RNA id: TCONS_00051763


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00051763
length 550
lncRNA type sense_over
GC content 0.44
exon number 2
gene id XLOC_026573
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007114.7
NCBI id CM002887.2
chromosome length 62628489
location 34174004 ~ 34180464 (-)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

GCGGAACCCTGCAGGTGACGTGGAATATGGGGACGATAACGCTAAATCCTTGTGTATTAAAACTGCATCAAATGATTTCTATCTGTAATCGAATCGTTTGCAGATATTATTGATCCCACTTAGCCAAAGGGTGTTACAAAACACCAGCCGAGCTGACAAAACGATTGTTTTTGTATTTGCTAGCTCGACACAAGCTGAATAATAGCAGCATCAGGAAACACACTGCTGGATTATCAGCCAGagtgaattcgtatgatctccaGTCATGGCTAGTCCAGATGATTTAAAGTTTCAAGGTAAGGATTGTGTTCATCTGTAACGTTATGTACCTTACTGTTCAGGTGTCtctgttttaatctgttttaagtTGTGTCTGTTGTTTTTCACATGTTCAGAGTTTGAAGAAGCCGAAGATCTCCTGTCCTCAAATCCTGGAGCCTCAACCCTCAGCATCTCCAGCTCAaacccagcagcagcagcagccccATCTGGAGAGGTCAGACTCGACCTGTCCGACGATGAAGAGAATCAGCAGGAGAGTTCAGAGGTG

Function

GO:

id name namespace
GO:0016192 vesicle-mediated transport biological_process
GO:0005794 Golgi apparatus cellular_component
GO:0016020 membrane cellular_component
GO:0016021 integral component of membrane cellular_component

KEGG: NA

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00053066 lncRNA downstream 38626 34139637 ~ 34141181 (-) True XLOC_026572
TCONS_00051677 lncRNA downstream 240986 33936453 ~ 33938821 (-) True XLOC_026512
TCONS_00051675 lncRNA downstream 244369 33922620 ~ 33935438 (-) False XLOC_026512
TCONS_00053065 lncRNA downstream 260612 33918566 ~ 33919195 (-) True XLOC_026511
TCONS_00051667 lncRNA downstream 489053 33681518 ~ 33690754 (-) True XLOC_026509
TCONS_00051771 lncRNA upstream 289703 34470154 ~ 34477363 (-) False XLOC_026575
TCONS_00051773 lncRNA upstream 345491 34525942 ~ 34546406 (-) False XLOC_026575
TCONS_00051776 lncRNA upstream 411466 34591917 ~ 34593056 (-) True XLOC_026576
TCONS_00052476 lncRNA upstream 460597 34641048 ~ 34641973 (-) True XLOC_026580
TCONS_00052477 lncRNA upstream 473136 34653587 ~ 34655108 (-) True XLOC_026581
TCONS_00051757 mRNA downstream 43029 34129505 ~ 34136778 (-) False XLOC_026571
TCONS_00051758 mRNA downstream 43435 34129513 ~ 34136372 (-) False XLOC_026571
TCONS_00051759 mRNA downstream 43439 34131872 ~ 34136368 (-) True XLOC_026571
TCONS_00051756 mRNA downstream 63921 34115438 ~ 34115886 (-) True XLOC_026570
TCONS_00051755 mRNA downstream 65969 34113410 ~ 34113838 (-) True XLOC_026569
TCONS_00051764 mRNA upstream 78304 34258755 ~ 34337969 (-) False XLOC_026574
TCONS_00051765 mRNA upstream 84598 34265049 ~ 34279109 (-) False XLOC_026574
TCONS_00051767 mRNA upstream 84598 34265049 ~ 34296361 (-) False XLOC_026574
TCONS_00051766 mRNA upstream 84598 34265049 ~ 34296361 (-) True XLOC_026574
TCONS_00051768 mRNA upstream 271885 34452336 ~ 34547000 (-) False XLOC_026575
TCONS_00051752 other downstream 76442 34102957 ~ 34103365 (-) True XLOC_026563
TCONS_00051740 other downstream 93324 34086041 ~ 34086483 (-) True XLOC_026558
TCONS_00051725 other downstream 114871 34063955 ~ 34064936 (-) True XLOC_026547
TCONS_00051722 other downstream 121090 34058679 ~ 34058717 (-) True XLOC_026544
TCONS_00051716 other downstream 131154 34048205 ~ 34048653 (-) True XLOC_026539
TCONS_00051772 other upstream 345491 34525942 ~ 34546399 (-) False XLOC_026575
TCONS_00051781 other upstream 471859 34652310 ~ 34656737 (-) False XLOC_026581
TCONS_00051782 other upstream 472521 34652972 ~ 34654998 (-) False XLOC_026581
TCONS_00051787 other upstream 563128 34743579 ~ 34753541 (-) True XLOC_026582
TCONS_00051789 other upstream 587090 34767541 ~ 34775954 (-) False XLOC_026583

Expression Profile

//