RNA id: TCONS_00053563


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00053563
length 228
RNA type mRNA
GC content 0.26
exon number 11
gene id XLOC_027180
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007115.7
NCBI id CM002888.2
chromosome length 78093715
location 12979653 ~ 12998711 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

ATAAATGTTATTGGGTCATTTTTAtttttttttttttttaatAATGATGTGCTGGAACTCATATTTGACTATTCAAGTTGCAGCCTTCATTGtggaatgctgtactttgatagccattggctgctaatgagaacgtctgaatTACATCTCatagaaataataaatatttatatagatataaaaTCATtttttttgtttgttttgttattaaaaagtGTGAAGACtcat

Function

GO: NA

KEGG: NA

Ensembl:

ensembl_id ENSDART00000184633

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00057650 lncRNA upstream 160276 12813200 ~ 12819377 (+) False XLOC_027176
TCONS_00057651 lncRNA upstream 160276 12813576 ~ 12819377 (+) True XLOC_027176
TCONS_00057649 lncRNA upstream 224451 12752554 ~ 12755202 (+) True XLOC_027175
TCONS_00057648 lncRNA upstream 672988 12304608 ~ 12306665 (+) False XLOC_027168
TCONS_00053566 lncRNA downstream 2936 13001647 ~ 13002197 (+) False XLOC_027182
TCONS_00057663 lncRNA downstream 9834 13008545 ~ 13010527 (+) False XLOC_027182
TCONS_00057665 lncRNA downstream 9834 13008545 ~ 13024021 (+) False XLOC_027182
TCONS_00057664 lncRNA downstream 9834 13008545 ~ 13024021 (+) False XLOC_027182
TCONS_00053567 lncRNA downstream 9969 13008680 ~ 13013325 (+) False XLOC_027182
TCONS_00053562 mRNA upstream 11632 12966640 ~ 12968021 (+) True XLOC_027178
TCONS_00053561 mRNA upstream 22935 12931763 ~ 12956718 (+) True XLOC_027177
TCONS_00053560 mRNA upstream 255249 12702440 ~ 12724404 (+) True XLOC_027174
TCONS_00053557 mRNA upstream 300360 12615836 ~ 12679293 (+) False XLOC_027173
TCONS_00053570 mRNA downstream 413319 13412030 ~ 13425447 (+) True XLOC_027185
TCONS_00053571 mRNA downstream 430282 13428993 ~ 13434027 (+) False XLOC_027186
TCONS_00053573 mRNA downstream 451064 13449775 ~ 13462784 (+) False XLOC_027187
TCONS_00053574 mRNA downstream 453726 13452437 ~ 13461594 (+) False XLOC_027187
TCONS_00053575 mRNA downstream 454196 13452907 ~ 13462784 (+) False XLOC_027187
TCONS_00053538 other upstream 677658 12292285 ~ 12301995 (+) False XLOC_027168
TCONS_00053520 other upstream 1250523 11724230 ~ 11729130 (+) True XLOC_027159
TCONS_00053515 other upstream 1413497 11566040 ~ 11566156 (+) True XLOC_027157
TCONS_00053484 other upstream 2216368 10752740 ~ 10763285 (+) False XLOC_027142
TCONS_00053480 other upstream 2266069 10706755 ~ 10713584 (+) False XLOC_027140
TCONS_00053572 other downstream 430294 13429005 ~ 13431011 (+) True XLOC_027186
TCONS_00053579 other downstream 585772 13584483 ~ 13584581 (+) True XLOC_027191
TCONS_00053602 other downstream 1107800 14106511 ~ 14108810 (+) False XLOC_027200
TCONS_00053603 other downstream 1117655 14116366 ~ 14119559 (+) False XLOC_027201
TCONS_00053612 other downstream 1726363 14725074 ~ 14725214 (+) True XLOC_027211