RNA id: TCONS_00057134


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00057134
length 515
lncRNA type inter_gene
GC content 0.45
exon number 2
gene id XLOC_027189
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007115.7
NCBI id CM002888.2
chromosome length 78093715
location 13489682 ~ 13493356 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

TACAAAGTTATTCAAATGCCTGGTGTCTTTAGTAGTGTAACTTACGTTAGCTGGCCTCCTCAGAAAGACCGCCAAATGCCGTCAGGTCTGCTTCTGGGATTCTGGTGGCTTAAAGGCGCCTGTCTAAAACAGCAGTTTTGCTATTAAAATTACACCAAAGTCATCCAGCATGTGTAAACACCAAAATCACTAACAACGCAGTCGACATTAAAGTgattttataaaagtatttacCGTCGGCGAACTCCACATTTCATCCGCTGCCAAATCACGACGCCAAAATCTCCGCCGCCGATGCCGCCAAAACATAGCTGACGTCATATCATCAATGCACACATATGAGGGCAACATGTTTGCTGGAAGCCAATGTATGACAGTGGAACCTTTAGAAATCCTCAACCTACACAGCCTGCCAGTCCCTGTAAATTCTCCCCGAAACTGTGTGAGGTGGGTGAACTTCGATTTCGGAGGGTAATGCGGTAAGGAGAAGCGTGACAAGAATGACTTCAAAGATT

Function

GO:

id name namespace
GO:0045495 pole plasm cellular_component
GO:0043186 P granule cellular_component
GO:0060293 germ plasm cellular_component

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00057668 lncRNA upstream 19785 13468591 ~ 13469897 (+) True XLOC_027188
TCONS_00053576 lncRNA upstream 28088 13453364 ~ 13461594 (+) True XLOC_027187
TCONS_00053569 lncRNA upstream 215047 13270792 ~ 13274635 (+) False XLOC_027184
TCONS_00053568 lncRNA upstream 215047 13270792 ~ 13274635 (+) False XLOC_027184
TCONS_00057133 lncRNA upstream 215059 13273125 ~ 13274623 (+) True XLOC_027184
TCONS_00057669 lncRNA downstream 90698 13584054 ~ 13586183 (+) False XLOC_027191
TCONS_00053583 lncRNA downstream 100175 13593531 ~ 13597427 (+) True XLOC_027192
TCONS_00053587 lncRNA downstream 137658 13631014 ~ 13631677 (+) False XLOC_027194
TCONS_00057135 lncRNA downstream 383548 13876904 ~ 13890091 (+) True XLOC_027198
TCONS_00057136 lncRNA downstream 613159 14106515 ~ 14106866 (+) True XLOC_027200
TCONS_00053573 mRNA upstream 26898 13449775 ~ 13462784 (+) False XLOC_027187
TCONS_00053575 mRNA upstream 26898 13452907 ~ 13462784 (+) False XLOC_027187
TCONS_00053574 mRNA upstream 28088 13452437 ~ 13461594 (+) False XLOC_027187
TCONS_00053571 mRNA upstream 55655 13428993 ~ 13434027 (+) False XLOC_027186
TCONS_00053570 mRNA upstream 64235 13412030 ~ 13425447 (+) True XLOC_027185
TCONS_00053577 mRNA downstream 75113 13568469 ~ 13576209 (+) False XLOC_027190
TCONS_00053578 mRNA downstream 75170 13568526 ~ 13576215 (+) True XLOC_027190
TCONS_00053580 mRNA downstream 93099 13586455 ~ 13604351 (+) False XLOC_027192
TCONS_00053581 mRNA downstream 93333 13586689 ~ 13605156 (+) False XLOC_027192
TCONS_00053582 mRNA downstream 93333 13586689 ~ 13605158 (+) False XLOC_027192
TCONS_00053572 other upstream 58671 13429005 ~ 13431011 (+) True XLOC_027186
TCONS_00053538 other upstream 1187687 12292285 ~ 12301995 (+) False XLOC_027168
TCONS_00053520 other upstream 1760552 11724230 ~ 11729130 (+) True XLOC_027159
TCONS_00053515 other upstream 1923526 11566040 ~ 11566156 (+) True XLOC_027157
TCONS_00053484 other upstream 2726397 10752740 ~ 10763285 (+) False XLOC_027142
TCONS_00053579 other downstream 91127 13584483 ~ 13584581 (+) True XLOC_027191
TCONS_00053602 other downstream 613155 14106511 ~ 14108810 (+) False XLOC_027200
TCONS_00053603 other downstream 623010 14116366 ~ 14119559 (+) False XLOC_027201
TCONS_00053612 other downstream 1231718 14725074 ~ 14725214 (+) True XLOC_027211
TCONS_00053616 other downstream 1239627 14732983 ~ 14733123 (+) True XLOC_027213

Expression Profile

//