RNA id: TCONS_00055289



Basic Information


Item Value
RNA id TCONS_00055289
length 392
lncRNA type lincRNA
GC content 0.43
exon number 3
gene id XLOC_028489
representative True

Chromosome Information


Item Value
chromosome id NC_007115.7
NCBI id CM002888.2
chromosome length 78093715
location 6339572 ~ 6416414 (-)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence


AAGGGAAGCCATGTCATCTTGTGCTGGAGGAAAAGGGCGTTCAAAATCCTAAAAAGAAGCTGAAACGTGATGAAACGTTACACAGAAGTCTCAAGAGGTCAGCGTGAAGTGAAGCCATTTTATCTTGTGCTGGAGGAAAAGGGCGTTTAAAATGCAGAACAGAAGCTGAAACTTGATTAAACGTTACACAGAAGTCTCAAGGGTTGCTGGTGTATAAACCCTGTCTCCTGCTCTCAGCACAGGATGGCCCCATTACTGATTTGCTTTTCTGCATCGCCACAAAAAACCCCTGACACATTATAGCACAGATCACTGAGCCACTTAAAGATGCAGACAACCATTTGGATTAAAATGCAAGAGTTGGTGTGgtctaaaaataaatagcatGAGAA

Function


GO: NA

KEGG: NA

Ensembl:

ensembl_id ENSDART00000134376

JBrowse2


Neighbor


RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00058042 lncRNA downstream 158597 6177586 ~ 6252483 (-) False XLOC_028488
TCONS_00058041 lncRNA downstream 158597 6177586 ~ 6252483 (-) False XLOC_028488
TCONS_00058040 lncRNA downstream 158597 6177586 ~ 6252483 (-) True XLOC_028488
TCONS_00058039 lncRNA downstream 158605 6177586 ~ 6252475 (-) False XLOC_028488
TCONS_00057320 lncRNA downstream 294410 6113441 ~ 6116670 (-) True XLOC_028487
TCONS_00058043 lncRNA upstream 160605 6576777 ~ 6580442 (-) False XLOC_028491
TCONS_00058044 lncRNA upstream 160605 6576777 ~ 6580547 (-) False XLOC_028491
TCONS_00058045 lncRNA upstream 162446 6578618 ~ 6580266 (-) True XLOC_028491
TCONS_00055298 lncRNA upstream 388926 6805098 ~ 6805921 (-) True XLOC_028492
TCONS_00058046 lncRNA upstream 604278 7020450 ~ 7024297 (-) False XLOC_028493
TCONS_00055286 mRNA downstream 37345 6339572 ~ 6373735 (-) False XLOC_028489
TCONS_00055284 mRNA downstream 497742 5906958 ~ 5913338 (-) False XLOC_028486
TCONS_00055285 mRNA downstream 498129 5911341 ~ 5912951 (-) True XLOC_028486
TCONS_00055283 mRNA downstream 547174 5850317 ~ 5863906 (-) True XLOC_028485
TCONS_00055282 mRNA downstream 554880 5850225 ~ 5856200 (-) False XLOC_028485
TCONS_00055290 mRNA upstream 6869 6423041 ~ 6567503 (-) False XLOC_028490
TCONS_00055291 mRNA upstream 7180 6423352 ~ 6623645 (-) False XLOC_028490
TCONS_00055292 mRNA upstream 7248 6423420 ~ 6567355 (-) False XLOC_028490
TCONS_00055294 mRNA upstream 34984 6451156 ~ 6459863 (-) False XLOC_028490
TCONS_00055296 mRNA upstream 383622 6799794 ~ 6809323 (-) False XLOC_028492
TCONS_00055263 other downstream 1039458 5370056 ~ 5371622 (-) True XLOC_028470
TCONS_00055239 other downstream 1478556 4930411 ~ 4932524 (-) True XLOC_028460
TCONS_00055225 other downstream 1840275 4546209 ~ 4570805 (-) True XLOC_028452
TCONS_00055220 other downstream 1914289 4492566 ~ 4496791 (-) True XLOC_028449
TCONS_00055185 other downstream 3724990 2675106 ~ 2686090 (-) False XLOC_028423
TCONS_00055293 other upstream 20592 6436764 ~ 6451732 (-) False XLOC_028490
TCONS_00055295 other upstream 149481 6565653 ~ 6567266 (-) True XLOC_028490
TCONS_00055299 other upstream 769023 7185195 ~ 7185311 (-) True XLOC_028494
TCONS_00055301 other upstream 805908 7222080 ~ 7222367 (-) True XLOC_028496
TCONS_00055306 other upstream 1263807 7679979 ~ 7680095 (-) True XLOC_028504

Expression Profile


//