RNA id: TU2384017


Basic Information

Item Value
RNA id TU2384017
length 4261
lncRNA type intronic
GC content 0.41
exon number 3
gene id G2084808
representative False

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_048591.1
NCBI id CM023245.2
chromosome length 51556237
location 42933657 ~ 42942465 (-)
genome version USDA_OmykA_1.1_2020_rainbow_trout_Genome
species rainbow trout
(Oncorhynchus mykiss)

Sequence

atatatatatgccaattatgtgatggtCTGACCGCATTCTGttccctatcaacactttttaaacttttgatgccagagagaatgacataagaaagtaatcaagacaactagcttgattaagcctcctccatgtatctctcactaggtcaggatattaaacctcctccatgtatctctcactaggtcagggtattaaacctcctccatgtatctctcactaggtcagggtattaaacctcctccatgtatctctcactaggtcaggatattaaacctcctccatgtatctctcactaggtcaggatattaaacctcctccatgtatctctcactaggtcagggtattaaacctcctccatgtatatctcactaggtcaggatattaaacctcctccatgtatatctcactaggtcaggatattaaacctcctccatgtatctctcactaggtcaggatattaaacctcctccatgtatctctcactaggtcagggtattaaacctcccccatgtatctctcactaggtcagggtattaaacctcctccatgtatctctcactaggtcagggtattaaacctcctccatgtatctctcactaggtcagggtattaaacctcctccatgtatctctcactaggtcagggtattaaacctcctccatgtatatctcactaggtcaggatattaaacctcctccatgtatctctcactaggtcagggtattaaacctcctccatgtatctctcactaggtcagggtattaaacctcctccatgtatatctcactaggtcagggtattaaacctccatgtatatctcaataggtcaggatattaaacctcctccatgtatatctcactaggtcaggatattaaacctcctccatgtatctctcactaggtcaggatattaaacctcctccatgtatctctcactaggtcagggtattaaacctcctccatgtatctctcactaggtcagggtattaaacctcctccatgtatatctcactaggtcagggtattaaacctcctccatgtatatctcactaggtcagggtattaaacctcctccatgtatctctcactaggtcagggtattaaacctccatgtatatatctcactaggtcagggtattaaacctccatgtatatctcactaggtcagggtattaaacctcctccatgtatatctcactaggtcaggatattaaacctcctccatgtatatctcactaggtcagggtattaaacctccatgtatatctcactaggtcaggatattaaacctcctccatgtatctctcactaggtcaggatattaaacctgtatatctcactaggtcagggtattaaacctccatgtatatctcactaggtcagggtattaaacctcctccatgtatatctcactaggtcaggatattaaacctcctccatgtatatctcactaggtcaggatattaaacctcctccatgtatatctcactaggtcagggtattaaacctcctccatgtatatctcactaaatcaggatattaaacctcctccatgtatctctcactaggtcagggtattaaacctcctccatgtatatctcactaggtcagggtattaaacctccatgtatatctcactaggtcagggtattaaacctcctccatgtatatctcactaggtcaggatattaaacctcctccatgtatctctcactaggtcaggatattaaacctcctccatgtatatctcactaggtcaggatattaaacctcctccatgtatatctcactaggtcagggtattaaacctcctccatgtatatctcactaaatcaggatattaaacctcctccatgtatctctcactaggtcagggtattaaacctcctccatgtatatctcactaggtcaggctattaaacctcctccatgtatatctcactaggtcagggtattaaacctcctccatgtatatctcactaggtcagggtattaaacctcctccatgtatatctcactaggtcagggtattaaacctcctccatgtatctctcactaggtcaggattttaaacctcctccatgtatctctcactaggtcaggatattaaacctccatgtatatctcactaggtcaggatattaaacctcctccatgtatctctcactaggtcaggatattaaacctgtatatctcactaggtcagggtattaaacctccatgtatatctcactaggtcagggtattaaacctcctccattgtatatctcactaggtcagggtattaaacctcctccatgtatatctcactaggtcaggatattaaacctcctccatgtatctctcactaggtcaggatattaaacctgtatatctcactaggtcagggtattaaacctcctccatgtatatctcactaggtcagggtattaaacctcctccatgtatatctcactaggtcaggatattaaacctcttccatgtatatctcactaggtcagggtattaaacctcctccatgtatatctcactaggtcagggtattaaacctccatgtatatctcactaggtctggatattaaacctcctccatgtatctctcactaggtcaagatattaaacctgtatatctcactaggtcagggtattaaacctcctccatgtatatctcactaggtcaggatattaaacctcctccatgtatatctcactaggtcagggtattaaacctcctccatgtatatctcactaggtcagggtattaaacctcctccatgtatctctcactaggtcaggatattaaacctcctccatgtatctctcactaggtcaagatattaaacctgtatatctcactaggtcagggtattaaacctcctccatgtatatctcactaggtcaggatattaaacctcctccatgtatatctcactaggtcagggtattaaacctcctccatgtatatctcactaggtcagggtattaaacctcctccatgtatctctcactaggtcaggatattaaacctcctccatgtatatctcactaggtcagggtattaaacctcctccatgtatatctcactaggtcagggtattaaacctcctccatgtatatctcactaggtcaggatattaaacctccatgtatatctcactaggtcaggatattaaacctcctccatgtatctctcactaggtcaaTATATTAAacctgtatatctcactaggtcagggtattaaacctccatgtatacctcactaggtcagggtattaaacctcctccatgtatctctcactaggtcaggatattaaacctcctccatgtatatctcactaggtcaggatattaaacctcctccatgtatatctcactaggtcagggtattaaacctcctccatgtatctctcactaggtcagggtattaaacctcctccatgtatatctcactaggtcagggtattaaacctcctccatgtatatctcactaggtcagggtattaaacctcctccatgtatctctcactaggtcagggtattaaacctgtatatctcactaggtcaggatattaaacctcctccatgtatatctcactaagtcaggatattaaacctcctccatgtatatctcactaggtcagggtattaaaccatctccatgtatatctcactaggtcagggtattaaacctcctccatgtatatctcactaggtcagggtattaaacctcctccatgtatatctcactaggtcagggtattaaacctcctccatgtatatctcactaggtcaggatattaaacctcctccatgtatatctcactaagtcaggatattaaacctcctccatgtatatctcactaggtcaggatattaaacctcctccatgtatatctcactaggtcagggtattaaacctcctccatgtatatctcactaggtcagggtattaaacctcctccatgtatatctcactaggtcagggtattaaacctcctccatgtatctctcactaggtcagggtattaaacctcctccatgtatctctcactaggtcagggtattaaacctccatgtatatctcactaggtcagggtattaaacctcctccatgtatatctcactaagtCAGGGTATTTAATCCTCCACATATCCACTAGCACCATCATATCCATGATATTCCTGATTTCCTTTAAGTGCATGATGGTtttagtttgtagtgtgatttcatttacggtccatagaggtatttaaaaCCG

Function

GO: NA

KEGG: NA

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TU2383996 lncRNA downstream 15103 42916704 ~ 42918554 (-) True G2084798
TU2383982 lncRNA downstream 43246 42888049 ~ 42890411 (-) True G2084787
TU2383975 lncRNA downstream 51670 42881635 ~ 42881987 (-) False G2084783
TU2383976 lncRNA downstream 51670 42881635 ~ 42881987 (-) True G2084783
TU2383937 lncRNA downstream 113823 42819623 ~ 42819834 (-) True G2084753
TU2384029 lncRNA upstream 7268 42949733 ~ 43022942 (-) True G2084813
TU2384034 lncRNA upstream 16515 42958980 ~ 42964591 (-) False G2084818
TU2384039 lncRNA upstream 16515 42958980 ~ 42964591 (-) False G2084818
TU2384041 lncRNA upstream 16515 42958980 ~ 42960871 (-) False G2084818
TU2384040 lncRNA upstream 19641 42962106 ~ 42964591 (-) False G2084818
XM_036965667.1 mRNA downstream 283756 42647144 ~ 42649901 (-) False LOC118944772
XM_021588507.2 mRNA downstream 369077 42561570 ~ 42564580 (-) True LOC110508058
XM_036965653.1 mRNA downstream 393317 42516527 ~ 42540340 (-) False neu4
XM_036965261.1 mRNA downstream 648112 42262030 ~ 42285545 (-) True aadac
XR_005040014.1 mRNA downstream 826493 41938036 ~ 42107164 (-) False LOC110508063
XM_036965644.1 mRNA upstream 353346 43295811 ~ 43529347 (-) False LOC110519585
XM_036965645.1 mRNA upstream 353346 43295811 ~ 43529347 (-) False LOC110519585
LOC110508094 mRNA upstream 593090 43535555 ~ 43549204 (-) True LOC110508094
XM_036965671.1 mRNA upstream 614111 43556576 ~ 43558533 (-) False tmem97
XM_021588535.2 mRNA upstream 614152 43556617 ~ 43558533 (-) True tmem97
TU2383921 other downstream 148622 42784627 ~ 42785035 (-) True G2084740
TU2382643 other downstream 1252965 41676251 ~ 41680692 (-) True LOC118944786
TU2382642 other downstream 1253017 41676251 ~ 41680640 (-) False LOC118944786
TU2382641 other downstream 1253123 41676251 ~ 41680534 (-) False LOC118944786
TU2382371 other downstream 1509617 41423539 ~ 41424040 (-) True G2083443
TU2385185 other upstream 969695 43912160 ~ 43912680 (-) True G2085726
TU2386614 other upstream 1978444 44920909 ~ 44921312 (-) True G2086783
TU2386975 other upstream 2587891 45530356 ~ 45530780 (-) True G2087090
TU2387219 other upstream 2854605 45797070 ~ 45798330 (-) True G2087288
TU2388664 other upstream 4030116 46972581 ~ 46975108 (-) True ndufc2

Expression Profile