RNA id: TCONS_00006010


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00006010
length 3150
lncRNA type inter_gene
GC content 0.29
exon number 2
gene id XLOC_002626
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007121.7
NCBI id CM002894.2
chromosome length 45420867
location 10784334 ~ 10787649 (-)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

atatatatatataatattattttgtatataaagttgaagttagaataaaagaaatttaaaactttttaaaaaccattttaaggtcaaaattattagcccctttaatttttttcaatagtctacagaacaaacaatcgttatacattaacttgcctaattacactaacctgtcTAGTAaacgtaattaacctagttaagcctttatgtgactttaagctgtatagtcttaaaaaaatatctggtaaaatttAGCTTAATATCATCAtggcaaaagataaaataaatcagttatcacaaatgagttattatgtttagaaatgtgttgaaataaatcttcactctgttgaacagaaattggggttggggggctaataactctaacttcaactgtataggtCTAAATTcacacttgtaaaaaaaaaagaactgcaattCTGAGAAGAAAAGTCTGAAATCACAAGATATAAACTCAAATAATTCCAATTATACTTTTTGCAACTTTTGGTTGTTTTTACAGTAGATcacaattaacatttttatttatattttcaatttATAACCAGCAGCAGAAACAAGCTTTCATAGTTTTGTGAAAAATGACACATTggtacaatttaaaaacaaaatcatgtaaaaaaaaaaaagataaaaagaaagcAGTTATCCTCTTGAACAAAACCTGACTTCATTGGCTTTGGTGctcaataaaacaagaaaacttGTGTTGACTGAACATGGTCCTTTAAAGCTATTGAAAAAGCAAATAATAAGAACAAAAgttaaataattaagttaaaaataaacatctGAAATCCCTCATAAAATCACGATTAACAATTAACACGTTTTTGGAGGCAAATCAGCCGTTGTGAGCATGATTTGTGGAATGAGCACCACAACCTAGTGGACAGACATGTGAACAACATGGCATTTACTACACAAGATCACCTTAAGAAGAATCagacacacacttgcacacacacaaactgatcTGTGGAAATGTTCACATTCAGACCGAGAAACAGAAAATGGAGTGTAATTGTTTTTTCAGtgaaaaaaatacacaacaatttaaaacaaaataaataaatacaaaattattcaCAGCACTGGCTGTCATGTTTCAAACAGCTAATGAATTTATAtggaaaacaatattattaatgtgattataaataAAACCCAGCAATCCCTCTTAAAACAAAGCTGAGTggatatttgtttgtgtgtgtgtctgcaaatGTGTGTCATTGTATAACACTTTAAATGGACTGTTTTTATTGAGTAAATGTGAAAGATTGTTCATTACGGAGTGTACTGTCCTTTAACTAAACAAATCATCAAGAGAGGCCTCAGCAAATGCTTTGCTGTCATAGGACACAAACTCAGAAAATATCATcgcaaagaaaagaaaatgtctgtaaaGCAGATTTCAGACATCACATTGTGTCTAAAATAAATAACTCAGTGCATAAGATGTGTTTTCCCTCTCTTTCACATGGCCAGAACGAAAACAAGAAACGCCAACAAGCTTAACGGACAACCAAAGCTCAACCCACAACAAATTATTACACTTCATTTGTTTACAAAATAGTTTTTCTTAAAAATCCAAGTGAGAAAGAAAAGGATGAACGATGAAATTAAAACCGAAAAAGGTGCCGATGGAAACAACTGCGTCTGATTGGCTGACTAACTAATGACATCACGGCTGCGCCCTTGGCTAGAAGTATCAGCTGACGTCTAAATCACATGTACAGCTGTGTGGGTGAATCTCACTTCATCACAAAAgaaattaaaagcatattttgtgtaaataaaaaaaagtaattttattacaTCATTGTGCTAAATTAGATTTATGCTAATTACTATGATAATGGTTTTTAAATTCTACATTttgtgaaaaacatttttgacatTGTGGTAATGACAATGATTTAATGTTGTTAAGGTAATGAAATTGTATTGTCATTACagcaatgtgaattttttttgtcattgtgatAATGAGGATGTTATTGTCATTATAGTATTAATAGCCATTGTCATTTGGCTAATGCTCTTTTTGTGTCACGgtaatgacAATGGTTATTGTTACAGTAATGACAATGGGTAATGTTATGGTAATGAGAATGaaattttattgtcattacagCAATGTCAATTAGATTCATTGTGATAATGAGAATGTTATTGTGTATTAGCCATAGTCATTTGATTAATGAGATTTTTGTGTCATGATAATGACAATGATATGATGTTAAGGTAATGagaattatatttttttgtcaatACACCAATGTGAATTAGATTTTCTGTCattgtgataattatattgttattgtgATTATTGTATCTTAGCCATTGGCATTTGGCTAATGAGACTTTGTGTCATGGTAATGACAATTATTTAATGTTGTTAAAGTAATGAGAATTAAATTTTATTAGCATTACAGAAATgtgaattagattttttgttataataatgagattattattgttattattgtatattagCCATTGTCATTTGGCTAACGAGATTTTTTTGTCGTTGCAATGACAATGATTTAATGTTGTTAAGGTAATGAGGACAACATGTTATTGTCAATACAGTAACGTGAATTAGACATTCTGTAATTATGATAATGAAAATTTTATTGTGATTATTGTATATTCACCATGAGATTTTGAGCTAATGAGATTTTTTTTGCCATGGTAATGACAATGATTTAATGTTGTTAAAGTAATGAGAATTACATTTTATTAGCATTACAGCAATTGGATTTTCTGTTATTATGATAATGagattgttattgttattattgtatattagCCATTGTCATTTAgctaatcagattttttttgtagtaATGACAATGATTTAATGTTGTTAAGGTGATGATAATGAAATTTCATTGTCATTACAGTAATGCAAATTAGATTTTCTGTCATTATAATAATGAGAATGTTTAGTGTAATTATAGTGTAAATAGAAGACTTCATTGTCAAATGGCTAAGAAGATTTTTTTGTCATGGTAATGACAATGACTTAACGATATTAAGAATAGGTAATGAGAATTAGATTTTTGTcattatgaaaattattattattattattatttaaatacagaacTTCACAGTCAATTCGCT

Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00006009 lncRNA downstream 70107 10712178 ~ 10714227 (-) True XLOC_002625
TCONS_00004883 lncRNA downstream 70113 10712178 ~ 10714221 (-) False XLOC_002625
TCONS_00004881 lncRNA downstream 205502 10564261 ~ 10578832 (-) False XLOC_002624
TCONS_00006008 lncRNA downstream 453203 10327167 ~ 10331131 (-) False XLOC_002623
TCONS_00006007 lncRNA downstream 453714 10324509 ~ 10330620 (-) False XLOC_002623
TCONS_00004895 lncRNA upstream 544320 11331969 ~ 11333113 (-) False XLOC_002632
TCONS_00006011 lncRNA upstream 1107724 11895373 ~ 11898575 (-) True XLOC_002638
TCONS_00006012 lncRNA upstream 2511190 13298839 ~ 13301973 (-) True XLOC_002642
TCONS_00006013 lncRNA upstream 4243357 15031006 ~ 15042748 (-) True XLOC_002656
TCONS_00006014 lncRNA upstream 4245323 15032972 ~ 15034960 (-) True XLOC_002657
TCONS_00004882 mRNA downstream 177216 10564447 ~ 10607118 (-) True XLOC_002624
TCONS_00004875 mRNA downstream 765540 9835679 ~ 10018794 (-) False XLOC_002620
TCONS_00004877 mRNA downstream 766214 9884403 ~ 10018120 (-) False XLOC_002620
TCONS_00004876 mRNA downstream 767986 9837292 ~ 10016348 (-) False XLOC_002620
TCONS_00004874 mRNA downstream 822846 9834896 ~ 9961488 (-) False XLOC_002620
TCONS_00004884 mRNA upstream 73110 10860759 ~ 10863936 (-) False XLOC_002627
TCONS_00004885 mRNA upstream 73110 10860759 ~ 10864331 (-) True XLOC_002627
TCONS_00004886 mRNA upstream 91888 10879537 ~ 10969444 (-) False XLOC_002628
TCONS_00004887 mRNA upstream 93016 10880665 ~ 10969596 (-) True XLOC_002628
TCONS_00004888 mRNA upstream 213245 11000894 ~ 11012000 (-) True XLOC_002629
TCONS_00004879 other downstream 451907 10319308 ~ 10332427 (-) False XLOC_002623
TCONS_00004880 other downstream 454780 10329464 ~ 10329554 (-) True XLOC_002623
TCONS_00004869 other downstream 1246008 9534782 ~ 9538326 (-) False XLOC_002618
TCONS_00004859 other downstream 1642655 9141565 ~ 9141679 (-) True XLOC_002611
TCONS_00004856 other downstream 1694698 9037358 ~ 9089636 (-) False XLOC_002608
TCONS_00004903 other upstream 973731 11761380 ~ 11764439 (-) True XLOC_002636
TCONS_00004913 other upstream 2517416 13305065 ~ 13305183 (-) True XLOC_002643
TCONS_00004918 other upstream 2819378 13607027 ~ 13607143 (-) True XLOC_002646
TCONS_00004919 other upstream 2824484 13612133 ~ 13612248 (-) True XLOC_002647
TCONS_00004920 other upstream 3143920 13931569 ~ 13931696 (-) True XLOC_002648

Expression Profile

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