RNA id: XM_021579770.2


Basic Information

Item Value
RNA id XM_021579770.2
length 5649
RNA type mRNA
GC content 0.40
exon number 9
gene id LOC110501907
representative False

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_048586.1
NCBI id CM023240.2
chromosome length 52474311
location 43501793 ~ 43549935 (+)
genome version USDA_OmykA_1.1_2020_rainbow_trout_Genome
species rainbow trout
(Oncorhynchus mykiss)

Sequence

AATAAATCAAACTGGCAGTCGTAGAGCGAGCTGTCAAATGCTTGTTGCTTGTGTCAAATCTGTGCTACAAAGTAACGAAGAGAAATCAAGTACCTGGTTGTTTTCCTGTTAAAGTGTTTATAGCTAGGTAATACGACAATAATTAAGTGGACCATTGAACAGCACCTTGCCCTCTTCACTTCACGTGATGACGAGGTCACCAACAGAAAGTGCTTTTCACATAACATCTTCAACTTCAACCTGCTCTCTGGTCTAAATGTGCATGGGAAGCCAACCCTCCCTTCTAGGCCAGGTCTGAGCAGTGCCGGGATACTTCAGCTGCAAATCTTCAGCCGCCTCCAATTTATTTCTGAACAACTCCAGTGGCTAAGGTATCCCAAGGGGAAAGATTTACTGGAGGGGAGAACTACCAAAGCACAAATTGTGAGAAGTTGGCAAAGTCAATACCAGGCAAGTCTTCATTAATATTCTTTCAAGGAGCGCCATTGCCTCGACACACCATTAATGAGAGAGTCCTtgtcagtggaggaggatagaCACACTGTTGTGTCACAGAGCAAGCCCTCAACCCTTCCAGAGGTTTCCCATTGGTGCAAACTGATTGATGAGTGATTGCTCGTTGATTGATTAGCCTTCCTCCCAGCTGATGCAGTGAGGCCAGTCTGGTTGCTTCATATGATTTGTAAACTTTTCAAGCACTAATCAGACAGAGACAAAAGTTGTGAACTTTTTTTTTATGTGTTGCCGTTTTTTGAGTTAAGAGTCAACTCAACTGATACATTGGACTGGCAGCGGTCGATTGGAACCTCTTGACATGGCTCTCAATATATCTTCAGTAAGGGACACAAAATGGCTGACGTTGGAAGTGTGTCGGCAGTTTCAGAGAGGAACTTGCTCACGGAGTGATGAGGAATGCAAATTTGCACACCCACCAACGAGCTGCCAGGTTgaaaatggaagagttattgccTGCTTCGACTCGTTAAAGGGTCGTTGTTCAAGAGAAAACTGTAAGTACCTTCATCCACCTTCTCATTTAAAAACCCAGCTAGAGATTAACGGACGCAACAACCTCATCCAGCAGAAGACGGCAGCAGCCATGCTGGCCCAGCAGATGCACTTCATGATCCCAGGCACGAGCATGCAGCCTGTACCTGCGTTCAATGTCACCCAGGGGCTTGGTACGAGCCCAGGTCTAAGCTACTCTCCTTATCTTACACCCATGACCTCCATGAGCCATGGGATGAGCCTGATACCCACAGAGCTGCTCCCCAACACCCCAGTCATGGTCCCTGGAAGCCCCCCGGTCACACTCCAGAGCTCAAACTCggcctcctcttccccctcacaGAAGCTATTGCGCATCGACAAACTGGAGGTGTGTCGTGAGTTCCAGCGGGGGACCTGTGCGCGAGGCGAGACGGACTGCCGCTTCGCCCACCCCAGCGACAGCCCCATGATCGACACCAGCGACAACACGGTCACCGTCTGCATGGACTACATCAAGTTGCGCTGCTCCAGGGAGAAGTGCAAGTACTTCCACCCCCCTGCACACTTACAGGCCAAAATCAAATCCTCTCAACACCAGGTCAACCATACGGCTGTGGCAGCCCAGGCAGCAGCTGCAGCCATGACTCAGTCGACTGCCAAAGCAATGAAGCGAACCTTCGAGGCAACTGTAGACCTGCAGGCATTCCCTTATGGCTGCCTGCAGCCCCTACCAAAGAGACAAGCACTGGAGAAGAACCACGGGGCCAGCTCCTTCTTCAACCCTAGTATGTTGCACTACCAGCAGGCTCTGGCCAATGCACAGCTCCAGCAGACAGCTGCGTTCTATCCCACAGTACCCATGATGTACAGTGCTACGCCTGCTACTGTCTCTGCAGCAACTACTCCTGCCACAAGTGTTCCCTACGCAGCAACAGCACCAGCCAATCAGATCATCCTCAAGTAACTAACAGGAAAGGAACAGAGTGTCAAGACGCTGCCCTTAGAGGTCCCAAACAGCCCGTCTGTAAATACTACATTTGCTCCACAAGAGAACTACAGCAACCTGCATGCTGAGAAGAAGATTAGAGGCAATGTATAACATTGAGTtatggtaaaatatatatatatacagatgaTATACCAGTGTTGCTAGGACTACTACCATTACTGATATGTAAATGTATGATTTTATTATATGTATACACACATGATTGGGGATTCTGAAAATGTAATTGTAAAGGTATTCAACAATTACTTTTATGACCTTTTTAATGTTTTGCTAAAACTACACAACTCACCCAACATTTTTTGCAGAATTGATTGTGCATCTTAAGTGTTTGATTCCTTTTATTTAAAACAGACCATTGAAAAGCTCTCTTGTTTTTTTTACCCCATATACAAATGTACACTTGGCCTGTGCGTCAGGCTGGAAAGGAGTGCTCTTCTTGTTCTTGTAAAGGATGAATGTGACGGAGGATGGatagtctgttgttgttgtttatccgATGGTTGTTCTCTGAGTATAGGATCACTGCTCCCCCTCCCGGTGTGCCTTGGTCCCTTTATGATGAAGGAATAAGACATGATAACGGCAGAACATTTCATTATTCTACCTTATGGTGGCCAAATGGCAGTGATGTAATCAGCCACTAATTCCAGAATTGATAATGAATCTAGCGATCACTGGTTCCAAGTGTCTGTTTGCGTTGCACTGTTTGCGTTATGTCTACTGGGCCCTGAGTATTTTAGCATTCATCCAAGAAATACCAGATGCGCCAATCACCTAGCAGAGTGATTGGTGGGCTGAAAATAAGCCGCCTTAGAGGATTTGAAAGTCTGAGTAAGAGTTTGGTGAGCTATTAGACATTTTAAAGGGTTAGGTGGTTATACTCCGAGGCCACAGACATTAAAGGGGGAACAGAATGATAAGACTTCAACGGAAAGGTACAGTACATGTGGTGAACTTTGTTAAAAAGGCTGACTTACGCATGACGGGAGGTCACTTGTTAATCCGGTCTTATTTTAACTGTAGAAGTGCCTAAAGTAATGTGTATATAACATGCATCTTCAAAAAGGctgtgtgaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaattaaatagaaAACCCATCACAATTTCTCAAAACACTCCACACTCTCACAATAATCACTTCTGGGAGAAAATGAACACCTGTTTTGTGTGATGTGAATTCGGTGCGTTGGTACTCTTTGTACTGCGGGTTAGTTTTTACTGCTTTAACTTTTCATTGATCATttacttttaatttttttttaaatgtcaatgtCTTGACAGATCTGGACATGACTGCTTATGGCATGATGTTCAGTGAGGGTTCATTATGTAACATGGTTTAGCTTCATTCTTAATGTGTTGaacgttttttgttttttttttgacaaaaaaaaagtgaTTGGAGATGAGATTAGAAAACCAGATATGTATCGTAATTCTATGTTGTTAACTCATTCTTCTCTTTATACAGCTGTCTTTGTCATATCCTCACGTTTACTGCATTGATATCATAGTCTTAACATCTTTCAAGTAGAATGTATCGCAATACATGTTTTAGTGGTAGGACGTGGTCACATTACAAATGTAATGAAACTCGTATAACTCTACATATGTTATTGTCAAAGCTTCATTGTATTTACAAACTGGTCTATAAAACTAGCATTTACAAACAGAAGACAGATTTATCCACCAGTGCAAAGTCTATACATGTTATTTACTGTAGGGTATACAAGACTAATGAAGCCAGTTATTTACAGAAGGATATAAAAGatgaaaataaagtaaaaaatattGAACTATTTACAATTTTATCTACACGTACCATTATTTTACCTTTTTGCTCAAACTTGTATGTTTTATTTGCTCTTGAAATAACAGTTAAAAAATTCACACAGGTGCAAACTCGAAATGTTACCCAGTCTTTCATTCTCCACTTTTCattttgtgtgtgagtgaaatctgtctgtaaaaaaaataaaaaatcaacaGTATAAAGGAGATTTTTTTCCATGATGTTTGATCAATTCAGACAATCAACAGTGAGACTCCTTCACTCATGTCCTTACCATCTTTGTATTTTTCCATCACTTTTTTTATTTACCATTTTCAGAAAAGTTCATTTTTATTGTAACGTTTGATGGAAATAAATGGAATATACTtagttttatttgtttaacattaGTTATTGAACAATGTTGTATTCTATTTTAAAATGAATGTAATTTATTAAGCTGAGCTTTGCTCTGCCGGTGGTTCCTCAAAGGACCTGTCCTGTCACGTTAGCCTATGAAAAACCGTCTGTGATCAGGGATGGAATGTTGGAGCTACCAATGGTAAGCTTCCACATCTCGTCCTTGTCACTGCCTTGTCACATATACAGGACAACACACTGCAGTACGAGCAAGGTTGTAGAATTGCTTTTATTATGTATAAAAACAGTTTATTCTATAGGTCACAGTCTaccaaaaaaagaaacatttaaGTTAATGTACTTTTCATTGTAGTACAGTATAATTTCATAACTATATTAATTTGTCTACTAAAGTTGCAGTTACGGAAGCTCTGTATTTTTGGAAATTATGTCATTTGTTCTGCTTTTCTAGAGCACTGCAACACACTGGATTGTATTGCCGGAATCTGAACATTTCCTATGTTATGGCAAAAACAATATTTTCAGTATCATGTTGCCTTGGTATCACAAAATATGAATTTTGCATTTGATAGCCAACCCATGGCATTTACATACATACCCATTAATACATGCATCTAATCTTTCTATTCCACCAGATAAAAAGTGTCCCTGGACTCATACAGACAAGGGAAAACTCAAAGCACTTTTGTTCAACATATAGTCGTGGGTATGGCTAATGTGGCAGTGATTCTCCTAAATTATGTCAGATGTTGACCTAAGGCGTCTTTCACAAGAAACAATGTTTCTATGGAAATGtttatttcagtgttttaatTTCAACTTGATTTTTTGCTAA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Function

GO: NA

KEGG: NA

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TU2074338 lncRNA upstream 1898 43499669 ~ 43499895 (+) True G1813219
TU2074289 lncRNA upstream 13866 43435720 ~ 43487927 (+) True G1813171
TU2074280 lncRNA upstream 77152 43424084 ~ 43424641 (+) True G1813163
TU2074261 lncRNA upstream 93354 43407958 ~ 43408439 (+) True G1813149
TU2074260 lncRNA upstream 94474 43407104 ~ 43407319 (+) True G1813148
TU2074326 lncRNA downstream 786 43550721 ~ 43572841 (+) True LOC110501909
TU2074377 lncRNA downstream 36758 43586693 ~ 43657135 (+) True G1813258
TU2074424 lncRNA downstream 113260 43663195 ~ 43663683 (+) True G1813302
TU2074454 lncRNA downstream 174642 43724577 ~ 43735733 (+) True G1813332
TU2074482 lncRNA downstream 291605 43841540 ~ 43890311 (+) True G1813354
XM_021579763.2 mRNA upstream 15030 43346803 ~ 43486763 (+) True LOC110501906
XM_021579760.2 mRNA upstream 269660 43230424 ~ 43232133 (+) True LOC110501904
XM_021579762.2 mRNA upstream 275400 43213840 ~ 43226393 (+) False LOC110501905
XM_021579761.2 mRNA upstream 275400 43216341 ~ 43226393 (+) True LOC110501905
XM_036959353.1 mRNA upstream 463799 42884711 ~ 43037994 (+) False LOC110501901
XM_021579781.2 mRNA downstream 537 43550472 ~ 43572947 (+) False LOC110501909
XM_036959593.1 mRNA downstream 76506 43626441 ~ 43627892 (+) True LOC118943639
XM_036959361.1 mRNA downstream 91377 43641312 ~ 43643916 (+) True LOC110502162
XM_036959597.1 mRNA downstream 300674 43850609 ~ 43853026 (+) True LOC118943641
XM_036959598.1 mRNA downstream 357724 43907659 ~ 43908820 (+) True LOC118943642
TU2074041 other upstream 351409 43149762 ~ 43150384 (+) True G1812953
TU2073416 other upstream 765926 42729601 ~ 42735867 (+) True LOC110502157
TU2073435 other upstream 777679 42723672 ~ 42724114 (+) True G1812428
TU2072843 other upstream 1112506 42372306 ~ 42389287 (+) True LOC110501889
TU2072841 other upstream 1161401 42329273 ~ 42340392 (+) False LOC110501889
TU2074610 other downstream 558309 44108244 ~ 44110867 (+) False G1813442
TU2074604 other downstream 559385 44109320 ~ 44110867 (+) False G1813442
TU2074607 other downstream 559385 44109320 ~ 44110867 (+) False G1813442
TU2074609 other downstream 559385 44109320 ~ 44110867 (+) True G1813442
TU2074675 other downstream 768223 44318158 ~ 44320111 (+) True LOC110502169

Expression Profile