RNA id: TCONS_00053097


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00053097
length 4167
lncRNA type sense_over
GC content 0.34
exon number 1
gene id XLOC_026692
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007114.7
NCBI id CM002887.2
chromosome length 62628489
location 42918143 ~ 42968544 (-)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

caaatgaataaaacgcGCAGCATGTTctcaacacacaaaaaataataaattgtgctGGATTATTTTTCACAGTgcaaacaaatgacaaaaacGCCTGCagaatgcagcacattttattaatttgtttgcattgtgaggatttgcagcacgtgtgTTGTCAAACAGATtttgctgttctttttttttgtaattgctctctcggccaccataaTTCCATGATATTACTGTTTTCATTGTATTTTGGTTATAATAAACTGAGGTTCgtaagcaaaaataataattaaaaacaatacaacTGACCTTTAACTTCTGAATATATTCATAAAGATTAAGTGACCACTTGAAAATTCACCATTTTCTGGATTTATTAGATATGGGTTTGaatgaaatgttaatatttgttttattaggtAAATGTCTGATAACATTGTCTAACATTTCAAATAAGAAACATTgtaacttaacttttttttttttaaagatttacaatGATTGGCTTGCGTATTCTAAAGTTAAAACTGGCGTTGTgttctcaataaataaatacaaaccaaAACATAACTATTCCAAACAGAACTTTCAAGTGGTCTATTAATTGTATTCTAAATTATATGTTAtgcatatatagatagatagatagatatgtgaaTAAAACAtgacatcatcatatgtcatcaaaTGTGTTGGCGGAATCTCATAATACATCACTGTAAACTGATATCAGTCATTGTAAAAGACCAGTGATTCTGATGAAGTCCAAAGTTGAAAATGATATCGACATCAAGGGCAAATCCTTATCCTGAAACATGACATTACTgataaacagagaaaaaaaaatccaataggAAATGAGCCAATCCTCACATAGTCAGCTTTTATAGACATAGCAATCCCAAATGGGAAAACGGCACTTACCTTTTACTGTTGAATTGCAGTACAATACTATGAAGCACTTGCAAAGCAGACTGACATATGTAAATATGCAAGACTGAAAGCACAGAGGGGCTGAGATTCTAAGGgcacttcatgttttttttttcttttatgataCTTGTTTTACAAAAGGTTAGTTAGTATAAAGTTGATTATCCTCAACTTGGTGATAACATCTAAGCGGCACATCAGTGTTGTCAGTTATCTTGAAGATATATCGTTTTTTTCAGATCTGTCTCTATACGACACCATAAAATGGTAGGTAATCCATATTGGATAGAGCGATAACTGTCTTAAAACAAATGCAGTTCAATTCTAACCTGTATATTACAGAACTGAGTTAAGCTTAGCAAATAATGTTGAATTCAAGCTCCCAAACTTCATCTAGAAAATTCCGTCCGTTCAGAAATCATTCCTACCGCCAAACCACGAAAAAGTGCCACTGCCGGTGTTGGTAACCCTgataaaatgtacataaaaatgcaaatatttgatATTTCGACACAGACTCTTGGGTATAGGGAGAATTCTGGTGTAATGTAGATCTGAAAACATTAACATATCCTAAAACTGATCCTTCGTAACATTGAGATGGTTAAAATCAGGATTGTCTCTTACCTAAGTGGCTatgacctttttttattttgtgagccCTTCCACCAATGCAAGGAAGCATATTGGGGTTTATATCGCCACAAGTGTTTTTGTATGTCTTTATATCCCCCAACATGATCTAAATTCCTCATTGCCTCTATAGTTTATATCTATATCCAGGACTGGTGTGATTTGTCTTTAAGTGGTTTATTCAATTGTCGATgagcagcagaaacacacacacaatatcttTTGAACAATATGTACAATATTATGAATGCAACACACTATTAGTTTATTATGGGTGAAATGTGGTGTGTTTAGGTGTCATTTCAGTATTCATCGTTTATTTGGCATTGTTATGAAAGGTTTAACCTGCAGTCAGCATTTCAAACCATGACCTTTGTATTCTAATATATAAATGTGACCACAGCTCTGGTTGGCAAATCCGCTTTTATAGACGAATGAGTTTTTAAATTGCTGTCTCCACTTCCCTTTTAGGCCACAAAAGCTTTTTAGTGAGAGAAAAAAACTCTGACATTTACCATTCGTCATTGTGGCCATTTATTTTGTTCCTCTGAGATTCCTAACACATTACGTAATATTGGAATTGATCCAGTTCCATTAAAAGTCACTTAATCCTCCTTTATGGAGTTATATACAGCTTGACAAAACAGCTTGACAAAACAGCTCTTTCTGCGCTTTACACTGACACCTGGTGGCGAGTTGTATTTTCTCCTTCAAAATGCTGTGATCAAATGCTGATGACACCAAGATCTCCGTTTGTTTCTTGGACTTTTGAggcatttttgttttgcttttttgtttgtgtgtgagttcAATTCAGCTGCCACCAAAGCCATAACTCATTTGTGTACATTCTTTAAAATTCACTCAATTTTCTTGGTATCGTGAGTGAGGGTGTGCGATATTTTCTTTGTTAATATCTGCCGTTTTTGAATGGTATGTGCGCTAACATTTATCGCTAcgctaaaaaaacaaacaaacatagctCGAGAGTTAACTGTaaattaaagggtcagttcactcaaaaatgaaaatttactcacccttaagttgATCCAAACCTTTAAGTTTCATGGGTGTCAAGCTTCCAGCCCTGCATCAACACCTATCTGTGGGTATCAAACAAGCCgaaagcactcaattagtttgatcaggtgtgtttaatcagggttggaagTAAACTGTGCAGCGATGTGACCCTTCTGGAACGGGGTTCGATAGCTGTGTTCTTCTGTTGAAGCCAAAGCTGTCAAAACTATGTaaatctgtaaccattaacttccataaaaacaaatagtattgaaatcaatggttacagatttcgagcattcttcaaaatatcttcttttctctTCAACTGATGACAGAAACAGGTTTGGACCAAATAAagggcaagtaaatgatgacagattattCGATTTAGGGTGAACTATATGGGGTggctaaccctgttcctggagagccaccttcctgcggatttcagttgcaacccatatcaaacacacttgcctgtaattatcatgtggtgttcaggttctaattaattggttcaggtgtgtttaacatgggtagcaactgaaatctacaggaaggtggctctccaggaaccgGTGTTAGCCACCCctgatatagaccattttgagggatgtaaacaataacaatagtccTAATATATTTACTgttatgcatttttaatttttatagcttCCAGGAATTCAAAAAATgacatattattaaataatgttatatataatagCTGTTATAATAGATGTTataatgatagctgttttaacgtaAAGTTTGATTGAATTGCctttatttacagttatgaaatagtttgacattAAACAGGAAATGTAAACGGACTATAATTCACTTCATGAAAATGATTCGATGGACAGTCCAACAAACAAAAAGTTAATATTGAGTAAATTAATATTGAGCTTTTATATGCTTTCCAGCTAGTTTTTAGGTTCCAAAATATTCTCAAAGTGTTATATATTGATTAGCCAGGACCATTTTCTATATGTAATTAAAACATTCCTTCTAGTTTAGGAGAACAAACTCTATGTCATCTGTAACGTGATACAATCTGGAAACTTTAatgtttggtgaaaaaaaaaaaccttcaaagAACATCCTAAAATTTTCTTATTTGGTTTCTAAAACAAGCTTATTTTTTTATAGTCCTGAAGCTTACATTTCTTAACGAATTAAGTGAGTTAATGATTGATTCATTGTCATTtgattaaatgaatcatttgcttgacattaaagggatagttcatcattAGTCATCACTATAAACCAGTTTGATTTGATTtcttctgttaagcacaaaagatTAGTTGAAgaaaccattgacctccatagtaggaaaaacaaatactgtagtctGTAGACTGTAGtcacaggtttttagctttcttcaaaatatcttcttttaagtTTAAGAGAAGCTCATAAAATGTTATAACCACTTGAggtagagtaaatagtgagtcaatTACTATCGCTTTAAGATGCAGACTTTCCACTACCTTCTAGTTGTTTTGGTGTTATATTTATTCATCCTCAACAGGCCTAAACCGTaccagggtaaaaaaaaaaaaa

Function

GO: NA

KEGG: NA

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00052483 lncRNA downstream 212284 42548944 ~ 42746784 (-) False XLOC_026690
TCONS_00052484 lncRNA downstream 212284 42681982 ~ 42746784 (-) True XLOC_026690
TCONS_00052482 lncRNA downstream 585469 42371784 ~ 42373599 (-) False XLOC_026689
TCONS_00052481 lncRNA downstream 585469 42371784 ~ 42373599 (-) True XLOC_026689
TCONS_00051980 lncRNA downstream 743055 42212710 ~ 42216013 (-) True XLOC_026688
TCONS_00053098 lncRNA upstream 61587 43024821 ~ 43026735 (-) True XLOC_026694
TCONS_00052485 lncRNA upstream 223960 43187194 ~ 43189085 (-) True XLOC_026695
TCONS_00053099 lncRNA upstream 616256 43579490 ~ 43582355 (-) False XLOC_026698
TCONS_00052486 lncRNA upstream 698458 43661692 ~ 43686469 (-) True XLOC_026698
TCONS_00051994 lncRNA upstream 903551 43866785 ~ 43875129 (-) True XLOC_026702
TCONS_00051977 mRNA downstream 833413 42121166 ~ 42125655 (-) True XLOC_026686
TCONS_00051976 mRNA downstream 872420 42032360 ~ 42086648 (-) True XLOC_026685
TCONS_00051972 mRNA downstream 872491 41955358 ~ 42086577 (-) False XLOC_026685
TCONS_00051983 mRNA upstream 811 42964045 ~ 42981739 (-) False XLOC_026693
TCONS_00051984 mRNA upstream 1482 42964716 ~ 42967698 (-) True XLOC_026693
TCONS_00051985 mRNA upstream 384283 43347517 ~ 43821191 (-) False XLOC_026696
TCONS_00051986 mRNA upstream 389322 43352556 ~ 43356082 (-) True XLOC_026697
TCONS_00051987 mRNA upstream 615741 43578975 ~ 43662495 (-) False XLOC_026698
TCONS_00051981 other downstream 92868 42866083 ~ 42866200 (-) True XLOC_026691
TCONS_00051964 other downstream 1646925 41312022 ~ 41312143 (-) True XLOC_026680
TCONS_00051939 other downstream 2429289 40526882 ~ 40529779 (-) False XLOC_026667
TCONS_00051938 other downstream 2429290 40526879 ~ 40529778 (-) False XLOC_026667
TCONS_00051924 other downstream 2800381 40154294 ~ 40158687 (-) True XLOC_026658
TCONS_00052007 other upstream 1118389 44081623 ~ 44094226 (-) False XLOC_026707
TCONS_00052055 other upstream 4231903 47195137 ~ 47195234 (-) True XLOC_026732
TCONS_00052070 other upstream 6114528 49077762 ~ 49077879 (-) True XLOC_026748
TCONS_00052082 other upstream 6851963 49815197 ~ 49815287 (-) False XLOC_026760
TCONS_00052087 other upstream 7140837 50104071 ~ 50117962 (-) True XLOC_026764

Expression Profile

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