RNA id: TU2124286


Basic Information

Item Value
RNA id TU2124286
length 8662
RNA type TUCP
GC content 0.38
exon number 3
gene id G1856217
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_048587.1
NCBI id CM023241.2
chromosome length 62880378
location 32637425 ~ 32646140 (-)
genome version USDA_OmykA_1.1_2020_rainbow_trout_Genome
species rainbow trout
(Oncorhynchus mykiss)

Sequence

TTGATATCTCATACAAATGACAAGGTAATAGTAAAAGTGTTGAAATAAGCGTTGAAATAAACCAGTCACTTTCCCTACCCCGGATCTTTTCAACACTAGTCTGAACTACAATAGGACCTCCAGGACTTGACAACAGCTTCCTGAGGCATCGTCCTAATTTCTCCTTTACACAACCAGCAGACCTCCGCAGTGCAGaccaaacctgggttcaaataatatttgaaatACTTGATCTGTGCtttattgagcttgcctggcttaatgGACCATTGAAAAGTCCCATCAAACCATGTCCATCGACACTCGAGGTGGGCTAGAGCAAACACTCAGTGTTTCAAGTATTTTAAACAGTATTTGAACCAGCCCTGAGCCCCACCGTTGAGTAGAATTGAGTAGACAACAAATGTCTGTTTATTCGTTGTAACATATGGACAATAATGGatggattcaatccgtatcgccgAAGTATCGTGGAAGATCTACGttaaaatgtaaaggtcatttccaaTTGAGCCGGCATACAGTATGCAATGTTTACCATGAATACAGTCTCCGCGACCACGGGAACATAATTGTCAATTGTGCTAAAAAGCGGATCTTCAGCGCTATGGATTGCATAGAGCCCTAAAgctgtattgttgtattatagcCCCTGATCCCTAACCCCTGGGTACTTGTGTAGATTTGAGTGGATTGGATAGTTCTATTTAAGCAATATGGTGAAATTCTATCTAGCTTTTCAGTGGGCGAGGTGAACTAAGAAGCAACGGCAGTATATTGAATAGTACAAATTCAACAATGCACTGAAAAATAACACTATCCAAATGTTTcgaatttaacatttattttattcatCAAAATTCCTAATAGCACTAAAGCTCTAACCCATTGAGCACACACTGGTTAAataaacgttgtttccatgtaatttcaatgaaattacgctgaaccaacgtggaatagacgttgaattgacgtctgtgcccagtgggaaagtAGTTTGTTGTTTTCTTAACTAACAAATAAGGCACATTTGGGAATGCCATTTCAGGGACGTGTTGCAACAGAAGTGTTATTTTCTTTTTCCACAACGACTTTTCACTCATCATCCTAACTCACTCAATCCAATTCTAGCATACAATCTCAAAACGTTACAGACGTCAAAGAACAAACATGAATGTCTAATCGACCACTTAAGTGTTAAAACACTACATTCAGTTAGTATGTATAAATTGGTATACACTATCAGTGAACGATACATTTTTATGACTAGTAACAATCAATTTGAAGTTGTTGAGAATGCTGAGACTattgtacatcccaaatggcaccctattctcgaaatagtgcactacttttgaccagagccctatgtgctgggtcaaaagtagtgcactataaaatgaATAGGGTGCTATTAAGGACAGACTCTATATAGCCCATTACAGTATGTAGCCAACTACGTTACAGTGCTAAAATTAAATACATTGCACGAAGTAATACACATTTTTCATTTAAAATCAAAACACATGCACATGCAAACTCTATAATAGTAATTTTGTCTCACAAACTTGATTAACAGAAGTAAGTTACACTCTGAACTACAGcttggtctcatagactagacgtaacatattAAATATAAATtcaggacactcaaattagtatgacatgttacgtttggtatggctACATGAGACAGAAGGTTACTATAATGTGAACGTCTAGCAACTCAAAGGTTgggtgtttgaatctcatcacggacagtTTTAGCTAATTAGTAACTTTGAAACTACttaacatgttagctaacccttcccttaacctgttagcctaacccctaacctataaCGTGAACATCTGGCaatccaaaggttgcgtgttcgaatctcatcacggacagttttagctaattagcaactttgcaactacttagcatgttagctaacccttcccttaaccctttaacctaacccctaacctaactcgaacccctagcctagctaactatAGCCAGTTacccacctagctaacattacccacaacaaattggaatttgtaacataccataccatacgaaacataacatattatactaCACGGAAGGAGACTTATGTTTACTATGTTaagtctacccctgagtccaggtttaCTACAGTATGAATCAAAATAATTATTTCACAAATGTCCTTGTTGTAGCTGCTTTGGCAAACTAGAACTCACAGTTGAATGTGCTTATATAGTGGCGAGTATCAGTCATTCAAATATAAAGATGATTTCTTCTGCATGTTAACAAAACAGTATTATTGCTTAACCTAGTAACATCTTAATCAATGATATAGAATTGGAATAACGAAACATTGGTAATTATGTCTGCCATTTTCATAACAATGCAATACTCGTAATACGACATGAATGCATGCCATTCAAAGGACAAAAATTGTAACTCATTGACATATTAGTTAATGCACTTGGGTATCATTCTGGGTTATGCAATACTGATAAAGTTTCTAACcgcaaaaaaaaacatacaatggCTTATAATTGAGTAAAGGGTATTCATAATTATGTACCAACTTTTTTAATCTATGTATTTCAATATTTTCTTCTTAGTGTAACTGTTgcttattttatatattttttaaaagtgttgtaaaaaatattttcataaatatTTCTGTAGGATTAACCCCTCAGGTCATTGTAAAACATCAACAAAAAAACTCCCAGCTTTATTTGTTTCTCAGCAATATAGGCCCTTTTTCACATAGAAAGCTTCAACATTGCATTACATTTCAGAGGAGCTAAGATCCTTAAAAATTATGGCCATCTAATATATACATAAACAGTCagttgtaaaatgtattttttttcttctttttttttacatctatAAAGTATTTTTTCCAAAATACACAAATCTTTCATAGAAAATAACAAACCCATACCGAAAAGAAACTAGAAAAATCAAGTATATGTCAGAGCTGGATTAAATCAGTATCGCAGAAGCATCACGGAAGCTCCGCATTATAGCGCAGATTACATTTAAAAGGTAATGTTCCCCTGTTAGTGGAGACTGTATTCACGTTAAATGCTGAttatgtcggctcaatcagaaattaccGTTACATTTTTACGCTGATCTTCTGCGATACTTCcacgatacggattgaatccagccctaaaTTCAAGACAAAAAAACACATCTGAAAAAGCATTTGTATACGTTTTAAATACAATAAACACATTGTATGAACTGCTTCCATTGGCTCGTTATACCATCTCAAACACATGGCTTCTTCTTCACAAACTGGTCTGGACGGAATCAGACTTTCCCACAAAAATATATTGGGCAATTTTATATTTTCTTTATATTCTTCATGATATTCCTTATATTCTTAAGGATATTCTTATCCTTATATTCCTTAAAAGTCAGAGCACTCATAAGCCTAATGCATATCGATTTAAAAGTCAGAGCACTCATAAGCCTAATGCATATCGATTTAAAAGTCAGAGCACTCATAAGCCTAATGCATATCGATTTAAAAGTCAGAGCACTCATAAGCCTAATGCATATCGATTTAAAAGTCAGAGCACTCATAAGCCTAATGCATATCGATTTAAAAGTCAGAGCACTCATAAGCCTAGTGCATATCGATTTAAAAGTCAGAGCACTCATAAGCCTAATGCATATCGATTTAAAAGTCAGAGCACTCATAAGCCTAATGCATATCGATTTAAAAGTCAGAGCACTCATAAGCCTAATGCATATCGATTTTGATCAGTATTAGCACTTTAGGGGTTCTATTCAATTAGATCTGCTTTAgctgtcatccgcatagcaattgTTTTGGCAGTGTCGGAGGTGGAACGGAGTTAGAGTTGTCCTTGAATTATACTGTACCTAAAGTGGAAAATGGCATTGCCATTGGCTGGAAAGAGTCGCAGTAAGAGATATCCCATGCAGCCATGTTCACAAGTTCGAagactggaatgtgagatgtaatctacacctcgattaggctgatagaaatcttttttctttttattcattaaaaaaaatatataatacccctttttctccccaatttcgtggtatccaattggtagttacagacttgtcccatcgctgcaactcccatacggactccgGAGAGGCGAAgatcgaaagccatgcgtccttcAAAACACaacccgccaagccgcactgcttcttgacacaatgcccgctttaCCCAGAAGCCAACagcggaggaaacactgtacacatGGCGACCGTGTCCGCGTGCAATGCACCCGCCCTGCCCggaagatgctgggccaattgtgcgtcgccccatgggtctcccagtcgtggccggctgcgacagagcctggactcggaccaggatctctagtggccttagaccactgcactacTCGGGAGGCcctcattatttatttgaatgattttcaatttgagcATAATTATTAaatctatatagcctacactttctcattCTGATCTTCTAACGCAAGTGGGAtgggtgtggcttcgtgacaatgatcaagagcagctgctcactgaTTAGACAGCTCCAATGCAGTTATACCTCCGACTCCTTCAACACATCAGCTGTGCagctgattgaatctaggcctaggTTTAGTTGGCTAATACACAAGCTAACGGAGATGGCTAATGGAAACATACACTACTGTTGGGAAGAGAATAGAGACTAGAATATATTGTAAAGATAGGATATCAGAAGTGTTCTGCTCGGTTGTAGTTGGTTTTATAACACTTATTAGATATGACAGAGAAACAGATCAATTGTATTAGCTACAGTACTGAAAATATAGAATTGATCCCAACATTATGTGTAATAATCTGCTATGACCTGTAATCAACGAACGAAACCCTCAACATCAATACGATTCACATCAaatatgattaaaaaaaacatttttgttcaGATGATAATACAATATCCATATAATGGCTATGATGCATCTCCTCGCGATTATAAAGCCTAATATTTTATGAGTAGACTACTATCCTGTAGGCCGGTTCAAGATCTAATTGTGCTGTCACAATGACTATAGGGGTTGTCAAGagtcacaaacagatctggaaacAGGCTAACTATCCTTCACCTCCCCATATAACTAAAACCAACTGAGTGTGATGTCCAAGTTTTGACAAATGATGCATAAGGGTATTGTTCAGTATCCACCCATTGTATGTAAGACAACAGACTAAACTCCTACTTGTGTTTGTTAAATCAATCATTAAGTCATAAACAGACTATCATCTCAAGGACGGGATTCAATCCGATCACGAGTTATAGGCATTGCAGCTTTTAAAGGAAATGTTTGCGCATTTGTGGAGATCCCATTCACAGTAAACACTGCATATCGTCTCAATCGGAAATTGCCTTTAAAAGCCCAAATGAGATCAGATTTAATCCCGGAGAACGAGGATGAGGTATACAGCTTTTAGTGAAAACCTCATTCACATTAGTGTACTGACTTCAAAATAACATCGTTGTTGATTCCATGACAACAGACTagctacagtgtgtgtgattgtttttGCCAGATGCTTTAGTTACTGCGTCCAAACTAAAAAAAATGGTGTAGAGGAAGACATTAGCCAGTTGAAACTTCTCAGTTCTAATGGGGTAAGGTTATTTGTTTTCCCATTTGTATTCACATCTTGAACTTGCATCAAACTTGGCAAAACACTACCTCAGAGTTACTTAGTTTAATCCAGTTCCAAACTAAGTTCAATTCTCCTCTTATTTCATTTCCTTCAAATTTTTCTAAATAATTACTCTCTTTTTACAAGGCACATTGGTACTTTTAAgataatataaaatatacaacTATTAATTCAACCTTTATAGAACCATTAAACACATTCTAAATATTTGAGAAACTAATGTGTTTTATTTGAAAAATACACCTCAGCTTTGAAAATTGGTAGCAAACTTCTCTTCAGCTATACTCACAACGTAAATGTTCCAAAAGTGTCAAGAACCTCTATCGCTAAAATACAACTAAACCTAACGTTACAAAATGTTAGATCAAAGATATTCTTCCCTCTAGATTCTCCAACGATAAAGTTTAAAGTATAGGCCTAGATCTTTGAAAACAGAGATAATGGTTAGTTACCTCCTCTATTAAAGACATTACTTAATGCTTATATCATGATGTGGTATCAAACACACAGAAACGTAAACTTAATCCATCATCACACTTACAAAACGTCCCCCGATAAACAAAACACGGCTACGTCTGTTACAAGACAACTTTCCCACTTATTTTTTCTTCACCAAACATTATATTCATCTTACCTACatcccttcacctctctctctccccagacatCCTCTACTGCTGTCACCTGTTTGACACACTATGAAGGGGTTAAACCCCTTGGAAAAAGATATTAGTTCGATTCACTGTCCTGTTTCTAGGTAAGTAACGCTGTCTTAAAGTAGCGTTACAAGATTGGAACAGCCCTAAAAAAGATCTGAATTTGCAAATGCTATATGTATACTATAAAACCACTTTGAAATGCATAAGGATGGCTTATTTACTGTATATACCAGATTAAATACCAGTTCTAATCAACTAAAATCCACCATGTCAATCTACCGGCATCCTACACCAAATAGACTACTGACGTTGAGTCCTTAATAAGAATATTGTTTGCATACATAGAGTACAGGACGGAATTACTTTTCAAGGAACTCATTACAATAATAAAATGATTATTTGGAAGTAAAGTATTAAATTAGGTAGGCAAAAAAAGACTACAGCATTGCAGATAGGTTCAATCTAACACTTGAGAGTCTAAATACTGTATGAATGTTATATTGGCTAAGAGGAACTGGATATTCAGTCTTTATCATAACAGAAACGGCTCTTATTGCATTTGGCTTTGGACATGAATTTTCAAAGCTGGTCAATTTGTAAATCTTGATTAATACCTCAACACTAATTTCATTGCTGACGTAAATGCATAGCATGTTAAATACAAAACATGAATGTTATTATCACGGTACTACATCTAAACGAAGAACGATTCTCAACCTAAAGTAGTTTCTATAGACAATTAGAAGCAGTTACACAATAATACTTTGATATAAAAACATACACACGTATACTATTACACATTCATACACAAGTAAccgccaaaataatggaaacacgagtaaatgagggatacaaagtatattgaaagcaggagcttccacacaggtgtggttcctgagttaattaaacaattaaaatcccatcatgcttagggtcatgtataaaaatgctgggcaggccatgaTTTTTGCCAttgttttggctaccatggctatgccaccataggatgacaatgcccccatccacggggcacaagtggtcactgaatggtttgctgagcatgaaaacaatgtaaaccatatgccatggccgtctcagtcaccagatctcaacccaattgaacacttacgggagattctggagtggcgcccgagacagcgttttccaccaccatcaacagaTCAcgaaattatggaatttctcatgggagaatggtgtcgcatccctcctattgagttccagacacttgttgAATCTATGCCAAGGTTCATTGAAGCTGCTCTGGCCCTgttattaagacactttatgttggtgtttcctagATTTTGACAGTAACTTGTATATATCCCAGTTAAAATCAATTCAAAATTgcacaacagacaaacagacgaCAAATAATAAATACACCACATATAACATGTAAGCCAGGGAGGTATGGTGCGGTATCCCTCCGTTAATCAATCAATAATCAATTCATAATTCATTCACAGTTATTAATGTATAGGTTGACGTTTGACCAGACATTGACCCCGACTTGAGCCCATGACGATAGAAGGTTTAGGGACCTTTGTTACATTACCATCACTAGaagccctgtctctgtctgttttaaTACTCAGAACATCCACACACACTTCACTTGGCAGGGAAAACGCTTCTGTAACCACAAAATCAACAGAGCCCAAAGTGAGGTAATGAAACCAAAGAGAGGGCAATACTGTCAGTGAGAACAAtatcacattatacacacacacattgcgtGGGGTACACAAGGCTACAAGGCCCTGTCATGATTGAGGATATTTACATACAATTATTTAGGCAAGTTTTCACTGTTTAAAAAGAGCACTTTGTGGGGTTTTATCACTGTTTAGAAAGAGCACTTTGTGGGCTTTTAATCACTAAGTATAGATCTTGGATCAGTTTCTCTCACTCCTTTACCATTAAGAAAGGGCCAGTAGGTGTAGGGATAATGACCAGGAACTGTGTTTAGTGACAAACCTCCCCAAAAGGAGGTTTAACGGCTAATtcagagaggggatgggaggaggaacaagggagggggaggaggagtggaaggGGTGAGGAACAGGTgatggagatggggagaggagaaggagaaggaggatggatggatgagagggaggggaggattgAAGCAAGGGGCGGGAGTATATGTTAAGGTGTTATTGCACGCGTCGGCAGTAGTAGCCCAGGACTTTGCATTTCTCACACAGGTGCTGAGGGTGCTCCTTACTCTGGTCTGAGACGTCCAGGCCATCAGGCTTCTCCAATGGAC

Function

GO: NA

KEGG: NA

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TU2124207 lncRNA downstream 45622 32586244 ~ 32591803 (-) True G1856142
TU2123860 lncRNA downstream 92614 32542445 ~ 32544811 (-) True G1855826
TU2123862 lncRNA downstream 116683 32519780 ~ 32520742 (-) True G1855828
TU2123850 lncRNA downstream 132269 32504949 ~ 32505156 (-) True G1855818
TU2123848 lncRNA downstream 134124 32503037 ~ 32503301 (-) True G1855816
TU2124404 lncRNA upstream 280059 32926199 ~ 32926452 (-) True G1856326
TU2124408 lncRNA upstream 299940 32946080 ~ 32946365 (-) True G1856330
TU2124237 lncRNA upstream 323394 32969534 ~ 32975844 (-) True LOC110502608
TU2124450 lncRNA upstream 370555 33016695 ~ 33016978 (-) True G1856370
TU2124453 lncRNA upstream 373376 33019516 ~ 33021460 (-) True G1856373
XM_021580769.2 mRNA downstream 398127 32036219 ~ 32239298 (-) True LOC110502600
XM_021580767.2 mRNA downstream 398129 32036219 ~ 32239296 (-) False LOC110502600
XR_002470355.2 mRNA downstream 652857 31982805 ~ 31984568 (-) False LOC110502599
XR_005039206.1 mRNA downstream 652877 31982805 ~ 31984548 (-) False LOC110502599
XM_036960191.1 mRNA downstream 677979 31891979 ~ 31959446 (-) True LOC110502596
XM_036960230.1 mRNA upstream 7195 32653335 ~ 32679030 (-) False LOC110502604
XM_036960229.1 mRNA upstream 7195 32653335 ~ 32679332 (-) False LOC110502604
XM_036960231.1 mRNA upstream 7195 32653335 ~ 32679613 (-) False LOC110502604
XM_036960227.1 mRNA upstream 7195 32653335 ~ 32703764 (-) False LOC110502604
XM_036960222.1 mRNA upstream 7195 32653335 ~ 32858193 (-) False LOC110502604
TU2123854 other downstream 121144 32515749 ~ 32516281 (-) True G1855822
TU2123853 other downstream 122017 32515066 ~ 32515408 (-) True G1855821
TU2123334 other downstream 656092 31979997 ~ 31981333 (-) True G1855326
TU2122867 other downstream 1419254 31217597 ~ 31218171 (-) True G1854905
TU2122823 other downstream 1467448 31151609 ~ 31169977 (-) True LOC110502574
TU2125229 other upstream 950018 33596158 ~ 33601841 (-) True LOC110502621
TU2126422 other upstream 1530917 34177057 ~ 34187870 (-) False kcnma1a
TU2126826 other upstream 2174636 34820776 ~ 34821565 (-) True G1858519
TU2126883 other upstream 2193760 34839900 ~ 34841662 (-) True G1858575
TU2126950 other upstream 2290549 34936689 ~ 34968861 (-) True G1858636

Expression Profile