RNA id: TCONS_00057699


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00057699
length 767
lncRNA type inter_gene
GC content 0.44
exon number 2
gene id XLOC_027238
representative False

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007115.7
NCBI id CM002888.2
chromosome length 78093715
location 16190326 ~ 16211867 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

GAAAAAGTCAGACTGACCCGGCAGAGCGAAGTGGAGTTGAAAAAGTAGGAACCTGATGTGCACATGCAGCAAAAACAAAGAATGCCTGGTGTCAAGTGCTCCAAGTGGCCTGAGAAGGGAACGAGAGGGACAGACGGGCAGCTGTTGGGAGTTGCCCACTTCTGATGCGGAGCTCCAGGTGGTGCGAAAGACAGCTGTGGAAACATTGAGGGAAATCCCACTGGCTTTTAGGGAGATTTCCCTCCAAACTCTTCTCAAAGACAAACACTGCGCTGCTGGACTCGTTACGAAATGAGTGTTCCGCATGAGTCACATGAAGAGCCGGGCATGTGTCAGAATGGAGAGCTGACCTTTACAAGAGTGTGAGCTAATTAACAACAACTGTCAGAGACAATGATGGATGAAGAGCAACATTTCTGTCGCTAAATAACGTGAGGAATTCGGGTTATGCTGAGGTAAGCAGTTCCCTTGCATGGCGGCGACCCTGACAAACCAGATTCTTGGTGGAGAatgtaatataaacacacacgtGCAGACAGTTTTGAAATTCAGAGCTTGGCCATGCGAGATACAACAAGCTCGATAAGGAGATAAGAGTGGAATGGTGGAAAATTTTCGACCACTTTAAAAGGACAATAGATTAAAGAGGTCATTCGGTTGGAGAAATGTCAATGTACACATTATTTATACATCAGCagatataattaatttttaaataaacaaataaataaatatgtaagatTGTAAATGATGAAACTGCCCCCAAT

Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00057690 lncRNA upstream 116620 16042179 ~ 16073706 (+) False XLOC_027237
TCONS_00057691 lncRNA upstream 116620 16044157 ~ 16073706 (+) False XLOC_027237
TCONS_00057693 lncRNA upstream 116620 16052419 ~ 16073706 (+) False XLOC_027237
TCONS_00057695 lncRNA upstream 116620 16061376 ~ 16073706 (+) False XLOC_027237
TCONS_00053653 lncRNA upstream 116620 16069577 ~ 16073706 (+) False XLOC_027237
TCONS_00057701 lncRNA downstream 97209 16309076 ~ 16313899 (+) True XLOC_027239
TCONS_00057141 lncRNA downstream 162402 16374269 ~ 16374692 (+) True XLOC_027242
TCONS_00057702 lncRNA downstream 323391 16535258 ~ 16538962 (+) True XLOC_027243
TCONS_00057703 lncRNA downstream 538389 16750256 ~ 16758036 (+) True XLOC_027246
TCONS_00057142 lncRNA downstream 540494 16752361 ~ 16753296 (+) True XLOC_027247
TCONS_00053645 mRNA upstream 194135 15983541 ~ 15996191 (+) False XLOC_027234
TCONS_00053644 mRNA upstream 208787 15981096 ~ 15981539 (+) True XLOC_027233
TCONS_00053643 mRNA upstream 215416 15968483 ~ 15974910 (+) True XLOC_027232
TCONS_00053642 mRNA upstream 226296 15954293 ~ 15964030 (+) True XLOC_027229
TCONS_00053641 mRNA upstream 245459 15944245 ~ 15944867 (+) True XLOC_027231
TCONS_00053654 mRNA downstream 103825 16315692 ~ 16319762 (+) True XLOC_027240
TCONS_00053655 mRNA downstream 112103 16323970 ~ 16347126 (+) True XLOC_027241
TCONS_00053656 mRNA downstream 498134 16710001 ~ 16725063 (+) False XLOC_027244
TCONS_00053657 mRNA downstream 503400 16715267 ~ 16725144 (+) True XLOC_027244
TCONS_00053658 mRNA downstream 514093 16725960 ~ 16742893 (+) True XLOC_027245
TCONS_00053652 other upstream 125590 16060556 ~ 16064736 (+) False XLOC_027237
TCONS_00053651 other upstream 134549 16051600 ~ 16055777 (+) False XLOC_027237
TCONS_00053646 other upstream 199236 15988387 ~ 15991090 (+) True XLOC_027234
TCONS_00053633 other upstream 969659 15219244 ~ 15220667 (+) True XLOC_027225
TCONS_00053631 other upstream 1114594 15075665 ~ 15075732 (+) True XLOC_027223
TCONS_00053668 other downstream 686774 16898641 ~ 16904469 (+) True XLOC_027255
TCONS_00053669 other downstream 850113 17061980 ~ 17062097 (+) True XLOC_027258
TCONS_00053686 other downstream 1141873 17353740 ~ 17363070 (+) False XLOC_027263
TCONS_00053689 other downstream 1158819 17370686 ~ 17376220 (+) True XLOC_027263
TCONS_00053700 other downstream 1459764 17671631 ~ 17689325 (+) False XLOC_027272