RNA id: TCONS_00053062


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00053062
length 6666
lncRNA type antisense_over
GC content 0.33
exon number 1
gene id XLOC_026481
representative False

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007114.7
NCBI id CM002887.2
chromosome length 62628489
location 32565194 ~ 32572052 (-)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

GGAAAGGGTACAGACTTCCAGTTTACTAAAACGGTAGCCAAGGTTTTTTGTGCGTTTTATGTGTCCAAAATTTATTAAACCAGCCACTCGTTTCCAAAAATGTAATTGTGCTGGAcattttaacagatattttactcaATGTACGCTAATTTGTCAGTTTTGTTATAAGTAAATGCATGCCTTTTAAAGTTTACTTAAGTAGGCTTTGTTTGTCTAATatcaaattattttgtttacatgCAGATGTTAAAGACACACTTATGTTTTATGACTAAATGGACATGAGGGGAGTAAAATGCAGGGAAAAAACAGCAACTGAAGAAATGAAAGTGAAATAAACTGAAACAACTAGAAAACAAAACCACTCAAGTATGTATTTCTCCAAATAAGGTTTATTTTCAGACAAATAAACAACATATTCCTAACTACTTTTTTTGTGTACAGATGAGAGGGAAATCAGAGGCATTTGTCCTCCCTCAGCCCCCCCCAAACCCCGTCCAGCGTCATCTGTAAATCAGACACTGGTACAAGGATTGGGAGAGACGGAGATGGACTGTAAGACAGATCAATACTACAGATTTTAACATTTGAACTGAAGCCTAGCAAGTTGTCTGGATAAACACTGACAGAAAAAGTTAGTTATTAGTCAAATTAATAAGCACAAAATTAACTTGTATATGTAATTATACAAGAGAGAAAGAGACTTTGAGAGAGATAAATTAAAGATATCACAGTTTGCAAACATTACCGTGGAAAGTCCAAACATTTTCAAGAGTCACAATGATGTACATCATTAGGAAATTACAGACATAGTATCAGTAcagaagttaaaataaaatatgtagttaCCACAAAGACCCTCCGAGCAGCAACATCCTTGTCATCCAAAGTTGACAAACCCTCAAGCATTTTCTTAACAATCATATTGCTCCGTGCAGCTATCTTTCCCTTCTGTGAAGCTTCATCTGCCCTCTGATGTCTTACCTCAGAGTGATTTCCTCTTTAGCTGAGATGATTTGCTCTCGAGTCTGCACCCTCCTTCACTTGCTCTCTTCATCTTGTCTGTCTTTATTTAGCTCTGCACTCTCTTCTTCCTGCCTCCCCTCTGACCTGTCCTGACTGCTTCTCCCTCTCTCCACTCCGCACTCCCTCTATCTATCCCTCGCTCGGCCACCCTATCAGCCCAAAATCACTGTTCTCCTGACCAAGAGCCAATAGGGAGCAACACAGCTGGGTGAGGCACTTCCTCTGTGACAGGAAACCAGCAAAAaattctcagacacacacacacacatacacacacaaagatcAGTGAACTCTAAATATGGTGCACAGTTTAAAATGGGGTAGTTAATTGTGGATATTGAGCTGATATTACCAAATTAAATGGATTGAAACTGTTGTCCGATCTCTCATGTAATTAGATGGTTTAAGAAAAGTGCAATAGAATGTGGGTCTGACTACCTGTATATATTTAGTTGTCTGGCCAACAGGTATACACACATGttacagttttacattttcaacaGAATTTGCTGTATTTTTTACAAGTCTAGCGTAATTAGCCGCATTCATcgcataattattatttattgtatacaAAAATATTCCCTCCCTCCTTTACAATTAAAAAAGTGATAAGCAGCACAAATGTAAGCCATATCACATTATAAAACAACTCACATGATGTGCATTAGGaggtgtaaataattattttgcagTCATTTTAGAGGGTTTACGTGTTAGATTGTGAGGACACGagtataatttaaaaagaaagtgTATTTGCGTTTTTAGATAAACCTGaagaagaacattttaataatctaatcTTCTACTATTAACCCCTGGAAAGGGTCTATAAATGTTTGAGGATGTTCTTGGAACAGAtgccaaaatactaaaatacattaaaaaaaaaaaattaacactaaTGTTATGTTgatgtacactaccggtcaatAGTTTAGGGTCagtttgatttttaaatgttttaaaataagcttctcctgctcaccaaggctgcatttatttaatcaaaaatacaaaacaaatggtaaaactgtataatgttattacattataaaataagtGTTCAaatgtagtttatcatttaatttaataatttattccagtgattttaataatgaattttcagcttcaatactccagtctttagaatcacatgatccttcagaaatcactctgaaATTtagaattaatattattgttattattattattaattgtaatagtaataaaatcaataatgacgGAATAAATAGATGCATTTGCACTACACACAATAAGTACtgagtaaatatttaataaataatatttcactttttttgcatttaataaattgaTGAACAgatacattttcttaaaaaaaaaaaacatgaaaaaaaaactgaccccaaacttttgatcgGTAATGTATACTGTTAAATGCTTTTACAGTTTAATATAAGTAAAATACTCTTATATTCAGCAAGGATtcattaaatcaatcaaaattaacCCTAAAGATATTTTCAaagttacaaaatattatttatttcaaattaatttaattattttaaagttctgTTCATCATAGGTATAGTATATTAGTAGTGTAGGATATATTTAGATTACGTTCTGCAACTATTTTAAACAGAGAGTATTTTAGAAGTTATAGATAGGAAATTCCTCAATGTAACCTATATTTTTACACAAAtcgaaatatatttattttactgataTTTATGTGCCTCAAATACCATAATTTGAGCTTGGATTtgatcttcagtgtttagactttcagcagtaaaaattaaaccacactgatctgaactgaacttcaactatgAAAACTAGACTGATACAGTTTTAGCTTACTAGAACGTCTATGTTAAGCtggtttgacacaatctacattgtaaaagtattATAGAAAAaaagggtttctacaggttttatcaagtcaaatttaagactttttaagaccataattATTGAAATTTCTTACACAAGGCTAAACACTAAAGATACTATTAAATGACCAagttaaaacctaaaaaaaaaaaacttaaaaacaaatgttattgtaaggaagataattaaacgttaattaaagattaattaaagtaaataaagttaataaatatttttttcttaaaacttttATGGAAATACATTGTTAGTGATTGGATGTGTGTTATACTAATACACGGACATAGAAAAAATTACGACCCGTTTAAAGTGATGTAAGACCTACAACATAATATTTTAggggatttaagactttttaaggcctaaaatttggtgtttgaaatttaagactttttaagaccctgcagataccctgaataaacatgaattgaattaagcTTAATATGCACCAATATATTTTCAATTGATTAACAACAGTAAAACTGTCACATTCAGCTGATTCATGAAACATTTGCATGAGAAACAGAGGAAGTGTTTATCCACTTGAGAACCACAGGCCACAACTGTGTGCAGAGGGCAAGAGATGAACAGATAGAGGGAGGGGTAGAGATGGAGCGATAATTTCGAAGGGAGGAGACCCCCATGTTCACACAGACTAGATAAAGCATGCTCTGATTTGGGGACTGGAGGCCTTGTGGGAATAAAAGAGACGTGACTATTACAGTGACCTCTGCTCAAAGAGAGGATTTTGCGTGCTTTTCCCTCTCTGTCTCCACAGCTCATTAACATCGGCCTTAATTATACTCATCAAATGTAGAGCACAGCGGAAAAATGGAGGATATATCTTAGATCTGGGCAGAGTCAGATTTGTTAGTGTATCAGTTTCAGTTTCCGGAGCAGGACTGTTGGTATTAAGAGATAATCCAAGGACAAAATTTAGTTAATCTCTTGCTACGAATAAAAATATACCAAAGTGGCCATTTTCTTCCAACATATGTGTTCTGGTATGCGAGATAAAAACATCATGACATAAAAGTTATTCTTAACTCCCATGCTGTCTGCATTCGAGTCCCTGTGAGAATAACGCTGTCAGAACATTATTTTCAATGGGTGTGGTAAACTAAGTAACAAAAACAGGAAATCCACCAGCACACAGGCAGGAAATGCTACTGTTCAGTGACAGTAATAAGTAAACACAACCCAAACGGCCGCTTGTGAACCGATCCACGGTTACTCTAGAGAAAAAAGATAAAGATGAAGGgaaattgacaaaaataaagtcataaataataagaataaatgcaAAACAGCAGCATGAgagtaaaaaattaaacacacacacatatttttctctgtaatatttttatttcaatgtttAGTAATTCCACAAAAGGGTTTACACTAAAATGTTCACAATTCTAATGATAAATACAGTAACCGTATCACTCTCTCTTTCTATCTCTGTCTTTcgttcacatgcacacacattcaaacatacAGATCTACATACAGTGAGCTCATGGGATCTGACAGGAGAAAACCTAGGAATGTTATAGAGTGCTGAAATAAAGCTATCATCAAATCACAGTAATGTCCATTTAACAATGTACAGTAATAAATCATTAGATTCACTTCAGTATATTACACATGATCGGTTGAATGTTTGATTGTCATTGCAGCCTTTTACAATACAGTGTGCTGATTGTCATCGGCTACATAGATTTAGATCCTTTTGTGCACTTGATTGATTGTCACTGCTTTTGATTGTCATTAGTTTATTCACCTGGCTCATGACAGACTTgtcaaaattaatattttcagtACTATCAGTCTACagtactgttcaaaagtttggggtcggaaggacttttttttcatcttttttgttACAAAAACTGACAGGCTACTTTTATTCttcaaggatgcattaaattatGACAGATAGTTTTTTATGATAAtacaaaaattcattcattcattcaatttcttttcagcttagtccctttattaatcaggggtcgccacagtgaaatgaaccgacaacttatctgatgcccttccagctg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Function

GO:

id name namespace
GO:0018120 peptidyl-arginine ADP-ribosylation biological_process
GO:0003956 NAD(P)+-protein-arginine ADP-ribosyltransferase activity molecular_function

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00051602 lncRNA downstream 104221 32459183 ~ 32460973 (-) True XLOC_026479
TCONS_00051595 lncRNA downstream 227504 32325134 ~ 32337690 (-) False XLOC_026477
TCONS_00051596 lncRNA downstream 230856 32325145 ~ 32334338 (-) False XLOC_026477
TCONS_00053061 lncRNA downstream 230892 32325134 ~ 32334302 (-) False XLOC_026477
TCONS_00051598 lncRNA downstream 235934 32325134 ~ 32329260 (-) False XLOC_026477
TCONS_00051608 lncRNA upstream 26785 32598644 ~ 32603191 (-) True XLOC_026483
TCONS_00053063 lncRNA upstream 283302 32855161 ~ 32859347 (-) True XLOC_026488
TCONS_00051626 lncRNA upstream 352680 32924539 ~ 32925497 (-) False XLOC_026492
TCONS_00051645 lncRNA upstream 512129 33083988 ~ 33113683 (-) False XLOC_026498
TCONS_00051646 lncRNA upstream 512129 33083988 ~ 33259621 (-) True XLOC_026498
TCONS_00051604 mRNA downstream 24122 32536919 ~ 32541072 (-) True XLOC_026480
TCONS_00051603 mRNA downstream 24161 32535986 ~ 32541033 (-) False XLOC_026480
TCONS_00051601 mRNA downstream 93039 32458720 ~ 32472155 (-) False XLOC_026479
TCONS_00051599 mRNA downstream 202173 32356833 ~ 32363021 (-) False XLOC_026478
TCONS_00051600 mRNA downstream 202322 32360511 ~ 32362872 (-) True XLOC_026478
TCONS_00051606 mRNA upstream 15151 32587010 ~ 32596394 (-) False XLOC_026482
TCONS_00051607 mRNA upstream 15154 32587013 ~ 32590164 (-) True XLOC_026482
TCONS_00051609 mRNA upstream 31397 32603256 ~ 32637678 (-) True XLOC_026484
TCONS_00051610 mRNA upstream 35921 32607780 ~ 32611833 (-) True XLOC_026485
TCONS_00051611 mRNA upstream 241189 32813048 ~ 32817274 (-) False XLOC_026486
TCONS_00051585 other downstream 377809 32186134 ~ 32187385 (-) False XLOC_026474
TCONS_00051529 other downstream 1764536 30800541 ~ 30800658 (-) True XLOC_026441
TCONS_00051520 other downstream 2077100 30454353 ~ 30488094 (-) False XLOC_026436
TCONS_00051482 other downstream 2695070 29868899 ~ 29870124 (-) True XLOC_026416
TCONS_00051481 other downstream 2696462 29868635 ~ 29868732 (-) True XLOC_026418
TCONS_00051635 other upstream 401115 32972974 ~ 32973534 (-) True XLOC_026495
TCONS_00051656 other upstream 852333 33424192 ~ 33424328 (-) True XLOC_026505
TCONS_00051678 other upstream 1376810 33948669 ~ 33948788 (-) True XLOC_026513
TCONS_00051702 other upstream 1451306 34023165 ~ 34023613 (-) True XLOC_026529
TCONS_00051708 other upstream 1463333 34035192 ~ 34035631 (-) True XLOC_026534