RNA id: TCONS_00057127


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00057127
length 376
lncRNA type inter_gene
GC content 0.48
exon number 2
gene id XLOC_027069
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007115.7
NCBI id CM002888.2
chromosome length 78093715
location 5957403 ~ 5963871 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

CACAGGTACACCGTTTTACTGGCGTCAAGTTGAGCTCCAGCAGATGACAGCTCAGTGCCAGACTCAtaatgtcagtcaacagcagatATTACAGCCAGACAGCGAAGACAAGCCACAGCAAGTGCAGAAATGGAGAGTAACGCGACTCACCTcagtgaagatacacacgtgtgtttgttgtgtttctGTAGCAGATCTTTGACCTGTTCTCAACAGCTGACGCTCCTCCACACACTCCTCCACATCCAGGCGGATTCACAGCTCCAGTAAAGGTATTTATGAGCTCATATTTCCAGTAGAGAGTCCagaaagtgtgtttgttgtgctgCTGCTCTGTCGCGTGTATGTTGGGGGAGGGACTTTCTGTAGAAAGCAT

Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00053353 lncRNA upstream 131063 5825368 ~ 5826340 (+) True XLOC_027063
TCONS_00053347 lncRNA upstream 312595 5642714 ~ 5644808 (+) True XLOC_027059
TCONS_00053345 lncRNA upstream 417561 5537937 ~ 5539842 (+) True XLOC_027058
TCONS_00053341 lncRNA upstream 427044 5528694 ~ 5530359 (+) True XLOC_027056
TCONS_00053339 lncRNA upstream 437984 5515031 ~ 5519419 (+) True XLOC_027055
TCONS_00053364 lncRNA downstream 452407 6416278 ~ 6508633 (+) False XLOC_027071
TCONS_00053365 lncRNA downstream 541762 6505633 ~ 6508633 (+) False XLOC_027071
TCONS_00053366 lncRNA downstream 541827 6505698 ~ 6508633 (+) False XLOC_027071
TCONS_00057128 lncRNA downstream 543454 6507325 ~ 6508633 (+) True XLOC_027071
TCONS_00057596 lncRNA downstream 714559 6678430 ~ 6695024 (+) False XLOC_027075
TCONS_00053362 mRNA upstream 47360 5868034 ~ 5910043 (+) True XLOC_027068
TCONS_00053360 mRNA upstream 106770 5848229 ~ 5850633 (+) False XLOC_027067
TCONS_00053361 mRNA upstream 108226 5848317 ~ 5849177 (+) True XLOC_027067
TCONS_00053358 mRNA upstream 109466 5842433 ~ 5847937 (+) False XLOC_027066
TCONS_00053359 mRNA upstream 110006 5842554 ~ 5847397 (+) True XLOC_027066
TCONS_00053363 mRNA downstream 68769 6032640 ~ 6047236 (+) True XLOC_027070
TCONS_00053367 mRNA downstream 608493 6572364 ~ 6580610 (+) True XLOC_027072
TCONS_00053368 mRNA downstream 675421 6639292 ~ 6640415 (+) True XLOC_027073
TCONS_00053369 mRNA downstream 679550 6643421 ~ 6647605 (+) True XLOC_027074
TCONS_00053371 mRNA downstream 771182 6735053 ~ 6749412 (+) False XLOC_027076
TCONS_00053350 other upstream 172532 5778229 ~ 5784871 (+) True XLOC_027061
TCONS_00053336 other upstream 441541 5506952 ~ 5515862 (+) False XLOC_027055
TCONS_00053334 other upstream 463105 5488281 ~ 5494298 (+) True XLOC_027051
TCONS_00053333 other upstream 479055 5465998 ~ 5478348 (+) False XLOC_027051
TCONS_00053330 other upstream 540416 5403115 ~ 5416987 (+) False XLOC_027051
TCONS_00053381 other downstream 950845 6914716 ~ 6914851 (+) True XLOC_027079
TCONS_00053382 other downstream 1061296 7025167 ~ 7025283 (+) True XLOC_027081
TCONS_00053383 other downstream 1199887 7163758 ~ 7163874 (+) True XLOC_027083
TCONS_00053390 other downstream 1451466 7415337 ~ 7415437 (+) True XLOC_027085
TCONS_00053415 other downstream 2170723 8134594 ~ 8134710 (+) True XLOC_027099

Expression Profile

//