RNA id: TCONS_00057694


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00057694
length 4052
lncRNA type inter_gene
GC content 0.37
exon number 1
gene id XLOC_027237
representative False

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007115.7
NCBI id CM002888.2
chromosome length 78093715
location 16037168 ~ 16073706 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

CTGTGTTGTCAAGCGTCCAGGATGTCACTCTGATCACCTGTAAGTATCCACACTTAACTAGAGATTTTCCTCTTTTAAAGTCGTTAGTGCTCATTATATAtcagttattttatatattatggcATATATCAgtgttaaattgtatttaaatcattgttgataagTCAGATGTGTTTTGTCCAGCAGAAGCATGTGGTCAGACATTGACTGTAATGATGGACATCTGCTGAGTGACAGGTAATGCATAAGTATTTGTCTGTAAGATTAACATTGTTATTTGACAAACAGAGATACGCTGCTAACACAAAGTGCACAAAGCGGATGCAAAATAACAATTCTAGCATTAAAGTTAAAAACTTTCAACAAATTTTAAAAGTTACATGGCTTGATTTAAATCATCTTTTGTATGGGGGAAGTGCAAACGCTTGAGATAATGCACATCTAGGCAGTTCCTAATGCTCagtctttttttctgtaatttttgCTAATTGAAGAGTTTtgtaatgtattaaattaaaaaatattatgattgACACTATAATAGTGAAGTGCAATGATTTCTGCTGTATTTGTTTCACTCTGTAGTTTAGGTAGTCTTTCACTCGTGTCTTTGCACCGTGTCAGGCTGTGTAATGTGCTCTAACTtcagttttgtttgtttctttatgcaGAATTAATGTTGAACAGATTATAGTGTGATTTCTGGAGCAACACGAGATCCATTTCCCCATTCTCTGTTTATTCTGCCACTGCTGGTGAGTCTATTTATGTCTGTTgagtgttttttaaatgtttttgccatttttaagatttaaattttaatttattttaaattaatttattaaataaaataattatttcttaattttttttttagactgcGTTATCATGCGTGATCTTTAAATATAACAAACGAATAGTTGTTAGTGTGAGTTCCTGGTGGCCTAGTGGTCAGTGCTCATGGTGTGAGAGCTAAACTGATCACAGGAGACTGGGGTTCGAATCACCACGGTGTTACAGAATTTTATCATTCCTgccaaaaaaaaggtattttttccaaaaaaaaaggaattttttCCTCTTCCTGCTCCGCCGCACCTTTCTCTCCTCCTCTCTGATCCGCCCCTCTTATCTCCACTCCGCCTCTCTCTTCTCCGGTCCGCCCATCTCTCATCTCAGTGCCGACTTCCTCACTCATGTCTGTCTTATCACGCCGGGTGTGTCCTCCATTCTCTTTTGTGTTACCGCCTCAGGTGAACTTGTGTCCTGGTCCGTGTTTCACTTCATGCTCCAGTCCGTGTTTCACAGTGTGCTTAGTTCCCCTTGAGCTTCAGGTACTTGCCCTCATGTTTGCCTTACCGCCCCAGGTAGGTTCTtaggtgggattcgaacccatgtATTGACCGTCACCTTGTCCGCAACCAACGGTGTTTTAGCCACTAGTGCCATCGTAGCTTACACGCTGAGAGATGGTGTTTGGCGCATGTTGTTGGgttttttttaatgacagcaATAAGCAAtagtgggattcaaacccaagacTCCAAGAGTAAAGGCTAATGCTTTACCAGCTGAGCCACTGAGTCAGTCCAGAGTGCTGAGATTTTCAGGTGGAATATAAAGAGTGTTTCCTGACAAATTCAGATAAAGATGTGACgactgggatttgaacccacatcTTTACTGCATCAGACTTGACAGTCTATGCTgttaaccactacaccactgtgGCTTGTTTTGAGTTGTGTGTTTTGTATGCTATGTATTGATATTTATTCTAGTACTGGTGAAAATGTTCAGTCCTTTTGGCATAAGCAGGGTTTAAACACAGAACTCCCGCATTAATACACAGCGTTTAATCATTTGAGCCACTGAGCCAGACAAGTAGAGCAGTGTTTTTGACAGGGTCATATTGACATCTTTTGCACTTTATCgctaaaaatacattttgcacTGATTTTAGCATAAGCAGGATTCAAACCCACAACTCTGAAGTTAAAATGCAGTGAATTAATCTACTGAGCCATTGAGCTTGATGAGAAAAGTTGTGTTTTTGACAGGGTGACATTGAGATCTTTTGCACTtcatcactaaaaaaaaaaactttgcattgTAGCATAAGCAGGATTTGAACCCACGAACCCCAAAGTTAAAACATGGCGTTTAAATCCATTGAGCTACTGAGTCAGACGAGCAGAAGAGGGTTTTTGACAGGGTGACATTGAGATCTTTTGCAGTTTATCGCTTAAAACATTTTGCATTGATTTTGGTTTAAGCAGGAATCAAACCCACAACCTGTAAGTTAAAACACAGTGTCTTAGGTAATTGAGCCACTGTGCTGGATGAGCTGCTTGATGAGTTTTTGTGACAGGGTGACATTGAGATCTTTGTACTTTattggtaaaattattttgcaccGATTTCAGCATAAGCGAGATTCAAACTCATAACCTCAAAGTTTAAACATATTGTTTAAATCAACTGAGCCACTGATCCACACAAGCTGAAGAGAGTATTTGACAGGGTGACATTGAGATCTTTTgctgtttattgtaaaaaaaatgtttttcactgATTTTAGCAGAAGCAGGATTCAAACCCACAACCTCAGAGTTAAACTGTAAAGTTTTACCTGCTAAGCCACAGAGTCTGAGAACACACATCATGTTTTAATTCAGTAAATTGATATAAAGCACTCAATTTAGACATTAAGATCAGCAacagtgggatttgaacccaggtctCTCAGATTAAAGCACAGGGGTTTAGTCAATTGAGCTACTGAAACCAAAAAGTGTTTGTGTGCTTTGAAGTATTTGTGTGTCGTGATGATTTTGtccaaaaatatgataaaaattgTGCAATAAAAGACAATCTACAGCTATTATGCTCTCCTCAGACTCTGTGGCTCAGCTTATTAAAGTGTCGTGTTTTAATCttggagacccgggttcaaatcccgctCTTGATGACCTTCATTTGTAATTGTGTGTTTCTAATTAAATCAACAGGATTCTCAAATTGAAATCAACAGTCATTGGATTTGACCTCAGGActcagattaaaacagtttgtttGATCAGCCGAGCCGCTGAGTCTGAGaaactttatttgtgttttggatGGGATTTTGTCtattgaatatttaatattatttcagtttttaaacaaTGCACTAGAATTAACACAAGCTTTGTGTGGTTTCAATTTAGTTAACGAGCAAATTAACTAATGAAGCACATGATTGTTTAGCAGTTTTACTGAGGGATTTGTATTTGATCAAACAACTTTTCCACTCAAATGATTTAAATCCATGACTTTCCTCCTCTAAATCAGTTTAAGGCCACTAGTGCCTTTATGAATTTATCTTGGGTAAATCATCATTTGattgttttaatgtaaacagtAGTGAAATATGAGCTCACAACACTTTATCACCTGAGCTTGTGCTGTGAACATGTGCTTTGGACAGTTGTGTTTAGAGGTTTTCTTCATATGATATAAAATATCAGCAGTGGGATCAATACTGTCTCACATAAActtcttatttttaattaaaaatgtcagCATTCATGAAACATATTTCTGTTTAAAATGTGCAAACAATCACAAAAATAGTCACCAAAAACGTTATTCATTTCAGCCTGTAATtgactgaaaataaataacttttacatCAATTTTTAATCTTAATTTCTGCTGGAATAAAAGAAAAGAGTTGAGTCAGGAGATTTCTATCAGTGCTGATGAGCTTGATTAGCAGCTTCAGGTGTTTTTAATGAGGCTTAAACTGCTCTACAGCTGCAGGATTACACACTCTTCATTTCCTGTCCTCTTGCTGTTTTCATGCAGATGCACAAATCCTCCACAAGTGGGCACAACATTGACACATTGATCAGGCTTTCTTCATTAAATCTTTATTAAATGTGATGTTTGTCTGTAGATTGATGTGTTGATATGATGACCAGTCCTGAGCTTCACATCCTCCTCATCAGAGACACAGAGAAAGATTCAGTCAAACCTGCTACTGGAAGAGAAAAATCAGTCAAACA

Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00057692 lncRNA upstream 4908 16051729 ~ 16055777 (+) False XLOC_027237
TCONS_00057689 lncRNA upstream 13785 16037168 ~ 16046900 (+) False XLOC_027237
TCONS_00053650 lncRNA upstream 13785 16042239 ~ 16046900 (+) False XLOC_027237
TCONS_00057687 lncRNA upstream 37310 16019202 ~ 16023375 (+) False XLOC_027236
TCONS_00053653 lncRNA downstream 4841 16069577 ~ 16073706 (+) False XLOC_027237
TCONS_00057696 lncRNA downstream 4972 16069708 ~ 16073706 (+) False XLOC_027237
TCONS_00057697 lncRNA downstream 4997 16069733 ~ 16073706 (+) True XLOC_027237
TCONS_00057699 lncRNA downstream 125590 16190326 ~ 16211867 (+) False XLOC_027238
TCONS_00057698 lncRNA downstream 125590 16190326 ~ 16211867 (+) False XLOC_027238
TCONS_00053645 mRNA upstream 64494 15983541 ~ 15996191 (+) False XLOC_027234
TCONS_00053644 mRNA upstream 79146 15981096 ~ 15981539 (+) True XLOC_027233
TCONS_00053643 mRNA upstream 85775 15968483 ~ 15974910 (+) True XLOC_027232
TCONS_00053642 mRNA upstream 96655 15954293 ~ 15964030 (+) True XLOC_027229
TCONS_00053641 mRNA upstream 115818 15944245 ~ 15944867 (+) True XLOC_027231
TCONS_00053654 mRNA downstream 250956 16315692 ~ 16319762 (+) True XLOC_027240
TCONS_00053655 mRNA downstream 259234 16323970 ~ 16347126 (+) True XLOC_027241
TCONS_00053656 mRNA downstream 645265 16710001 ~ 16725063 (+) False XLOC_027244
TCONS_00053657 mRNA downstream 650531 16715267 ~ 16725144 (+) True XLOC_027244
TCONS_00053658 mRNA downstream 661224 16725960 ~ 16742893 (+) True XLOC_027245
TCONS_00053651 other upstream 4908 16051600 ~ 16055777 (+) False XLOC_027237
TCONS_00053646 other upstream 69595 15988387 ~ 15991090 (+) True XLOC_027234
TCONS_00053633 other upstream 840018 15219244 ~ 15220667 (+) True XLOC_027225
TCONS_00053631 other upstream 984953 15075665 ~ 15075732 (+) True XLOC_027223
TCONS_00053630 other upstream 985861 15074715 ~ 15074824 (+) False XLOC_027223
TCONS_00053668 other downstream 833905 16898641 ~ 16904469 (+) True XLOC_027255
TCONS_00053669 other downstream 997244 17061980 ~ 17062097 (+) True XLOC_027258
TCONS_00053686 other downstream 1289004 17353740 ~ 17363070 (+) False XLOC_027263
TCONS_00053689 other downstream 1305950 17370686 ~ 17376220 (+) True XLOC_027263
TCONS_00053700 other downstream 1606895 17671631 ~ 17689325 (+) False XLOC_027272

Expression Profile

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