RNA id: TU2213956


Basic Information

Item Value
RNA id TU2213956
length 1913
lncRNA type inter_gene
GC content 0.36
exon number 3
gene id G1935241
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_048588.1
NCBI id CM023242.2
chromosome length 45930806
location 45009016 ~ 45030884 (+)
genome version USDA_OmykA_1.1_2020_rainbow_trout_Genome
species rainbow trout
(Oncorhynchus mykiss)

Sequence

ggtcagtaatagtttagtttcttatagagctcctggtcagtaatagtttagtttcttatagagctcctggtcagtaatagtttagtttcttatagtgctcctggtcagtaatagtttagtttcttatagagctcctggtcagtaatagtttagtttcttatagagctcctggtcagtaatagtttagtttcttatagagctcctggtcagtaatagttagtttcttatagagctcctggtcagtaatattttagtttcttatagagctcctggtcagtaatagtttagtttctcatagagctcctggtcagtaatagtttagtgtcttatagagctcctggtcagtaatagtttagtttcttatagagctcctggtcagtaatagtttagtttcttatagaggtcctggtcagtaatagtttagtttctgatagagctcctggtcagtaatagtttagtgtcttatagagctcctggtcagtaatagtttagtgtcttatagagctcctggtcagtaatagtttcttatagagctcctggtcagtaatagtttagtttcttatagagctcctggtcagtaatagtttcttatagagctcctggtcagtaatagtttagtttcttatagagctcctggtcagtaatagtttagtttcttatagagctcctggtcagtaatagtttagtttcttatagagctcctggtcagtaatagtttagtttcttatagagctcctggtcagtaatagtttagtttcttatagagctcctggtcagtaatagttagtttcttatagagctcctggtcagtaatagtttagtttcttatagagctcctggtcagtaatagtttagtttcttatagagctcctggtcagtaatagtttagtgtcttatagagctcctggtcagtaatagtttagtttcttatagagctcctggtcagtaatagtttagtttcttatagagctcctggtcagtaatagtttagtttctgatagagatcctggacagtaatagtttagtttcttatagagctcctggtcagtaatagtttagtttcttatagagctcctggtcagtaatagtttagtttctgatagagctcctggtcagtaatagtttagtttcttatagagctcctggtcagtaatagttagtttcttatagagctcctggtcagtaatagtttagtttcttatagagctcctggtcagtaatagattcttatagagctcctggtcagtaatagtttagtttcttatagagctcctggtcagtaatagtttagtttcttatagagctcctggtcagtaatagtttagtttcttctagagctcctggtcagtaatagtttagtttcttatagagctcctggttagtaatagtttagtttcttatagagctcctggtcagtaatagtttagtttcttatagagctcctggtcagtaatagtttagtttcttatagagctcctggtcagtaatagtttagtttcttatagagctcctggtcagtaatagtttagtttcttatagagctcctggtcagtaatagtttagtttcagatagagctcctggtcagtaatagtttagtttcttatagagctcctggtcagtaatagttagtttcttatagagctccctggtcagtaatagtttagtttctgatagagctcctggtcagtaatagtttagtttcgtatagagctcctggtcagtaatagtttagTTTcatatagagctcctggtcagtaatagtttagtttcttatagagctcctggtcagtaatagtttagtgtcttatagagctcctggtcagtaatagtttagtttcttatagagctcctggtcagtaatagtttagtgtcttatagagctcctggtcagtaatagtttagtgtcttatag

Function

GO: NA

KEGG: NA

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TU2213967 lncRNA upstream 2537 45003915 ~ 45008217 (+) True G1935243
TU2213938 lncRNA upstream 23506 44987046 ~ 44987248 (+) True G1935233
TU2213936 lncRNA upstream 30484 44980049 ~ 44980270 (+) True G1935231
TU2213925 lncRNA upstream 61666 44948450 ~ 44949088 (+) True G1935220
TU2213924 lncRNA upstream 63569 44946329 ~ 44947185 (+) True G1935219
TU2213985 lncRNA downstream 11600 45042484 ~ 45042832 (+) True G1935261
TU2213991 lncRNA downstream 15242 45046126 ~ 45049464 (+) True G1935266
TU2213988 lncRNA downstream 21168 45052052 ~ 45054241 (+) True G1935264
TU2214522 lncRNA downstream 43741 45074625 ~ 45075553 (+) True G1935675
TU2214542 lncRNA downstream 62636 45093520 ~ 45093723 (+) True G1935690
XM_036961767.1 mRNA upstream 1518852 43472724 ~ 43491902 (+) True treh
XM_036961772.1 mRNA upstream 1545509 43441478 ~ 43465245 (+) True ddx6
XM_036961769.1 mRNA upstream 1545511 43440035 ~ 43465243 (+) False ddx6
TU2212654 other upstream 1575402 43433448 ~ 43435352 (+) True G1934201
TU2212382 other upstream 1852188 43158103 ~ 43158566 (+) True G1933999
TU2211865 other upstream 2475771 42531718 ~ 42534983 (+) False G1933574
TU2211866 other upstream 2475771 42531718 ~ 42534983 (+) True G1933574
TU2211839 other upstream 2509764 42495580 ~ 42500990 (+) True G1933563
TU2214548 other downstream 69418 45100302 ~ 45103958 (+) False G1935694
TU2214547 other downstream 71240 45102124 ~ 45103958 (+) True G1935694
TU2214550 other downstream 73248 45104132 ~ 45104500 (+) True G1935696
TU2214794 other downstream 257626 45288510 ~ 45289135 (+) True G1935897
TU2214960 other downstream 454459 45485343 ~ 45488875 (+) False G1936028

Expression Profile