RNA id: TCONS_00053063


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00053063
length 4187
lncRNA type read_through
GC content 0.33
exon number 1
gene id XLOC_026488
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007114.7
NCBI id CM002887.2
chromosome length 62628489
location 32855157 ~ 32859347 (-)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

TCAGCTCAGTCTGTCACTGCTGGATTGGGCTCAGTGTTCACACTCTCTCTGCCTCCTCAAAGGACTAAACAGCAGCTAAAGAAGTCATCctgaaatttccattgaaaaAAGAAGAAGCTTTGATGGGAAGTCATGTGACAACCTTGTCATTGAACACTAGAACAAAAGTTACTAAATAATCAAGAATAGCAAAGCTCCAGACTTAAGGGGAAGGTTACAAAACTTAAGGTTAGTAAACAGCTTTGGATCTCTGGTGGAGTTGAGGAATTTCAGACACTTCTTCCCTCAAGATCAAGTCTGGGCGAGTCTGTAAGTACAGAGGGCTTCAGTTTCAACAACTGGCTCAAAATATCATGCTTTTCACCTCTTCTTTCAAGATTATTGTCTTTCTGGGAGCCCACTGTACATTGCTGAGATTTTAAATCACAGTCTCGTCGTGACAGTCCTGTACTTGTGATTCAGAAATTGATAAAGATGTGGCTTTTCACagtcaaaataaaaagtaaaagataATAAAGCTTGGGGGGAAGCTGGCTTTGTAATTAATGAACAGTGAAGTCTGTCATTACTCAATATAGTTGCCAGTTTCTGTCATAACATGACCATCTCTGTCCATACTAGTTTTTCAAGCTCCAAAACAATGAGAGATACAAGAAAGTCTCTTCGCATGAAATGCTTTGAGGGGATTTTAGGAAATCCCTGTTCAgccgttttttatttatttgattctcactctttattatttataaacttCTTTCTTTTTAACCTCATATTAAAACTGAAAGTAAAATGAATTAGAGGCAAGAATCTGTTCATTTTACAAATCAGTGATCAGCCCATTAATTCACAAGTGTATGTTTAACATTTGGTTAAGTTTAATTAAACCACAAGTggaacactttttttaaatgggaAGAAAATAAATACTCAATTTGATTGAACTTATTTAGCAAAAAGATTGCATTTGtaacaaaatgtgttttttaactatcaaattgttttaaatatataaatgcatataacaAAATATAGTATACATTGATTGCCAGttaattaatatttcacaaataagCATCACATCAATCACattgaagcatttaaaaaaaaattaattactaaaCAAGACCATCAGTAATTAATATGGCAGAGATCGCTTTTTGGAGACTGCTGCACtgtaaaagcgattagttgactccTTGCCCTTAAATtagttaaagaaatagttcaccataaaataaatattgtcatgtttatctttctttcatctgttgaattCAGaagcaagatattctgaagaaagctaaaacatgtaaccattgacttcatagtatttgtttttcactaTGAAAGTCGATAGTaacagcttttcagctttcttcaaagtatattCTTTTTGagatgaaagaaactcacaaaggtttggaaccaattgAGAATGAGAAAATGTCgaataaactattcctttaagtaagttaaaatattatacaATCAATACCATTTAAAATAAGTCAATTTAACCATTcgatttaattcatctttattactatagaacttttacaatgtagattgtcaacacagcttctagtaaattgaaattctagtaaattgaaactacgtcagtccagttttctgagttaaagttcagtttagttcagttcagtgtagtttaaatttcactgctgaaagtccaaacactgaagagcaaatccattgatgcacagctccacaagtcccaaaccaatcaAGCCTGTGGCAACAGcagtgaggaacaaacttcaccaattggtgaaagtgaaggaaaaaaaaccttgagacaAACCAGGCTCAAGTTTCAagttacaacaggtttactcaatgTTAAgcaaacttgttgcttttaatgcAACagctttactttattttatttttaacctaaACTAATCGTTTTCAACAGTGTGCATGGTGAAGTACACGCAAAATTATTACTTCCATGTCGAGTCCCCtacattcactgtaaaaagtgaaaattcaaattactttgacttcttacaattaaattaagtttaacaaaCTACAGTACAaatgattcaatataatattgttaatacaataataaatagaaaaatacttttattacagtacaaataattTCCTTTCCATGTTAATATCATAgtaatacttttgttttgtgaCAAGTGCACGCATTGCTCACTATTAAATAGCGAACAATACACTGCAAaaaccaacagtcaactttatcaaatgaaatgagtgttaaCTCAAAAAAATTtcctaaaagttaattctactcacatgaagagttttgaacttagtgCTGACACAGTAATGAGTTAAATAGCTCATCACTTCTACTTCAGTTAAATTCACAGTACTTGTATAGATCAGTTTTTTAATTctaatggtttgtagcaatcggtttcctcaaatggtttgagttgccttaacttattgggttttacagtactcgtttggtttgagttctctacatttattggattttactgtgctcaaattgctcctttacctaaaataaatgactttatttattactgaaaactgtcataaattaaatttgtttaagttttcattttttacGGTATTGGAAACATTTTtcgggttccacacaatcagtgtgtgttgagacaacatgaaagaattaaggaaacttattagtttttacaaatttaagttaattgaatgtaaaacaattataCTGTTTCCAACCCAAAATAAATGCTCAACAATTGTCGTTTTAGctcatttttgcatgaactgactgagtgtatatttatatattttttatattctgaaCAGAGATGACTGAATTAGAGGAAGTGAAGGTTCTCGAGCCTTTTCGTAAGCAGACTGAGAAAAGCACTGACCACTATCCTGGTCTGACAGCCATCTGTACAGACAAAGACCACCGCAAATTAGCAATATGCAGCATCATATGTGGCCTCTCCTGCTTTGGAATTATGTCCCTTATGTACTCCGTTAAGGTAACTATGGCTTAATTATTACTGTATTGAAATATCTGTACCGTATCTTTGTATTTGTACCATTCCTTTGGTTAGTTATCGATTATTGTTGGATATAGAAGTTAAACTACATTTAATATGTGCAATCCCACTAAAAATAGGGAGTAAAGACAAAACACAAGAGTTATGCAATGAAAATAAACACTTTGTATATCTTTATAGTAAGTTTGTGTGAATCTAATGTAATTATGAACAGATTCTCACATATACAGTGCAGCTATACAGTAAACTGATCTGTGGCCAGTAGCATAGATACTGTTGGTAGAGATGAAACAAAAACGAACACCATGAAATTTTAGAAGTGTAGTCAGGGGAGAAAGAAATGTATAAAGTAATCTAGCAATCTGGAAAAACACCTTGAAACCTGACACtgccttttctctttttttttttcaggctcgAGAGACGAGAAAAACGCTTGAACATGAAAGCAGCAGTGAAACAAAAGCAAAGGTGgaaaaatattctgaaaaagCTTGTAAATGGGGAATTGGGGCGATTGTAGCCTGGGTGGTTTTAATTCTCATCTTCCCATTTCTAGTGGTATTTTTTTCCTATATTGTAACTTTCATAGATTGACACTGTGAAACTGTTTATGACTTTTATTGCATATACTGCATGTTACATCTAAACGACTTAAAGAAGGACagtttttagagagagagagagatggtcaAACCTACACTTACAGGGGTGTTGAATGGTGCTCGCTGACAAATTCTGTAAATAGACAaaattttaaattcatatatacACCTGTAAGGTTATAACAGAAAATACCGGATGGTTACTAGTAAAAGCATACGTCAAGATCCCTAAATGAGTTTAAAACCCACCACTGCAGAGCAGAAAGGCCAATGCAGGTAGTCCAAAAGTGGTAACTAACAGGAATGTGTTACATATATTAAAGCCAAGCACACAAGATACAAACAAACTACTTTTACAATCCAGCAAGCTGTTTTTATTTAGGCTCTTAGTGGAAATTAGAAATGAAACACTCACAGAGAGCATGGCAGTCAAACGTTGAATGTggttacattattattatcatcattctgTTCTTGTAAATAAGTTATTCCGATATGTTGTGCTTTTGATGTTTTGTACAATGCGTGTCTTTCAGCCTTTGTAATAAAATGTGTAACAGTC

Function

GO:

id name namespace
GO:0016020 membrane cellular_component
GO:0016021 integral component of membrane cellular_component

KEGG: NA

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00051608 lncRNA downstream 251970 32598644 ~ 32603191 (-) True XLOC_026483
TCONS_00051605 lncRNA downstream 283109 32565194 ~ 32572052 (-) False XLOC_026481
TCONS_00053062 lncRNA downstream 283302 32565194 ~ 32571859 (-) False XLOC_026481
TCONS_00052475 lncRNA downstream 283533 32570759 ~ 32571628 (-) True XLOC_026481
TCONS_00051602 lncRNA downstream 394188 32459183 ~ 32460973 (-) True XLOC_026479
TCONS_00051626 lncRNA upstream 65192 32924539 ~ 32925497 (-) False XLOC_026492
TCONS_00051645 lncRNA upstream 224641 33083988 ~ 33113683 (-) False XLOC_026498
TCONS_00051646 lncRNA upstream 224641 33083988 ~ 33259621 (-) True XLOC_026498
TCONS_00053064 lncRNA upstream 440847 33300194 ~ 33301311 (-) False XLOC_026499
TCONS_00051647 lncRNA upstream 441071 33300418 ~ 33304123 (-) True XLOC_026499
TCONS_00051614 mRNA downstream 23190 32825309 ~ 32831971 (-) True XLOC_026487
TCONS_00051613 mRNA downstream 23732 32821205 ~ 32831429 (-) False XLOC_026487
TCONS_00051612 mRNA downstream 36554 32813048 ~ 32818607 (-) True XLOC_026486
TCONS_00051611 mRNA downstream 37887 32813048 ~ 32817274 (-) False XLOC_026486
TCONS_00051609 mRNA downstream 217483 32603256 ~ 32637678 (-) True XLOC_026484
TCONS_00051616 mRNA upstream 10838 32870185 ~ 32873641 (-) True XLOC_026489
TCONS_00051617 mRNA upstream 30449 32889796 ~ 32902265 (-) False XLOC_026490
TCONS_00051618 mRNA upstream 30782 32890129 ~ 32898626 (-) False XLOC_026490
TCONS_00051619 mRNA upstream 34371 32893718 ~ 32902138 (-) False XLOC_026490
TCONS_00051620 mRNA upstream 39246 32898593 ~ 32902182 (-) False XLOC_026490
TCONS_00051585 other downstream 667776 32186134 ~ 32187385 (-) False XLOC_026474
TCONS_00051529 other downstream 2054503 30800541 ~ 30800658 (-) True XLOC_026441
TCONS_00051520 other downstream 2367067 30454353 ~ 30488094 (-) False XLOC_026436
TCONS_00051482 other downstream 2985037 29868899 ~ 29870124 (-) True XLOC_026416
TCONS_00051481 other downstream 2986429 29868635 ~ 29868732 (-) True XLOC_026418
TCONS_00051635 other upstream 113627 32972974 ~ 32973534 (-) True XLOC_026495
TCONS_00051656 other upstream 564845 33424192 ~ 33424328 (-) True XLOC_026505
TCONS_00051678 other upstream 1089322 33948669 ~ 33948788 (-) True XLOC_026513
TCONS_00051702 other upstream 1163818 34023165 ~ 34023613 (-) True XLOC_026529
TCONS_00051708 other upstream 1175845 34035192 ~ 34035631 (-) True XLOC_026534

Expression Profile

//