RNA id: TCONS_00057610


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00057610
length 329
lncRNA type antisense_over
GC content 0.49
exon number 3
gene id XLOC_027088
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007115.7
NCBI id CM002888.2
chromosome length 78093715
location 7652574 ~ 7666746 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

CAGCAGATGACAGCTTAGTAACAGCCTCATAATGTCAGTCAACAGCACATATTACAACCCGACAGCGAACACAAGGTGCTCTAACGTGCAGAAACGAAGAGTAACGCGACTCACCTGTGACTTTCTTTCGGCGTGAAGAAGCGCTGCTGAATGACAGTGAGGGCGGATCTGCAGCAGCGAAGACACtcgtgtgtctgttgtgtttcaGCTGCACAGCTTTCACCTGACACCTTTGTCCACATCCAGGCGGATTCAAAGCATCAGGAAAGATATGGATTTTTGACAGACAGATTCGTTGGAATCCAACAGAACGAGGACGAAACACTGAC

Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00057606 lncRNA upstream 56877 7545905 ~ 7595697 (+) False XLOC_027087
TCONS_00057609 lncRNA upstream 56877 7592198 ~ 7595697 (+) True XLOC_027087
TCONS_00057601 lncRNA upstream 65429 7545707 ~ 7587145 (+) False XLOC_027087
TCONS_00057600 lncRNA upstream 69022 7545660 ~ 7583552 (+) False XLOC_027087
TCONS_00057603 lncRNA upstream 69022 7545787 ~ 7583552 (+) False XLOC_027087
TCONS_00057611 lncRNA downstream 48855 7715601 ~ 7717659 (+) True XLOC_027090
TCONS_00053409 lncRNA downstream 209490 7876236 ~ 7879970 (+) False XLOC_027095
TCONS_00053411 lncRNA downstream 212513 7879259 ~ 7881317 (+) True XLOC_027095
TCONS_00057612 lncRNA downstream 378696 8045442 ~ 8049258 (+) True XLOC_027098
TCONS_00057129 lncRNA downstream 1043873 8710619 ~ 8737886 (+) True XLOC_027104
TCONS_00053396 mRNA upstream 107887 7508337 ~ 7544687 (+) False XLOC_027086
TCONS_00053394 mRNA upstream 108003 7508323 ~ 7544571 (+) False XLOC_027086
TCONS_00053395 mRNA upstream 108203 7508332 ~ 7544371 (+) False XLOC_027086
TCONS_00053393 mRNA upstream 108607 7508317 ~ 7543967 (+) False XLOC_027086
TCONS_00053400 mRNA upstream 108630 7514687 ~ 7543944 (+) False XLOC_027086
TCONS_00053402 mRNA downstream 10572 7677318 ~ 7713665 (+) False XLOC_027089
TCONS_00053403 mRNA downstream 32116 7698862 ~ 7713091 (+) True XLOC_027089
TCONS_00053404 mRNA downstream 151250 7817996 ~ 7821466 (+) True XLOC_027091
TCONS_00053405 mRNA downstream 156027 7822773 ~ 7826304 (+) True XLOC_027092
TCONS_00053406 mRNA downstream 160515 7827261 ~ 7836413 (+) True XLOC_027093
TCONS_00053390 other upstream 237137 7415337 ~ 7415437 (+) True XLOC_027085
TCONS_00053383 other upstream 488700 7163758 ~ 7163874 (+) True XLOC_027083
TCONS_00053382 other upstream 627291 7025167 ~ 7025283 (+) True XLOC_027081
TCONS_00053381 other upstream 737723 6914716 ~ 6914851 (+) True XLOC_027079
TCONS_00053350 other upstream 1867703 5778229 ~ 5784871 (+) True XLOC_027061
TCONS_00053415 other downstream 467848 8134594 ~ 8134710 (+) True XLOC_027099
TCONS_00053421 other downstream 836941 8503687 ~ 8503801 (+) True XLOC_027102
TCONS_00053451 other downstream 1925785 9592531 ~ 9598700 (+) True XLOC_027123
TCONS_00053480 other downstream 3040009 10706755 ~ 10713584 (+) False XLOC_027140
TCONS_00053484 other downstream 3085994 10752740 ~ 10763285 (+) False XLOC_027142

Expression Profile

//