RNA id: TU2282992


Basic Information

Item Value
RNA id TU2282992
length 5994
lncRNA type inter_gene
GC content 0.42
exon number 1
gene id G1994678
representative False

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_048590.1
NCBI id CM023244.2
chromosome length 51113553
location 9234971 ~ 9241675 (-)
genome version USDA_OmykA_1.1_2020_rainbow_trout_Genome
species rainbow trout
(Oncorhynchus mykiss)

Sequence

ATTTTATATCTTCCCCCCGTTTCCTTGGTATTCACAGTCATTTATTGTAACGACATGAGTTTAACCTTATCTACCTCCAGAATGCAGATTCTGAATGGCTTTTAAAAATGAGTTATTTGTGGAACACGACAGGGCTGCCCCTTCACTCCTCCTTAGTTTGAGCTGTGATGTTTTGATGAGTAGTTCCGGAATAATGTATCGTGTTTTAGACGTGACGAGAATAAAATAAACTGGAATGAGATAATATATGAACATTTAAACAGCTGTTGTTGTTTATATGGGTTACGCGTCACTCTGAAAGAGGACGCGATGACAAAATATATTAACAACAGTTGGGTTTAATTTCCTCTGAAATTACAACTTCCTGAATCATTTTCCCTGCGATGTCTTTGCGTTACAGACAAAGATGTACAATTTTCTGAGATTACGAGGAAAATTAATAATGTCCTGACGTTCTATTCGTAATGCTTAGCATCGATCAAGCGAAAAGAAAACTTAAATAATGTAGCAAATCAATTAAAAAAACatgatatgaacacacacacacacacacaggtgataataacaaaatgtacaaaacacaaaataacacCATAGCAGTTCAAATAAAACATGGAAATAACAGAAAGCCAGAAAATAATATTGAAATCTAACAAATACATTTctagtaatataatatattataataatactatatTACCATAATAATCAAAGTCTAGAGCGCTGGTCAAAAAACACACCTGGTATCTCTCAGTCAATCCCGGACACCCTCAGTGAGGTTTCAGTTTCAAAAGGGGAAGTTTTTTTAAACAACCTTTATTTTTACACTCAAATCACTTTGTCTCTTTGAACCGAGTTCAAATTGTAGAGGTACATATAACCATTACCTAGACATTTGTTCAGGTTGGACCATTTTATGTTTAAGTGGTCAGTAAAAGGAATTGTGGGTATTGGAATAGAGGGAAAAGGGGGAAGGGGCATTGGGGAGGATCAGCATCCTGACTGGCTGCTGACACTGAACTAGAGAAGAAATAACTACAATCATAACTGAATTGGCTGACTGACCGACtacctgactgactgattgtctgattgtctgactgtctgactgactgtgcaAAGTGTTATAGAGATAGTGAGGTATATTGCATGTTCTGAATGAACGAGTGGACACCAGTTACAACGCACTGAGGTAATGTGAAGGGATGGGTTTTCTGTTTTCATATATAAACCTACATGGTCAGACAAGCACTGACTGTGATGGATAGGATGGTATGAATGTATCTCACAAGAGACTGTAAATGTTTAAATGTACCTGGTATATGTTgcatgaaagaaagaaaataacatATAGAACATTCAACAGAGTCCAGTTAACTGATGAGCATGTGATTACGGAGGTATCTGACAGCTACAGAGACATTTCAAAATGGCCACCTGTCACCTATTCTGAATGGCTTTTAAAAATGAGTTATTTATGGAACACGACAGGGCTGTCCCTTCACTCCTCCTTAGTTTGAGTTTACAATGGAATTCTGTGATTACTCAAGACACAGTGGGCTGAACCAAGCCTCTCTTTACACAGCGTTAGAGGAGAGTTACCTTAGAGTAGTTCCACTGTGCTGTATGTCTGGGCTAGCTGGCATAGTGGTGACGCCGTGTGTTTTTACAAGGGGAGTTTCTTTTtggaagggggagagaaaagcTGATTCTGGTTTCTTTTAGGTGACTGGGAAGAGGGAGGGCCCATGGGGAGGCTGAGGGGATGGGGGATACtgaggggggaggcagggggacaAGGCTGGCCATTCACAGGCCTGACACCTGCTTCCTTCACCCTGTGAAGGATTCCTAGAACTCTCTCCAGCTggactctctcttctccttgcgtgatgtgatgtgttgtgttgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgcgtgcgtgcgtgcgtatgtgtgtgtgtgtatgtgtagccTTTTACTGAAAGCCAACACTGAGGCGATGCAACGGCAGTCCAGCCAAAACCAAGGGCCTCAGCTTAGCTCATAGAGAAGCTAAAGCACAGTAGATTAGTCAAGAGGAAGCAGAGAAATCCTCAGACTATTTTAGACCTGGAGGCATTAATTTAGCCTGGACATAATTTACAGTGTCTTTTAATACAGAGTGTAGATGGACATGAGCACCACTGTGCTGAAAGCTAGCTCCGTCTTCTATTTCCTACTTTTCCCTGAACTTTTCACTGGATTGGACTAGAAACGCTGCCAACAAAGCTTGGAACACTGCTGGTAGTTCCAAGAAAGCAGAAAGAAAGGGGAGACACACTGTAGAGCTTTGCCTTTCAACTGGAGTCAATGTGAtcacatctcaaatggcaccctattctctatatagtgcactacattttgactagggcccaatagggaataaggtgccatttgggagtcaTCCTGTAGCTTCACTAGTACGATCACAGAGGAACGGGAACAGATAACCAGGTCTTTATGAGAGTGGGTCTACAGGCTTTTTACAATGATGAGATTGTTTTAAAACAGGCTGTAAAGAACACGTTGAGGTAATCCACTGTAAAGTGAAATGGAAGGGCCTTCCCAGAGCTATAAACCAAGCCTTGGGTGTGTTTGGGAATCTGAGGCAGGCTAGAAACAGTTGGATGGCAGGGTACTAATAAAAACATTGCCACATTGCAAAAGTtgcatcttaaatggcaccctattccctatatataaagtgcactacctataggccctggtcaaaagtagtgcactgtaatagagaatagggtgccagaatAGGGTGCCACCGCCTAGGTATGAAACCTGTGACTTCATGTAGAGACAGATCGGATCGTCGAGGTAACGAGGACAACTGTTGAGAGAAGAATTCTCAGTGGATCTAAAGGGCAGCCAACGACACGTTTGACACCGTATTCATCGGGAGATTTTCTCTCCTCTGCGCTGTTTGTCCTGTGGGACTAAGTCAGGTTTCTGTCCGTCACTTAACTCGAGATAAAGTCAAGATTAAAGACCAACTAATGACTCAGTGTTTCCCGCCAAGCATCTCTTTACTGTTTACATTCAACTGGAGTTTTTTTGCTCACTTCTGTCCTGtgcagtctgtctgtcctgtgtagtctgtctgtcctgtgtagtctgtctgtcctgcgtagtctgtctgtcctgtgcagtctgtctgttctgtgcagtctgtctgtcctgtgtagtctgtctgtcctgtgcagtctgtctgtcctgtgcagTTTGTCTGTCCTGtgcagtctgtctgtcctgtgtagtctgtctgtcctgtgcagtctgtctgtcctgtgcagTTTGTCTGTCCTGtgcagtctgtctgtcctgtgcagTCTGTATGTCCTGtgtagtctgtctgtcctgtgcagtctgtctgtcctgtgcagtctgtctgtcctgtgcagtctgtctgtcttgtgaTTAAGTCACTTCTCTGTATAGTCACGAttaaagtctgtctgtctgtcctgtgcagtctgtctgtcccgtgcagtctgtctgtcctgtgcagtctgtctgtcttgtgaTTAAGTCACTTCTCTGTATAGTCACGAttaaagtctgtctgtctgtcctgtgcagTCTGTCTGTCCCGTGCAGTCTGTCTGTCCCATGCAGTCTGTCTGTCCCGTGCAGTCTGTCTGTCCCGtgcagtctgtctgtcctgtgcagTCGGTCTGTCCTGTGTCAGGATTAAATTGAATTTTAGTGACCTTTGGTGACATTTAGAAGCTGGTAGAAGGGATGGTTTACAGTAAGGAGGTTTACAGTAAGGAGGTTTACAGTAAGGAGGTTTACAGTAACCGCCCGGCGAGGTTCTCAGAGTGAACTCACTGGGTGTTCCTTATAACAGATTACCAGTGATAGATAGTATTTTTATTATACCACACAGTTCTTAAAGGGATTTGTATAATGACTCCATCTGGCATCTAATCTCTGTCTAAGGTAGATGGAATATTGTGAAGAGAATAGCTAGAGGAGTTAACTACCCTTTAAAATTAGCTACAAACGGATGTTCTTCCCTCAGGAACTAACTGTTGACCCTGTACAAGCTACAGGCTATTTACCTGTCCTCATGTCTCCCAGGCTGTTATAGAGTTAGCTAGCTGTAGGATAGAGTTGTAGGGTCTTGTAGGAGCTATTTACCTGTCCTCATGTCTCCCAGGCTGTTATGTctcccgtgcttctacacctgcattgcttgctgtttggggttttaggctgggtttctgtacagcactttgagatatcagctgatgtaagaagggctatataaatacatttgatttgatgatagaGTTAGCTAGCTGTAGGGTAGAGTTGTAGGGTCTTGTAGGAGCTAGTTAACTGTCCTCATGTCTTCCAGGCTGTTATAGAGTTAGCTAGCTGTAGGATAGAGTTGTAGGGTCTTGTAGGAGCTAGTTAACTGTCCTCCTATAATAACTCTAGTTAACTGTCCTCCAATAATAACTCTAATTAACTGTCCTCCTATAATAACTCTAGTTAACTGTCCTCCTATAATAACTCTAGTTAACTGTCCTCATATAATAACTCTAGTTAACTGTCCTCCTATAATAACTCTAATTAACTGTCCTCCTATAATAACTCTAGTTAACTGTCCTCATGTCTCCCAGCCTGTATGGGACTATAATAACTCTAGTTAACTGTCCTCCTATAATAACTCTAGTTAACTGTCCTCCTCATGTCTCGCAGCCTGTATGGGACTATAATAACTCTAGTTAACTGTCCTCCTATAATAACTCTAGTTAACTGTCCTCCTCATGTCTTGCAGCCTGTATGGGACTATAATAACTCTAGTTAACTGTCCTCCTATAATAACTCTAGTTAACTGTCCTCCTATAATAACTCTAGTTAACTGTCCTCCTATAATAACTCTAGTTAACTGTCCTCCTATAATAACTCTAGTTAACTGCCCTCCTCATGTCTCGCAGCCTG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Function

GO: NA

KEGG: NA

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TU2282993 lncRNA downstream 163 9232947 ~ 9234808 (-) True G1994679
TU2283020 lncRNA downstream 2510 9231181 ~ 9232461 (-) False G1994697
TU2283019 lncRNA downstream 2510 9231632 ~ 9232461 (-) True G1994697
TU2283010 lncRNA downstream 16180 9216971 ~ 9218791 (-) True G1994690
TU2283008 lncRNA downstream 19366 9214703 ~ 9215605 (-) False G1994688
TU2283032 lncRNA upstream 19715 9260679 ~ 9263614 (-) False otud7a
TU2283033 lncRNA upstream 19715 9260679 ~ 9263614 (-) False otud7a
TU2283034 lncRNA upstream 19715 9260679 ~ 9263614 (-) True otud7a
TU2283049 lncRNA upstream 43770 9284734 ~ 9285289 (-) True G1994715
TU2283056 lncRNA upstream 48931 9289895 ~ 9290304 (-) True G1994721
XM_036963698.1 mRNA downstream 126722 9090166 ~ 9108249 (-) False LOC110516734
XM_036964555.1 mRNA downstream 161629 9043417 ~ 9073342 (-) True LOC118944560
XR_005039724.1 mRNA downstream 198585 9025778 ~ 9036386 (-) False LOC110500985
XM_036963345.1 mRNA upstream 18012 9258976 ~ 9384991 (-) False otud7a
XM_036963346.1 mRNA upstream 18012 9258976 ~ 9384991 (-) False otud7a
NM_001124366.1 mRNA upstream 150997 9391961 ~ 9394414 (-) True gtf2a2
XM_021585689.2 mRNA upstream 880086 10121050 ~ 10126999 (-) True LOC110506256
XM_021585688.2 mRNA upstream 926145 10167109 ~ 10184048 (-) False fhl5
TU2282985 other downstream 54266 9177038 ~ 9180705 (-) True G1994674
TU2282921 other downstream 126812 9093080 ~ 9108159 (-) True LOC110516734
TU2282707 other downstream 486227 8733936 ~ 8748744 (-) False LOC110527031
TU2282708 other downstream 486227 8733936 ~ 8748744 (-) True LOC110527031
TU2282715 other downstream 519834 8705427 ~ 8715137 (-) False LOC110527031
TU2283141 other upstream 206629 9447593 ~ 9448494 (-) True G1994786
TU2283174 other upstream 259752 9500716 ~ 9501653 (-) True G1994812
TU2285182 other upstream 1681052 10922016 ~ 10924533 (-) True G1996632
TU2285507 other upstream 2177135 11418099 ~ 11418335 (-) True G1996949
TU2288512 other upstream 4096371 13337335 ~ 13338151 (-) True G1999856

Expression Profile