RNA id: TU2148497


Basic Information

Item Value
RNA id TU2148497
length 3440
lncRNA type inter_gene
GC content 0.37
exon number 4
gene id G1878100
representative False

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_048587.1
NCBI id CM023241.2
chromosome length 62880378
location 51999166 ~ 52026414 (-)
genome version USDA_OmykA_1.1_2020_rainbow_trout_Genome
species rainbow trout
(Oncorhynchus mykiss)

Sequence

gtcgtattgttatccagtcaacctgttatccagtcgtattgttatccagtcaacctgttatccagtcgtattgttatccagtgaaattgttatccagtcaaactggtatccagtcaaactgttatccagacaaactgttatccagtcatacagttatccagtcaaactgttatccagtcaaactgttgtCCAGTcgtacagttatccagtcaaactgttatccagtcatacagttatccagtcatattgttatccagtcatacagttatccagtcaagctgttatccagtcaaactgttaaccagtcaaactgttatccagtcgaacatttatccagtcaaactgttatccagtcatacattTATCCAGTCAAACGGTTATCCAGTCAcgcagttatccagtcaaactgttatccagtcaaactgttatccagtcaaactgttatccagtcatactctTATCCAGTCAAAATGTTATCCATTCAAACTGTTACCCAGTCGTTTTGTTAttcagtcatacagttatccagtcaaactgttatccagttatacagttatccagtcaaactgttatccagtcgtattattatccagtcaaactgttatccagttatacagttatccagtcaaactgttatccagtcgtattatTATCAAGTCAACCTGTTATAccgtcgtattgttatccagtgaaattgttatccagtcaaactgttatccagtcaaactgttatccagtcaaactgttatccagtcaaactattatccagtcatacagttatccagtcaaactgttatccagtcaaactgttatccagtcaaaaagttatccagtcaaactgttatccagtcaaaaagttatccagtcaaactgttatccagtcatacagttattcagtcaaactgttatccagtcgtattgttatccagtcaacctgttatccagtcgtattgttatccagtgaaattgttatccagtcaaactgttatccagtcaaactgttatccagtcaaacttttatccagtcaaactgttatccaatcaaactgttatccagtcatacagttatccagtcaaactgttatccagtcaaactgttatccaatcaaacagttatccagtcaaactgttatccagtcaaactgttatccattcatacagttatccagtcttactgttatccagtcaaactgttatccattcATATTGTAAtccagtcatactgttatccagtcatactgttatccagtcaaactgttatcgagtcaaactgttatccagtcaaactgctatccagtcaaactgttacccagtcaaactgttatccagtcatacagttttCCAGTCATACTGATATCCAGTCATACAGcattccagtcaaactgttatccagtcaaactgttatccagtcaaactgttatccagtcaaacttttatacagtcatactgttatccagtcaaactgttatccagtcatacagttatccagtcaaactgttatccagtcaagctgttatccagtcaaactgttatccagtcatacagttatccagtcaaactgttatccagtcaaactgttatccagtcaaactgttacccaGTCGTTTTGTTATCCaatcatacagttatccagtcaaactgttatccagtcatacagttatccagtcaaactgttatccagtcttattgttatccagtcaacctgttatccagtcgtattgttatccagtgaaattgttatccagtcaaactgttatccagtcaaactgttatccagtcaaactgttatccagtcaaactattatccagtcatacagttatccagtcaaactgttatccagtcaaactgttatccagtcaaaaagttatccagtcaaactgttatccagtcatacagttattcagtcaaactgttatccagtcgtattgttatccagtcaacctgttatccagtcgtattgttatccagtgaaattgttatccagtcaaactgttatccagtcaaactgttatccagtcaaacttttatccagtcaaactgttatccaatcaaactgttatccagtcatacagttatccagtcaaactgttatccagtcaaactgttatccaatcaaacagttatccagtcaaactgttatccagtcaaactgttatccagtcaaactgttatccattcatacagttatccagtcttactgttatccagtcaaactgttatccattcATATTGTAAtccagtcatactgttatccagtcatactgttatccagtcaaactgttatcgagtcaaactgttatccagtcaaactgctatccagtcaaactgttacccagtcaaactgttatccagtcatacagttttccagtcatactgttatccagtcatacagcattccagtcaaactgttatccagtcaaactgttatccagtcaaactgttatccagtcaaactgttatccagtcaaactgttatccagtcaaactgttatccagtcatattgtaatccagtcatactgttatccagtcatactgttatccagtcaaactgttatcgagtcaaactgttatccagtcaaactgctatccagtcaaactgttacccagtcaaactgttatccagtcatacaattttccagtcatactgttatccagtcatacagcattccagtcaaactgttatccagtcaaattgttatccagtcaaactgttatccagtcaaactgttatccagtcaaactgttatccagtcaaactgttatccaatcaaacagttatccagtcaaactgttatccaatcaaactgttatccagtgaaattgttatccagtcaaactgttatccagtcaaactgttatccagtcaaactgttaaccAGTCaaacagttatccagtcaaactgttatccagtcatacagttatccagtcaaactgttatccagtcaaactgttatccagtcaaactgttatccagtcatactcttatccagtcaaactgttatccagtcaaactgttatccagtcaaactgttaaccattcaaactgttatccagtcatactgttatccagtcaaactgttatccagtcaaactgttatccagtcatactgttatccagtcaaactgttatccagtcaaactgttatccagtcatactgttatccagtcaaactgttatccagtcaaactgttatccagtcaaactgttatccagtcatactcttatccagtcaaactgttatccagtcaaactgttatccagtcaaactgttaaccatttaaactgttatccagtcatactgttatccagtcaaactgttatccagtcaaactgttacccagtcatactgttatccagtcatactgttatccagtcaaactgttatccagtcaaactgttacccagtcatactcttatccagtcaaactgttatcca

Function

GO: NA

KEGG: NA

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TU2148392 lncRNA downstream 70546 51928372 ~ 51928620 (-) True G1878008
TU2148361 lncRNA downstream 89961 51909004 ~ 51909205 (-) True G1877977
TU2148332 lncRNA downstream 120971 51877987 ~ 51878195 (-) True G1877950
TU2148320 lncRNA downstream 130745 51867967 ~ 51868421 (-) True G1877938
TU2148120 lncRNA downstream 288477 51710349 ~ 51710689 (-) True G1877770
TU2148557 lncRNA upstream 32007 52058421 ~ 52059404 (-) True G1878155
TU2148599 lncRNA upstream 76365 52102779 ~ 52102980 (-) True G1878195
TU2148619 lncRNA upstream 93915 52120329 ~ 52120644 (-) True G1878215
TU2148640 lncRNA upstream 108987 52135401 ~ 52135674 (-) True G1878236
TU2148656 lncRNA upstream 119018 52145432 ~ 52145994 (-) True G1878252
XM_036959912.1 mRNA downstream 45998 51945438 ~ 51953168 (-) True LOC118943832
LOC110503030 mRNA downstream 156317 51828543 ~ 51842849 (-) True LOC110503030
XM_021581303.2 mRNA downstream 185547 51802546 ~ 51813619 (-) True LOC110502956
XM_021581299.2 mRNA downstream 1228831 50766291 ~ 50770335 (-) True LOC110502952
XR_005039239.1 mRNA downstream 1232935 50615029 ~ 50766231 (-) False LOC110502951
XM_021581304.2 mRNA upstream 244991 52271405 ~ 52312301 (-) False LOC110502957
trnag-ccc-6 mRNA upstream 740435 52766849 ~ 52766919 (-) True trnag-ccc-6
XM_036960786.1 mRNA upstream 748737 52775151 ~ 52816006 (-) False LOC110503032
XM_036960785.1 mRNA upstream 799079 52825493 ~ 52860654 (-) True LOC110503033
XM_021581307.2 mRNA upstream 965050 52991464 ~ 53012988 (-) True LOC110502960
TU2148398 other downstream 64122 51934724 ~ 51935044 (-) True G1878014
TU2148370 other downstream 83917 51914947 ~ 51915249 (-) True G1877986
TU2148263 other downstream 206198 51792618 ~ 51792968 (-) True G1877882
TU2148254 other downstream 233825 51758162 ~ 51765341 (-) True G1877873
TU2146795 other downstream 1228849 50766189 ~ 50770317 (-) True G1876522
TU2148499 other upstream 10182 52036596 ~ 52037750 (-) True G1878101
TU2148730 other upstream 181014 52207428 ~ 52207627 (-) True G1878324
TU2148956 other upstream 270814 52297228 ~ 52315778 (-) True LOC110502957
TU2149213 other upstream 616674 52643088 ~ 52643509 (-) True G1878770
TU2149919 other upstream 1136828 53163242 ~ 53164351 (-) True G1879406

Expression Profile