RNA id: XM_036962177.1


Basic Information

Item Value
RNA id XM_036962177.1
length 9284
RNA type mRNA
GC content 0.56
exon number 14
gene id bicra
representative False

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_048588.1
NCBI id CM023242.2
chromosome length 45930806
location 38845482 ~ 38932575 (+)
genome version USDA_OmykA_1.1_2020_rainbow_trout_Genome
species rainbow trout
(Oncorhynchus mykiss)

Sequence

ACAATGATTTTTGAGCAGGCGAACTCAACGGTCCTCTGTTTCCTGCCTGTATCCGGGTCCTGTATGGAAGCCCGTGCGAGGCTGTCCCGGAGACCCCGCGCTGCCTGCACCTCTATCGTCTCGGTTGACATGGACGATGAAGATGGCAGGTGCCTGCTAGATGTCATTTGTGACCCAGAAGCACTCAACGATTTTCTTCATGGATCAGAGATACATCTGGACACTGACGACCTTTTGGATGGCTCTAACGACCCCTCCAGCTCGTTCTTCTCTTCTGTTGGGTGCCACGTTCCAGAGGTCCCACCCCCAGTCCAGCTGTCGTCCAATGAGCAGCAAGGCCTGCCCCGGGTCAGCGTGGACCTGGACTTCCTGGAAGATGATGTCATCCTGGACGGGTCGCCGGGCGACGACGGTAGCAACGCGATGGAGCCATGCGACATCCTGCAGCAGAGCCTGGCGGAGGCGAACATTACAGAGCAGAGCCTGCAGGAGGCCGAGGCAGAGCTGGACCTGGGCTCCTTCGACCTCACCATGCCAGGTCTGACTCAGGTGGTCCAGACCCTGCCCTGTACAGACAGCCTGACTGGGTCTGGAGGGACCGCTGCGGGGGTGGGGCTCCCCATCTTCCCTGGAGCTCCAGGCTCCTCCGCCACCCCTCCCCAGGCCACAGCTGACATGCTGGGCTCGGTGCTGGCCCAACAGGGCCTGGAGTTTGGGCCCCAGGTCATGAACAAGGCCCAGGCCATCAGTATGCAGCCTTTCATGCAGCAGGTGGCAGGCCTGGGTAACGTCACCCTTCAGCCAATCGCCTCCCTCCAGGCCCTACCTAACGGCTGTCAGTCAGGACacctggggctgggactggggcagaTACAGGTGATGGGCCAGCCCACTGTGATGACTATGAACCAATCAGGACAGTCCATCCTGGCCAAGGGTATGGGAGGATACCAGCTGCACCAGCCTGGCCCCGAGGCACAGGGGGCAGGTGGGCAGGGTGGACTTGGAGGAGGACTTCTGATCCAAGGGGGAAAAGCCACTCTGGGACCTCCTGCTTTAAACGGACCAGCGGTGTGCGGTACCACAGGAACCTTGGTTGGGTTCAGTAGCCCCGGACTGGCACAACATGGGCAGAACCATCCCCAAGGACAGATCATGCAGAACTTGATCGTCCAGCGAACTCCGACCCCCATCCAACCCAAACCCCCTCAGGGTGGCGCAGCCATCCAGCCCAAACTGTTTAAGCAGCAGCAGGCCCAGCCACACGCCTTCCAGAATGAAGCCAACAAGGCTCTAGGGGTGCAGCATGTCCCTGTCTCCGCTGCCCAGAATGTAGCCTTCCTGACAGGCAAGCCTGGCGCCAACGTGGTCCTGACCTCCCAGGCAGGGCTTCCCCAACAGGCTCTGTTCAAACAGCAGACAGCCCACCACCCCTCTGGGAAAGCTCTCAGTGTCCACCTGCTCAACCAGCccggcagcatcatgctgggggGCCAGAACCACCAGTTCCTCCTGCCACAGCAGCTAGCCGGGGGTCAGATCCTCACGCAGCACCCTGGGGGCCACATCATCACCTCCCAGGGGCCTGGGGGCCAACTGATAGCCAATCAGATCCTGGCTCAGCACCAGAACATCAACCTGGGCCAGGTGCTGATGTCTCAGGGCCACATCCAGCTGCAGCCGGGTCAGATGGGTGTGGGACATCAGCTTTTCCAGATGCCTGTTACCCTCTCCCAGAGCCAGACCCACCCGGTCACGGGCCACCAGGCCCACACGGTGATCCAGGGCATGCCCCTGCAGAACTCCCTGGCCATGCTGAGCCAGGTGGAGGGGGTGAGTCCTGCTGTCAGCCTGCAGCCCGCTCTGCAACCGCAGCCGGGGGGCGTTCCCAGCAGTGGGATGGGCGGGGCAGCTGCCATGGCACAGGGCCAGCCTGGGGAGAGTGGGAGCTGTACAGACCAGGCAGCCCATCCTGGACAACCCCCCCAGCACTCCTCCATCCTTTCTATGCAGGCTGGgccctctgtctctgtggctgtctctgtcccctccttaTCTCCATCCTTATCTGTGTCCTCCACGTCAGCCCAGCAGCAACACAGCCCCGGGAGCAGGGTGCTCTTCACAGGGCCACAGGGCTCCAGCATGATCCTCAGCCAGGAACACCTCCAGATGTTTCTCCAGCAGATGCCCCAGGCGGCTGGACAGCAGTTGAAGCTCCAGAGCCTGTCCCCCTCCCAGCCCCTGGCCTCCCACACTGCTCCCCCTCTGTCGGACAGCCCTCagccctcccccttccccctgcAGTCCCCCCTCCACCATGGCCAGTCCCGCACCCCCTCCCAGCCACAGACCCCTGTCCGCTCCTGCACCCCCTCATCTCTTCCCTCAATGTTCATTATCCACAACCAGATCCCTGGCTCCCCCCAGcctgcacaacaacaacaacaacaacaacaacaacaacaacaacaacaacaacaacaacaacagcagcaacagcaacaacaacaacaacaacaacaacaacaacaacaacaacaacaacaacaacaacaacaacaacaacaacaacaacaacaacaacagcagcaacagaTGCACATCCAGTCCCGGCCCCCCTCCCAGCCTGCTCCCTACCAACCTGACGTCCCCCCTCCCACCTGCTCCCCCAAACCCTCCCAGACTCTCCAGGGCCCTCCTGCAGGGTTCCAATTTACGGTGCCCGAGGTGGGGGCCCCCGGCGGTGGAGTGGTGAAGACCCAGGCTCAGCCCATCGCTCAGCCCATCGCTCAGCCCATCGCTCAGCCCATCGCTCAGCCCATCGCTCAGCCCATCACTCAGCCCATCGCTCAGCCCTCTCCTCAACAGAAACTACAGCAGGTCCAACAGAACATTTTACTACAGGCCAAACAACAGCAGCACAGCCAACCCCAAACTCCACCCCAACAACAAGCCCAGTCCAGCTCACAGCAAGATGTGCCTGCTCTTCTGATCCCACAACAGGCCCAGTCCAGCTCACAGCAAGATGTGCCTGCTCTTCTGATCCCACAACAGGCCCAGTCCAGCTCACAGCAGGCGTCTGTGCTGGTCAAGACTCCTGCCACAGCATCCAATGACGTGCAGGTGTTCTCAGGAGTGCAGGGTCAAGGTGGAGTTGAGGTGAACCATGGGGGCGTGGCTCCAGCTAGTTTTAGCCAGTCAGCACATCCGCCTGGTCAACAGTCACTACACCAGTCTGTGCAGTCAAAGACTGAAGGACTGATCGGTCAGATGGGGGTGAGGAGCCTGGGGATGATCCAGGTGATCGGGTCAGGTCTGGGTCAGATGACGTCAACACAGCAGCACACCCCTGGTCTGGTCTCGCTACAAACACAGACTGCTACTATGAAGATGCCTTTCAGTATTGCTGAACCCAGCAAGGAAGCCAGgatgtTGGAGCAGCTGAGGAAGCAGCAGGGTTCAGTCCTCCACCCAGACTACAGCTCTTCCTTCCAGTGTTTTGAAGACACCCTGACCCGCCTGGTGCCTTACCACCTCTACCAGGGCACCGCCACCGCACCACACGACTACCACAGAGGTACACACACCCTGACCCGCCTGGTgccctaccacctctaccaggGCACTGCCACCCCACCACACGACTACCACAGAGtgGATGATGAGTTTGAGAGTGTTTCCAGCCAGCTCCTGAAGAGAACGCAGGCCATGCTGGATAAATACAGACACCTGCTTTTTGAGGAGTCAACGCGCCTTGGCCCGTCAGCTGAGATGGTAATGATGGACAGGATGTTTATTCAGGAGGAGAAGATCTCTCTGGGACAGGACCGTATCCTCGCCAGGGACAGACCTGaggagtACGTTGCCAACTCGAAGATGCTGGAGCAGGAGAGTGTAGCTGCCAGGGTGCCCCAGTCTTTTGTGTCTGCTGAGCCCAGCGTCGTGTGGAGTCGTGTATCTGTGGCAGGGACAGATAAAGGTCCTACCCCCATCACAGCCTCAACACCGGCCCACTTCCCCTCCACCAAGCTGGTGATAAAGCAGGGAGGAGCGGGGGCGTCTGCCTCCTGGTCCAGCTCCCCAGCTCCTGTAGCCAGGTcggggtcaggggtcagacaGACAGTTGACACCCAGAGTCACAGCTCCTCCTTCAGCCACGGTCCTCCGCCTCCTTCCTCATCCAGCTCCTCCTACCGCTCCttctcctccaactcctcctaCCGCCCCTCCTCTCGTccagctgatgatgatgatgatgattctcTCCCCCAGAGGACCAGTAAACCTCCCATGAAGACTTACGCCGCCCGCCCACGCATCGGCTTGAAGCTCAAGATCAAACAGGAAGCGGGGTTTAGTAAGGTGGTACACAACACCGCCCTCGACACACCATCCACACCCCAGCCTCAAGCCCAGCCACACCCCATCACCCAGCCACACCCCACCACCCAGCCACACCCCACCACCCAGCCACACCCCACCACCCAGCCACACCCCACCACCCAGCCACAATCAGCACTGACGCACCCAAAAGCCCGAGCTGTAgcagcactagtcactcctcctTCTATAACTACTGTCATTAGGACTCCACCCCCTACCTGTAATGCCACTTCCTCGGCAACGGTCTCCATAGAAACCACACAGGCGACCCCCAGCCCCCTCCAGAGAGTCACAGCCCCGCCACCCCCCTCCTCCTATCACCCTTGGTCTTCATCATCAACGACAACACCATCCTCATCCTCTTTCACTGCTCAAATTAACGGAACGTTAGAACATCACAATGTGGGTGGAGTCGAGCGTAACCCCGCCTCCACGGTCACTCCTCCTCAGACCACTTGCCGTCTACCGCTACGGAAGACTTACCGGGAGAACATCAGCCCGCGCGTCCGACCGGGGGTaccgggaggaggaggagacagtgtCCCGTACCCCCgtccctccccctcaccccccaaatctcccctcccaccctcctcaccctctgCCCTCTCGGA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Function

GO: NA

KEGG: NA

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TU2206446 lncRNA upstream 14105 38830777 ~ 38831377 (+) True G1929322
TU2206316 lncRNA upstream 28233 38816390 ~ 38817249 (+) True G1929228
TU2206441 lncRNA upstream 31466 38813439 ~ 38814016 (+) True G1929321
TU2206440 lncRNA upstream 32458 38812691 ~ 38813024 (+) True G1929320
TU2206311 lncRNA upstream 80259 38763203 ~ 38765223 (+) True G1929223
TU2206515 lncRNA downstream 5485 38938060 ~ 38938342 (+) True G1929378
TU2206520 lncRNA downstream 49411 38981986 ~ 38983545 (+) True G1929381
TU2206572 lncRNA downstream 103441 39036016 ~ 39037016 (+) False G1929429
TU2206574 lncRNA downstream 103441 39036016 ~ 39038600 (+) True G1929429
TU2206577 lncRNA downstream 112844 39045419 ~ 39046818 (+) True G1929432
XM_036961888.1 mRNA upstream 52012 38770840 ~ 38793470 (+) True bckdha
XM_021581659.2 mRNA upstream 87713 38737469 ~ 38757769 (+) True tmem91
XR_005039418.1 mRNA upstream 108898 38720782 ~ 38736584 (+) False LOC118944104
XM_036961981.1 mRNA upstream 192471 38590159 ~ 38653011 (+) False ppp1r13l
XM_036961454.1 mRNA downstream 10849 38943424 ~ 38977744 (+) False ehd2b
XM_036961455.1 mRNA downstream 27954 38960529 ~ 38977744 (+) True ehd2b
XM_036961043.1 mRNA downstream 51032 38983607 ~ 38987304 (+) False psmd8
NM_001165187.1 mRNA downstream 51075 38983650 ~ 38990269 (+) True psmd8
XM_036962033.1 mRNA downstream 88225 39020800 ~ 39049676 (+) False spred3
TU2206306 other upstream 210090 38590181 ~ 38635392 (+) True ppp1r13l
TU2206278 other upstream 332377 38509846 ~ 38513105 (+) True G1929196
TU2206073 other upstream 646958 38197898 ~ 38198524 (+) True G1929037
TU2206015 other upstream 738256 38092415 ~ 38107226 (+) True LOC110511668
TU2206018 other upstream 759772 38072198 ~ 38085710 (+) False LOC110511668
TU2206559 other downstream 88258 39020833 ~ 39048693 (+) True spred3
TU2206900 other downstream 615237 39547812 ~ 39549780 (+) True G1929664
TU2207080 other downstream 941703 39874278 ~ 39877275 (+) True G1929808
TU2207096 other downstream 955752 39888327 ~ 39889155 (+) True G1929816
TU2207191 other downstream 1093360 40025935 ~ 40028517 (+) False G1929891

Expression Profile