RNA id: TCONS_00053604



Basic Information


Item Value
RNA id TCONS_00053604
length 245
lncRNA type lincRNA
GC content 0.49
exon number 2
gene id XLOC_027204
representative True

Chromosome Information


Item Value
chromosome id NC_007115.7
NCBI id CM002888.2
chromosome length 78093715
location 14174367 ~ 14176401 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence


CTTACTGCCCCTGGTTTGTCCGAGTCATCACCGCTGTGTTGATTTACCGCCTCAGGATGGTCCTTGCCTTTGCCGCTCAGTTGTCTTACCGCCCCAGATGAGCTTGTGATTCATTGAACACAGCTGGCAGATCCTTTAGGGTTCATCAGTCCAACTGCTTCTGAGCTGGACCTGAGAGAGACATCTAGTGCTCAATGCTGAAATTACagctcattcacaaacaaatgagTGGAATATTGTTGCAG

Function


GO: NA

KEGG: NA

Ensembl:

ensembl_id ENSDART00000155171

JBrowse2


Neighbor


RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00057671 lncRNA upstream 6505 14162343 ~ 14167862 (+) True XLOC_027203
TCONS_00057137 lncRNA upstream 16339 14150060 ~ 14158028 (+) True XLOC_027202
TCONS_00057670 lncRNA upstream 54808 14118043 ~ 14119559 (+) True XLOC_027201
TCONS_00057136 lncRNA upstream 67501 14106515 ~ 14106866 (+) True XLOC_027200
TCONS_00057135 lncRNA upstream 284276 13876904 ~ 13890091 (+) True XLOC_027198
TCONS_00057672 lncRNA downstream 8765 14185166 ~ 14188729 (+) True XLOC_027205
TCONS_00053607 lncRNA downstream 223071 14399472 ~ 14408298 (+) True XLOC_027208
TCONS_00053614 lncRNA downstream 550670 14727071 ~ 14734283 (+) False XLOC_027212
TCONS_00057673 lncRNA downstream 591581 14767982 ~ 14770585 (+) True XLOC_027214
TCONS_00057138 lncRNA downstream 754938 14931339 ~ 14931542 (+) True XLOC_027217
TCONS_00053600 mRNA upstream 210927 13931747 ~ 13963440 (+) False XLOC_027199
TCONS_00053601 mRNA upstream 211435 13953537 ~ 13962932 (+) True XLOC_027199
TCONS_00053597 mRNA upstream 211652 13909398 ~ 13962715 (+) False XLOC_027199
TCONS_00053605 mRNA downstream 167305 14343706 ~ 14348811 (+) True XLOC_027206
TCONS_00053606 mRNA downstream 183971 14360372 ~ 14372843 (+) True XLOC_027207
TCONS_00053608 mRNA downstream 484368 14660769 ~ 14711978 (+) False XLOC_027209
TCONS_00053609 mRNA downstream 484368 14660769 ~ 14711994 (+) False XLOC_027209
TCONS_00053610 mRNA downstream 484392 14660793 ~ 14713773 (+) True XLOC_027209
TCONS_00053603 other upstream 54808 14116366 ~ 14119559 (+) False XLOC_027201
TCONS_00053602 other upstream 65557 14106511 ~ 14108810 (+) False XLOC_027200
TCONS_00053579 other upstream 589786 13584483 ~ 13584581 (+) True XLOC_027191
TCONS_00053572 other upstream 743356 13429005 ~ 13431011 (+) True XLOC_027186
TCONS_00053538 other upstream 1872372 12292285 ~ 12301995 (+) False XLOC_027168
TCONS_00053612 other downstream 548673 14725074 ~ 14725214 (+) True XLOC_027211
TCONS_00053616 other downstream 556582 14732983 ~ 14733123 (+) True XLOC_027213
TCONS_00053629 other downstream 898165 15074566 ~ 15074663 (+) False XLOC_027223
TCONS_00053630 other downstream 898314 15074715 ~ 15074824 (+) False XLOC_027223
TCONS_00053631 other downstream 899264 15075665 ~ 15075732 (+) True XLOC_027223

Expression Profile


//