RNA id: TCONS_00051715


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00051715
length 343
RNA type IG_V_pseudogene
GC content 0.46
exon number 2
gene id XLOC_026538
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007114.7
NCBI id CM002887.2
chromosome length 62628489
location 34047179 ~ 34047616 (-)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

ATGAGTCAAACTCTTCtccttttatttgcttttttccaTGTGAATGTTTCTGGCATCTCCCTGACCTCGTCTCCTGCACAGATTAAAACTGCTGGTCAGTCGGTCAGGTTGTCCTGTCAGATTTCTGGATACGCTCTCACAGATTATGGCACAGCTTGGATCAGACATCCTCCTGGAAAAGCCATTGAGTGGATCGGGATTATATGGAGTGGTGCATCAGTAGACTCTGGGAACTCCTTCAAGAGTCGCTTCACCATTTCCAGAGACACGGGCAGAAATGAGCTGTACTTAGACATCAGCAGCCTGCAGACTGAGGACACATAGCCCTTTTTtattacagtaa

Function

GO: NA

KEGG: NA

Ensembl:

ensembl_id ENSDART00000147828

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00051677 lncRNA downstream 108358 33936453 ~ 33938821 (-) True XLOC_026512
TCONS_00051675 lncRNA downstream 111741 33922620 ~ 33935438 (-) False XLOC_026512
TCONS_00053065 lncRNA downstream 127984 33918566 ~ 33919195 (-) True XLOC_026511
TCONS_00051667 lncRNA downstream 356425 33681518 ~ 33690754 (-) True XLOC_026509
TCONS_00051659 lncRNA downstream 609447 33435754 ~ 33437732 (-) True XLOC_026506
TCONS_00053066 lncRNA upstream 92021 34139637 ~ 34141181 (-) True XLOC_026572
TCONS_00051762 lncRNA upstream 132191 34179807 ~ 34180432 (-) False XLOC_026573
TCONS_00051763 lncRNA upstream 132191 34179807 ~ 34180451 (-) True XLOC_026573
TCONS_00051771 lncRNA upstream 422538 34470154 ~ 34477363 (-) False XLOC_026575
TCONS_00051773 lncRNA upstream 478326 34525942 ~ 34546406 (-) False XLOC_026575
TCONS_00051710 mRNA downstream 5151 34036619 ~ 34042028 (-) False XLOC_026535
TCONS_00051709 mRNA downstream 5301 34036619 ~ 34041878 (-) False XLOC_026535
TCONS_00051714 mRNA downstream 7116 34039630 ~ 34040063 (-) True XLOC_026537
TCONS_00051713 mRNA downstream 7937 34038753 ~ 34039242 (-) True XLOC_026536
TCONS_00051711 mRNA downstream 10115 34036627 ~ 34037064 (-) False XLOC_026535
TCONS_00051717 mRNA upstream 3306 34050922 ~ 34056168 (-) False XLOC_026540
TCONS_00051718 mRNA upstream 3314 34050930 ~ 34051363 (-) True XLOC_026540
TCONS_00051719 mRNA upstream 4779 34052395 ~ 34052882 (-) True XLOC_026541
TCONS_00051720 mRNA upstream 6007 34053623 ~ 34054081 (-) True XLOC_026542
TCONS_00051721 mRNA upstream 7653 34055269 ~ 34055745 (-) True XLOC_026543
TCONS_00051712 other downstream 9298 34037481 ~ 34037881 (-) True XLOC_026535
TCONS_00051708 other downstream 11548 34035192 ~ 34035631 (-) True XLOC_026534
TCONS_00051702 other downstream 23566 34023165 ~ 34023613 (-) True XLOC_026529
TCONS_00051678 other downstream 98391 33948669 ~ 33948788 (-) True XLOC_026513
TCONS_00051656 other downstream 622851 33424192 ~ 33424328 (-) True XLOC_026505
TCONS_00051716 other upstream 589 34048205 ~ 34048653 (-) True XLOC_026539
TCONS_00051722 other upstream 11063 34058679 ~ 34058717 (-) True XLOC_026544
TCONS_00051725 other upstream 16339 34063955 ~ 34064936 (-) True XLOC_026547
TCONS_00051740 other upstream 38425 34086041 ~ 34086483 (-) True XLOC_026558
TCONS_00051752 other upstream 55341 34102957 ~ 34103365 (-) True XLOC_026563