RNA id: TCONS_00057112


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00057112
length 247
lncRNA type antisense_over
GC content 0.43
exon number 1
gene id XLOC_026998
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007115.7
NCBI id CM002888.2
chromosome length 78093715
location 2588157 ~ 2588403 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

ACTACAAACCTCTGGTGTTGGAAGGCTGAGTAAGGACCTTAATGTCTAAGGCATTAACGACGTTCTCTTGAACAGATGTCCTGTATCCGTCGACCACACTTCTTATGGTCTCTCTCAGATTTCCAAGGTTGTAAAACACTTGTAGGGCTGTCCCCACCTGAGATGGATTCTGTggggtaaataataataaacatccaTCAATCAAAATTGGTTTTAACAAGAAGAAAACGTGGGGTCACGGTAGCGC

Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00057526 lncRNA upstream 232968 2352772 ~ 2355189 (+) False XLOC_026995
TCONS_00057525 lncRNA upstream 232968 2352772 ~ 2355189 (+) False XLOC_026995
TCONS_00057528 lncRNA upstream 232968 2352779 ~ 2355189 (+) False XLOC_026995
TCONS_00057527 lncRNA upstream 232968 2352779 ~ 2355189 (+) False XLOC_026995
TCONS_00057531 lncRNA upstream 232968 2352780 ~ 2355189 (+) False XLOC_026995
TCONS_00053272 lncRNA downstream 74306 2662709 ~ 2663627 (+) True XLOC_027001
TCONS_00057533 lncRNA downstream 313944 2902347 ~ 2904041 (+) True XLOC_027002
TCONS_00057113 lncRNA downstream 716775 3305178 ~ 3307854 (+) True XLOC_027004
TCONS_00057534 lncRNA downstream 721082 3309485 ~ 3319127 (+) False XLOC_027005
TCONS_00057535 lncRNA downstream 724128 3312531 ~ 3319127 (+) False XLOC_027005
TCONS_00053266 mRNA upstream 79580 2482046 ~ 2508577 (+) True XLOC_026996
TCONS_00053265 mRNA upstream 297889 2269815 ~ 2290268 (+) True XLOC_026993
TCONS_00053264 mRNA upstream 306727 2267641 ~ 2281430 (+) False XLOC_026993
TCONS_00053262 mRNA upstream 329361 2252123 ~ 2258796 (+) False XLOC_026992
TCONS_00053263 mRNA upstream 330612 2252146 ~ 2257545 (+) True XLOC_026992
TCONS_00053268 mRNA downstream 30729 2619132 ~ 2623487 (+) False XLOC_026999
TCONS_00053269 mRNA downstream 32348 2620751 ~ 2623486 (+) True XLOC_026999
TCONS_00053270 mRNA downstream 49544 2637947 ~ 2642535 (+) True XLOC_027000
TCONS_00053271 mRNA downstream 66955 2655358 ~ 2666310 (+) False XLOC_027001
TCONS_00053273 mRNA downstream 699416 3287819 ~ 3290445 (+) True XLOC_027003
TCONS_00053267 other upstream 6126 2581916 ~ 2582031 (+) True XLOC_026997
TCONS_00053256 other upstream 613263 1958240 ~ 1974894 (+) False XLOC_026987
TCONS_00053257 other upstream 613949 1967756 ~ 1974208 (+) True XLOC_026987
TCONS_00053255 other upstream 636661 1950849 ~ 1951496 (+) False XLOC_026987
TCONS_00053253 other upstream 644571 1937522 ~ 1943586 (+) False XLOC_026986
TCONS_00053290 other downstream 1788095 4376498 ~ 4387008 (+) True XLOC_027026
TCONS_00053293 other downstream 2102323 4690726 ~ 4690841 (+) True XLOC_027031
TCONS_00053296 other downstream 2245682 4834085 ~ 4888504 (+) False XLOC_027034
TCONS_00053314 other downstream 2666675 5255078 ~ 5273838 (+) True XLOC_027045
TCONS_00053330 other downstream 2814712 5403115 ~ 5416987 (+) False XLOC_027051