RNA id: TCONS_00053380


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00053380
length 639
lncRNA type sense_intronic
GC content 0.28
exon number 2
gene id XLOC_027078
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007115.7
NCBI id CM002888.2
chromosome length 78093715
location 6903549 ~ 6904239 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

GAATGCATATAGAtgtagatatggatggatggatagatatatttAGATAGGTTAATGACAATGGACATAGATGTATCTGTGTATATGTACATGTATAGATGTATATATAGGTGAATACATTTAggtatagatatatgtatatataggtgAATGCATATAggtatagatatatgtatatgtaggTGAATGCATATAGGTATAGATATAtggatatagatggatggatggataaatagaattATATAGGTTGATAGAAATTAATATAGATGTATGGATATAGATGTAGATATGGTTGGATAtagatgttaatatatatttatatatggatggatgcatataggtatagatagatggatatagaTGGATGTTGATATAAATGGATGGTTGTAGATGGATATATATAGGTGGATGGATGTCAATATAGATGGATATAGATATAGGGTGGTGGATGTGGATATAGGTGGATAAaacagtatagtatatgtattataATTATCTCCATGAAAATCGTTCATTATAGATCATGACTTGgcataaaacaagcaaacacacgagtaaataattataaataaatacatgcttgAAGTCAAAATggtttgtatttgttatttttttatgtttagaagATTGCTActttat

Function

GO: NA

KEGG: NA

Ensembl:

ensembl_id ENSDART00000150563

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00053377 lncRNA upstream 18489 6833743 ~ 6885060 (+) False XLOC_027077
TCONS_00057596 lncRNA upstream 208525 6678430 ~ 6695024 (+) False XLOC_027075
TCONS_00053370 lncRNA upstream 211133 6678443 ~ 6692416 (+) True XLOC_027075
TCONS_00053364 lncRNA upstream 394916 6416278 ~ 6508633 (+) False XLOC_027071
TCONS_00057597 lncRNA downstream 101570 7005809 ~ 7020022 (+) True XLOC_027080
TCONS_00057598 lncRNA downstream 207490 7111729 ~ 7112022 (+) True XLOC_027082
TCONS_00053387 lncRNA downstream 487115 7391354 ~ 7406259 (+) False XLOC_027084
TCONS_00053388 lncRNA downstream 487223 7391462 ~ 7397025 (+) False XLOC_027084
TCONS_00053389 lncRNA downstream 487251 7391490 ~ 7402765 (+) True XLOC_027084
TCONS_00053371 mRNA upstream 154137 6735053 ~ 6749412 (+) False XLOC_027076
TCONS_00053372 mRNA upstream 154204 6736746 ~ 6749345 (+) True XLOC_027076
TCONS_00053369 mRNA upstream 255944 6643421 ~ 6647605 (+) True XLOC_027074
TCONS_00053368 mRNA upstream 263134 6639292 ~ 6640415 (+) True XLOC_027073
TCONS_00053367 mRNA upstream 322939 6572364 ~ 6580610 (+) True XLOC_027072
TCONS_00053384 mRNA downstream 486871 7391110 ~ 7406253 (+) False XLOC_027084
TCONS_00053385 mRNA downstream 486976 7391215 ~ 7409313 (+) False XLOC_027084
TCONS_00053386 mRNA downstream 487161 7391400 ~ 7405546 (+) False XLOC_027084
TCONS_00053392 mRNA downstream 604077 7508316 ~ 7538138 (+) False XLOC_027086
TCONS_00053393 mRNA downstream 604078 7508317 ~ 7543967 (+) False XLOC_027086
TCONS_00053350 other upstream 1118678 5778229 ~ 5784871 (+) True XLOC_027061
TCONS_00053336 other upstream 1387687 5506952 ~ 5515862 (+) False XLOC_027055
TCONS_00053334 other upstream 1409251 5488281 ~ 5494298 (+) True XLOC_027051
TCONS_00053333 other upstream 1425201 5465998 ~ 5478348 (+) False XLOC_027051
TCONS_00053330 other upstream 1486562 5403115 ~ 5416987 (+) False XLOC_027051
TCONS_00053381 other downstream 10477 6914716 ~ 6914851 (+) True XLOC_027079
TCONS_00053382 other downstream 120928 7025167 ~ 7025283 (+) True XLOC_027081
TCONS_00053383 other downstream 259519 7163758 ~ 7163874 (+) True XLOC_027083
TCONS_00053390 other downstream 511098 7415337 ~ 7415437 (+) True XLOC_027085
TCONS_00053415 other downstream 1230355 8134594 ~ 8134710 (+) True XLOC_027099

Expression Profile

//