RNA id: TCONS_00057692


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00057692
length 4049
lncRNA type inter_gene
GC content 0.37
exon number 1
gene id XLOC_027237
representative False

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007115.7
NCBI id CM002888.2
chromosome length 78093715
location 16037168 ~ 16073706 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

CTGTGTTGTCAAGCGTCCAGGATGTCACTCTGATCACCTGTAAGTATCCACACTTAACTAGAGATTTTCCTCTTTTAAAGTCGTTAGTGCTCATTATATAtcagttattttatatattatggcATATATCAgtgttaaattgtatttaaatcattgttgataagTCAGATGTGTTTGGTCCAGCAGAAGCATGTGGTCAGACATTGACTGTAATGATGGACATCTGCTGAGTGACAGGTAATGCATAAGTATTTGTCTGTAAGATTAACATTGTTATTTGACAAACAGAGATACGCTGCTAACACAAAGTGCACAAAGCGGATGCAAAATAACAATTCTAGCATTAAAGTTAAAAACTTTCAACAAATTTTAAAAGTTACATGGCTTGATTTAAATCTTCTTTTGTATGGGGGAAGTGCAAACGCTTGAGATAATGCACATCTAGGCAGTTCCTAATGCTCAGTCTTTTTTCTGTAACTTTTCCTAATTGAAGAGTTTTGTAATGTATTACacttaaaaatattatgattGACACTAAAATAGTGAAGTGCAATGATTTCTGCTGTATTTGTTTCACTCTGTAGTTTAGGTAGTCTTTCACTTGTGTCTTTGCACCGTGTCAGGCTGTGTAATGTGCTCTAACTtcagttttgtttgtttctttatgcaGAATTAATGTTGAACAGATTATAGTGTGATTTCTGGAGCAACACGAGATCCATTTCCCCATTCTCTGTTTATTCTGCCACTGCTGGTGAGTCTATTTATGTCTGTTgagtgttttttaaatgttttgccatttttaagatttaaattttaatttattttaaattaatttattaaataaaataattatttcttaatttttttttaaactgcgtGATCATGCGTGATCTTTAAATATAACAAACGAACAGTTGTTAGTGTGAGTTCCTGGTGGCCTAGTGGTCAGTGCTCATGGTGTGAGAGCTAAACTGATCACAGGAGACTGGGGTTCGAATCACCACAGTGTTACAGAATTTTATCATTCCTgccaaaaaaaaggtattttttccaaaaaaaaaggaattttttCCTCTTCCTGCTCCGCCGCACCTTTCTCTCCTCCTCTCTGGTTCGCCCCTCTTATCTCCAGTCCGCCTCTCTCTTCTCCGGTCCGCCCATCTCTCATCTCAGTGCCGATTTCCTCACTCATGTCTGTCTTATCACGCCAGGTGTGTCCGCCATTCTCATTTGTGTTACCGCCTCAGGTGAACTTGTGCTCTGATCCGTGTTTCACTTCATGCTCCAGTCCGTGTTTCACAGTGTGCTTAGTTCCCCTTGAGCTTCAGGTACTTGCCCTCATGTTTGCCTTACCGCCCCAGGTAGGTTCTtaggtgggattcgaacccatgtATTGACCGTCACCTTGTCCGCAACCAACGGTGTTTTAGCCACTAGTGCCATCGTAGCTTACACGCTGAGAGATGGTGTTTGGCGCATGTTGTTGGgttttttttaatgacagcaATAAGCAAtagtgggattcaaacccaagacTCCAAGAGTAAAGGCTAATGCTTTACCAACTGAGCCACTGAGTCAGTCCAGAGTGCTGAGATTTTCAGGTGGAATATAAAGAGTGTTTCCTGACAAATTCCGATAAAGATGTGACgactgggatttgaacccacagcTTTACTGCATCAGACTTGACAGTCTATGCTgttaaccactacaccactgtgGCTTGTTTTGAGTTGTGTGTTTTGTATGCTATGTATTGATATTTATTCTAGTACTGGTGAAAATGTTCAGTCCTTTTGGCATAAGCAGGGTTTAAACACAGAACTCCCGCATTAATACACAGCGTTTAATCATTTGAGCCACTGAGCCAGACAAGTAGAGCAGTGTTTTTGACAGGGTCATATTGACATCTTTTGCACTTTATCgctaaaaatacattttgcacTGATTTTAGCATAAGCAGGATTCAAACCCACAACTCTGAAGTTAAAATGCAGTGAATTAATCTACTGAGCCATTGAGCTTGATGAGAAAAGTTGTGTTTTTGACAGGGTGACATTGAGATCTTTTGCACTtcatcactaaaaaaaaaaactttgcattgTAGCATAAGCAGGATTTGAACCCACGAACCCCAAAGTTAAAACATGGCGTTTAAATCCATTGAGCTACTGAGTCAGACGAGCAGAAGAGGGTTTTTGACAGGGTGACATTGAGATCTTTTGCAGTTTATCGCTTAAAACATTTTGCATTGATTTTGGTTTAAGCAGGAATCAAACCCACAACCTGTAAGTTAAAACACAGTGTCTTAGGTAATTGAGCCACTGTGCTGGATGAGCTGCTCGATGAGTTTTTGTGACAGGGTGACATTGAGATCTTTGTACTTTattggtaaaattattttgcaccAATTTCAGCATAAGCGAGATTCAAACTCATAACCTCAAAGTTTAAACATATTGTTTAAATCAACTGAGCCACTGATCCACACAAGCTGAAGAGAGTATTTGACAGGGTGACATTGAGATCTTTTgctgtttattgtaaaaaaaatgtttttcactgATTTTAGCAGAAGCAGGATTCAAACCCACAACCTCAGAGTTAAACTGTAAAGTTTTACCTGCTAAGCCACAGAGTCTGAGAACACACATCATGTTTTAATTCAGTAAATTGATATAAAGCACTCAATTTAGACATTAAGATCAGCAacagtgggatttgaacccaggtctCTCAGATTAAAGCACAGGGGTTTAGTCAATTGAGCTACTGAAACCAAAAAGTGTTTGTGTGCTTTGAAGTATTTGTGTGTCGTGATGATTTTGtccaaaaatatgataaaaattgTGCAATAAAAGACAATCTACAGCTATTATGCTCTCCTCAGACTCTGTGGCTCAGCTTATTAAAGTGTCGTGTTTTAATCttggagacccgggttcaaatcccgctCTTGATGACCTTCATTTGTAATTGTGTGTTTCTAATTAAATCAACAGGATTCTCAAATTGAAATCAACAGTCATTGGATTTGACCTCAGGActcagattaaaacagtttgtttGATCAGCCGAGCCGCTGAGTCTGAGaaactttatttgtgttttggatGGGATTTTGTCtattgaatatttaatattatttcagtttttaaacaaTGCACTAGAATTAACACAAGCTTTGTGTGGTTTCAATTTAGTTAACGAGCAAATTAACTAATGAAGCACATGATTGTTTAGCAGTTTTACTGAGGGATTTGTATTTGATCAAACAACTTTTCCACTCAAATGATTTAAATCCATGACTTTCCTCCTGTAAATCAGTTTAAGGCCACTAGTGCCTTTATGAATTTATCTTGGGTAAATCATCATTTGattgttttaatgtaaacagtAGTGAAATATGAGCTCACAACACTTTATCACCTGAGCTTGTGCTGTGAACATGTGCTTTGGACAGTTGTGTTTAGAGGTTTTCTTCATATGATATAAAATATCAGCAGTGAGATCAATACTGTCTCACATAAActtcttatttttaattaaaaatgtcagCATTCATGAAACATATTTCTGTTTAAAATGTGCAAACAATCACAAAAATAGTCACCAAAAACTTAATTCATTTCAGCCTGTAATtgactgaaaataaataacttttacatCAATTTTTAATCTTAATTTCTGCTGGAATAAAAGAAAAGAGTTGAGTCAGGAGATTTCTATCAGTGCTGATGAGCTTGATTTGCAGCTTCAGGTGTTTTTAATGAGGCTTAAACTGCTCTACAGCTGCAGGATTACACACTCTTCATTTCCTGTCCTCTTGCTGTTTTCATGCAGATGCACAAATCCTCCACAAGTGGGCACAACATTGACACATTGATCAGGCTTTCTTCATTAAATCTTTATTAAATGTGATGTTTGTCTGTAGATTGATGTGTTGATATGATGACCAGTCCTGAGCTTCACATCCTCCTCATCAGAGACACAGAGAAAGATTCAGTCAAACCTGCTACTGGAAGAGAAAAATCAGTCAAACA

Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00057689 lncRNA upstream 4829 16037168 ~ 16046900 (+) False XLOC_027237
TCONS_00053650 lncRNA upstream 4829 16042239 ~ 16046900 (+) False XLOC_027237
TCONS_00057686 lncRNA upstream 28354 16019026 ~ 16023375 (+) False XLOC_027236
TCONS_00057694 lncRNA downstream 4908 16060685 ~ 16064736 (+) False XLOC_027237
TCONS_00057695 lncRNA downstream 5599 16061376 ~ 16073706 (+) False XLOC_027237
TCONS_00053653 lncRNA downstream 13800 16069577 ~ 16073706 (+) False XLOC_027237
TCONS_00057696 lncRNA downstream 13931 16069708 ~ 16073706 (+) False XLOC_027237
TCONS_00057697 lncRNA downstream 13956 16069733 ~ 16073706 (+) True XLOC_027237
TCONS_00053645 mRNA upstream 55538 15983541 ~ 15996191 (+) False XLOC_027234
TCONS_00053644 mRNA upstream 70190 15981096 ~ 15981539 (+) True XLOC_027233
TCONS_00053643 mRNA upstream 76819 15968483 ~ 15974910 (+) True XLOC_027232
TCONS_00053642 mRNA upstream 87699 15954293 ~ 15964030 (+) True XLOC_027229
TCONS_00053641 mRNA upstream 106862 15944245 ~ 15944867 (+) True XLOC_027231
TCONS_00053654 mRNA downstream 259915 16315692 ~ 16319762 (+) True XLOC_027240
TCONS_00053655 mRNA downstream 268193 16323970 ~ 16347126 (+) True XLOC_027241
TCONS_00053656 mRNA downstream 654224 16710001 ~ 16725063 (+) False XLOC_027244
TCONS_00053657 mRNA downstream 659490 16715267 ~ 16725144 (+) True XLOC_027244
TCONS_00053658 mRNA downstream 670183 16725960 ~ 16742893 (+) True XLOC_027245
TCONS_00053646 other upstream 60639 15988387 ~ 15991090 (+) True XLOC_027234
TCONS_00053633 other upstream 831062 15219244 ~ 15220667 (+) True XLOC_027225
TCONS_00053631 other upstream 975997 15075665 ~ 15075732 (+) True XLOC_027223
TCONS_00053630 other upstream 976905 15074715 ~ 15074824 (+) False XLOC_027223
TCONS_00053629 other upstream 977066 15074566 ~ 15074663 (+) False XLOC_027223
TCONS_00053652 other downstream 4779 16060556 ~ 16064736 (+) False XLOC_027237
TCONS_00053668 other downstream 842864 16898641 ~ 16904469 (+) True XLOC_027255
TCONS_00053669 other downstream 1006203 17061980 ~ 17062097 (+) True XLOC_027258
TCONS_00053686 other downstream 1297963 17353740 ~ 17363070 (+) False XLOC_027263
TCONS_00053689 other downstream 1314909 17370686 ~ 17376220 (+) True XLOC_027263

Expression Profile

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