TCONS_00050692 other upstream 4056135 57997990 ~ 57998559 (+) False XLOC_025817
TCONS_00050688 other upstream 4224775 57825939 ~ 57829919 (+) True XLOC_025812
TCONS_00050682 other upstream 4415246 57636374 ~ 57639448 (+) False XLOC_025808