RNA id: TCONS_00057671


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00057671
length 5520
lncRNA type inter_gene
GC content 0.35
exon number 1
gene id XLOC_027203
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007115.7
NCBI id CM002888.2
chromosome length 78093715
location 14162343 ~ 14167862 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

CAGCACGAGGCTCACCTTTGGCTCTCTGTAAACAACACGACGCTTGACCATAGTCAAAACAAACCTTTCTGACCGTTTTAAAGATATAAAAGTACATTTCCTGCAGGTGACAGTCAGTGagagccattaaatgtcacttattAGCACACATTTCAGCCCTTTCAAGCAAAAACATGCGACTATCACTGGATAATGTGCAGGAATGCTGGACACTCCATCACCTGTAAGTAACTTTACACTTGTGTCGTTAAAGGATTATAAAGCAATGCTTCATTTGCATTTAATCGTTAATGATGTTTGTATTGAGGTGATTCCTGTAAAGTTTATCAtgtagaataataatattaagcagTAGTGCTGTTTGTTTTGTCTGCAGTCTAGTGAATTCATGTCTTCATCTGCATGACAGCATCATGACATCTTTATTTTTAAGCTTCTGGTTATGATTCATCCAGAATTAATGATTTGTGTGTCCAGTTTCATGTTATAaactttaatatataaatataatgatacATGTTTAAATTGTACACATTTCCTCATCAACACAACTGCTTTGTTTAACACTGTAAACTAGTTGCCATTTGATTGTGTTATGTGgcaatattattttcttcttgtAAATCATGTTATAAATGGTACTAAAAACACagaatatagaaataaatatttatatagatataaaaTCATGTAATACATATAGCCTTGAATACTTAACATGTATTTCACTACATGAAAATAACAAAATAGACATGCAAGTAATGAAATAgatctaaaataataatgtaacttTAAATGTAATAGTAATTATATGCAATATACAAACAGAGATTCttagttttatttatggattCATGTATTTCTCCTTAACTTCAAAAATACAGtggaataatttatttattgatgtttttcCCTGCAGAGTTTGTGTTTGGACGCATGGACAGTCAGTCGCTGTAATTATGGTCATCTGCTCATCATGCTGAGGTAATTTGTCTctacttttctgttttttttttgttattaaaaagcCTGAAGACTCGATGAATGTGTGTTGTAGAATAGATCACACAAATATAGTGATGATAACTTTCTCAACCTCATGTCATTCTTATTGGAACATGGAAAAATATTTAGCatcaagttattttatttattcattttttctacACAGTGGATATTTTTTCACCACTGATTAACGTCATTCAGGCTTATAAAGACATACGGGTTGAACAGCTCTTTTCAGTAGCTGTCCATTCATCTTTTCACGCGTTCATAAATATGATTTACTCTTTTCGTTTCACATTGTAGCAGTTGAAACATTTGTATTTGTCAGGATGTTTGCTGTTATGTTATTTATTCCCATCATTTAGTATTGAATTTTTCTATAGGAAGAATTTGTCTATAGTGAGATTAATTTGTCAGTAGTATTTTTTACACCTTTAAATTCTGAATatgtctttaaataattttaagaatTTAAGTATTAACTgttctaataatattatttatataatttaaagtcatttaattaattgtaattattttagacctttttttgtaattatattaaataattgaacaggtttaaaatgaaaataacatgaATTTTTTatccaattttcactttttttttttttataaatctgtgGAGGAGTGGTATCTTTAAATACAACAAACGAACAGTTGTTAGTATGAGAAACTGGTGGTTGAGTGGTCAGAGCTCTCGGTTAGAGATCCAAGCCTGATGCAGCAGACCAGGGTTCAAATCACCACGCTGATACTAGTTTTGggaatttttgcaaaaaaaaggtgttttttttccaaaaaaaaagttttccctCCTTTCTTTTCAACTCTTCCTTCTCCTCTCTCTGTTCAGCCTCTCCCTGCTCCACCTCTTTCATTGTTCCACCTCTCAGTCCAGCTTACCTTTCTGTCTTACTGCCCTAGGTTTGTCCGAGCCATCACCTCTGTGTTGATTTACCGCCTCAGGATGGTCCTAGCCTTTGCCGCTCAGTTGTCTTACCGCCCCAGGTATGTTTCTGATCTGGTCCGTGTTTCACTGTATGCTCGTGAGCCTTTGATCTCCACCCTCTGCTCAGCCCTCTGTTCTGTTATACCGCCCCAGGTATTGTCTTTGGTGTATTCCGCACACCTGAGGTGAGTTTCGTACCCACGACTCTTCGTAGCCTTGTCCACAGCCAACGTGTGTTACCAGTCGTGCCATCCTGGCTTTCACATTAACACCTGCTTTTTGGcgcattttgtttgtttaatgatgGCAATTAAACCAAAGAAATAGTGAGATTTGAACTCGGGTCTCCAAGATGAAAGCCTAGTGCTTTATGTCCTGAGCCACTGAAGCTCTGGAGTTTATAAGGTGTTTTTCTGTATATTTAGTGATGCAGTATTCTGAGTTTgcataagaaagaaagaagataGTATCTGCAGGATTCGAACCCATACTATTAAGCACAATAACTGAATATTCTCCCACTGAGCCACAAGCTTACTGACGCATTGCATGTTTCTTATTGCAGTTTTATCAGCTGTATAGGAATTTTATAAAAGCAgtagtgggatttgaacccgggtctccaaGATGAAAGCCTAGTGCTTTACATCCTGAGCCACTGAAACTCTGGAGTTTATGAAGTGTTTTTCTGTATATTTAGTGATACATTATTCTGAGTTTgcataagaaagaaagaagataGTATCTGCAGGATTCGAACCGATACTGTTAAGCACAATAACTGAATATTCTCCCACTGAGCCACAAGCTTACTGATGCATTGCATGTTTCTTATTGCAGTTTTATCAGCTGTATAGGAATTTTATAAAAGTAgtagtgggatttgaacccgggtctccaaGATGAAAGCTCAGTGGTTTTATCACTGAGCCATTGAATCTGGAGTCTTGCAATGCTTTTAGATCtggttttgattaaaaaaaaatatatgacaaaAAAATTTTAGCTAACAGAAGTAAACACTGGCaatagtgggatttgaacccggaTCTCCAAGatgaaaactcaaataaatttacCACTGGGCCATTAATTCTGTGAGGTTAGGAAGCTTTTGGACAAGGTTTTGTTGAAAGCTTTACTTCATATGAATAAAAACttttagtttacaaagttaaacgTTTGCaatagtgggatttgaacccgggtctcAAAAAATGCAACTTCAAAGATTTTACCACCAGGCCATTGAAGCAGTGAGCCACACTTGATTTGAACAGggctttgttaaaaaaattattttgtaggGCCAAAAATGTTTAGTTTGCAGAGTTAAATACCTGCaatagtgggatttgaacccaggtcaCTAAGAAGAAAGATCAAAGATTTTACCACTAGACTATTGAATCCGGCAGCTTCATATGGTTTTGGTCAGAGTTTTGTtgaaagttttaatttatttgaccaaaattgtTTAGTATTTTTGTTAGACACTTGCATCAGTGGGATTTGAACATGGGTCTCCAAGTTTAAAGCTTAAAGATTTTACCACTGGGCCATTGAATGTATGGGTTTGAATATGTTTTGGACAGAGTTTTGGTGAAAGCTTTAATTTATATggttaaaatgttttagtttataGGGTTAAACACTTACATTTGTGGGATTTGAACCTGGGTTACTTGGGTCTCCAAGTTATATGCTCAAAGATTTTACCCCTGAGCCACTGAGTCTCAGGTTCCCCCTATGTTTTGGACTTCTCTTTTATAGGCAGCTTTCAGAAacagcatttacatttataaaactaaaaacaaatgctcattcaaaactgcttttagcTTCACAGCTTCAGTAGCTCAAGTATTAACGCATCAAGTTTTGAATCCTTgagacccgggttcaaatcccactctTGCAGAGCTATCGAGTCTGAGAGTTGTTTAAACcgaagttttgttttatttgtgtttgtctATTTGATAACGCACATATATGAAGTGGAGTCTTCAAGTATGATCACCCATACTCTAGCCTGTTTTTAATTTATCCAAGCTCTGCCGGGATTGAGAATGCAACCTTTCGATTACAAGTCCAAATCCCTAACCACTAGGCCACAGCTGCCTCCTATACACAGCAATCGTTGCATTTGAAACTCctctcattaattttttttttttcaattaggaGTTTATGTACAATATTTAGTGGATGAGCAGAAGTGGATTTAAACAACTTTTAATCAGTTTATGTTGAAATATTGAGCTTGACATTAGATTTGGACACATTGTGGAATTTAAACGTGACGTTTGACTGAGGATTttgaaatgttataaaaataatgttttttgttataattttaggATTTGTTTACATTTCTTAATTCATGGTTCACCTCATAAGCCTTAACAGATGTACAGCATAATATTTCCATCCTAATTTTTCTATCACTTCTAGATGAGCTTGTGATTCATTGAACACAGCTGGCAGATCCTTTAGGGTTCATCAGTCCAACTGCTTCTGAGCTGGACCTGAGAGAGACATCTAGTGCTCAATGCTGAAATTACagctcattcacaaacaaatgagTGGAATATTGTTGCAGGTAAGGTAAAAAACACAATCATCATGACAAttgtaaataaactttttaataaaaatacgGCTCCTCATATTTGACGTTTTTTAGTCTCTAAACACTTTTAATCAGTGTCATTGAGTAACCTATGAAAGATTAGTCTTCATAATCTCTCCGAGACACACAGTAGCGTAGCAGGACGCCTCCAAGTCAAAGTTTAGTGACAGACAGTGTGTGTTAGACTCGTCTGATGAACTCGTCTGCAGGCTATATGTGATGTTCTGTGGCTTAGCGAGCAGGGGTCGATAACATCCAGGGACGTTGAGTTTAAGGGGAGTCACTCTGAATCGGCAGGACTCCAAACCGTCTTGAGCCAATCGGTCTTGATACCATTGACCCAAAAGGTTTTCTGGATACTTGACACTATTTCCTGGCATAGGAAGAATCACCTGGATGAAAAACCACAGAGGCACAATAAGAGACTGATGGGTAAGAGTTACTGTAGCAGACATACAGAGCAATGAAAGACATCTGAAACAGTACCTGGTCTAATGAGAAAACCTCATTCTTCTCCTCATCTGAAGCCACAACATGGATCTACAGCACAGAAAACAAgtgaaaatgaatggaaaacCACAAATAAGAACAAGaaacaataatacaaatgtacAATCATTCAACATACCTGCATTTATGTACACACACTcttctttaataaaatatttgaaagatttatgcatgtttaatttatatatacatttttaaaatacttcttTACAAAGTAGActcaaataatcaaacaaatgttTCTTAAAGTTGTATTTCAGGGTAAATGTTAGGATATTATTAGATTGAAATTTACTCTGAATAAAGTgcgtgtttgttttattcttatgATTTATTTCACCCAATTCAATCTAAACACAAACCGTTTCTGGCTATTATTTAGCAATAACTAAATCAAGAC

Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00057137 lncRNA upstream 4315 14150060 ~ 14158028 (+) True XLOC_027202
TCONS_00057670 lncRNA upstream 42784 14118043 ~ 14119559 (+) True XLOC_027201
TCONS_00057136 lncRNA upstream 55477 14106515 ~ 14106866 (+) True XLOC_027200
TCONS_00057135 lncRNA upstream 272252 13876904 ~ 13890091 (+) True XLOC_027198
TCONS_00053587 lncRNA upstream 530666 13631014 ~ 13631677 (+) False XLOC_027194
TCONS_00053604 lncRNA downstream 6505 14174367 ~ 14176401 (+) True XLOC_027204
TCONS_00057672 lncRNA downstream 17304 14185166 ~ 14188729 (+) True XLOC_027205
TCONS_00053607 lncRNA downstream 231610 14399472 ~ 14408298 (+) True XLOC_027208
TCONS_00053614 lncRNA downstream 559209 14727071 ~ 14734283 (+) False XLOC_027212
TCONS_00057673 lncRNA downstream 600120 14767982 ~ 14770585 (+) True XLOC_027214
TCONS_00053600 mRNA upstream 198903 13931747 ~ 13963440 (+) False XLOC_027199
TCONS_00053601 mRNA upstream 199411 13953537 ~ 13962932 (+) True XLOC_027199
TCONS_00053597 mRNA upstream 199628 13909398 ~ 13962715 (+) False XLOC_027199
TCONS_00053605 mRNA downstream 175844 14343706 ~ 14348811 (+) True XLOC_027206
TCONS_00053606 mRNA downstream 192510 14360372 ~ 14372843 (+) True XLOC_027207
TCONS_00053608 mRNA downstream 492907 14660769 ~ 14711978 (+) False XLOC_027209
TCONS_00053609 mRNA downstream 492907 14660769 ~ 14711994 (+) False XLOC_027209
TCONS_00053610 mRNA downstream 492931 14660793 ~ 14713773 (+) True XLOC_027209
TCONS_00053603 other upstream 42784 14116366 ~ 14119559 (+) False XLOC_027201
TCONS_00053602 other upstream 53533 14106511 ~ 14108810 (+) False XLOC_027200
TCONS_00053579 other upstream 577762 13584483 ~ 13584581 (+) True XLOC_027191
TCONS_00053572 other upstream 731332 13429005 ~ 13431011 (+) True XLOC_027186
TCONS_00053538 other upstream 1860348 12292285 ~ 12301995 (+) False XLOC_027168
TCONS_00053612 other downstream 557212 14725074 ~ 14725214 (+) True XLOC_027211
TCONS_00053616 other downstream 565121 14732983 ~ 14733123 (+) True XLOC_027213
TCONS_00053629 other downstream 906704 15074566 ~ 15074663 (+) False XLOC_027223
TCONS_00053630 other downstream 906853 15074715 ~ 15074824 (+) False XLOC_027223
TCONS_00053631 other downstream 907803 15075665 ~ 15075732 (+) True XLOC_027223

Expression Profile

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