RNA id: TCONS_00058075


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00058075
length 3965
lncRNA type antisense_over
GC content 0.34
exon number 1
gene id XLOC_028554
representative False

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007115.7
NCBI id CM002888.2
chromosome length 78093715
location 10748977 ~ 10752941 (-)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

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Function

GO:

id name namespace
GO:0072659 protein localization to plasma membrane biological_process
GO:0043001 Golgi to plasma membrane protein transport biological_process
GO:0006750 glutathione biosynthetic process biological_process
GO:1990778 protein localization to cell periphery biological_process
GO:0090150 establishment of protein localization to membrane biological_process
GO:0019184 nonribosomal peptide biosynthetic process biological_process
GO:0017109 glutamate-cysteine ligase complex cellular_component

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
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TCONS_00058069 lncRNA downstream 839606 9906081 ~ 9909371 (-) False XLOC_028550
TCONS_00055387 lncRNA downstream 839606 9907869 ~ 9909371 (-) True XLOC_028550
TCONS_00055377 lncRNA downstream 926458 9819357 ~ 9822519 (-) True XLOC_028546
TCONS_00055375 lncRNA downstream 947330 9798053 ~ 9801647 (-) True XLOC_028545
TCONS_00058076 lncRNA upstream 13073 10766014 ~ 10769504 (-) False XLOC_028555
TCONS_00058077 lncRNA upstream 13073 10766014 ~ 10769736 (-) False XLOC_028555
TCONS_00058078 lncRNA upstream 13073 10766014 ~ 10769864 (-) False XLOC_028555
TCONS_00058079 lncRNA upstream 13073 10766014 ~ 10789020 (-) False XLOC_028555
TCONS_00058080 lncRNA upstream 13073 10766014 ~ 10789207 (-) False XLOC_028555
TCONS_00055388 mRNA downstream 149915 10574822 ~ 10599062 (-) True XLOC_028552
TCONS_00055386 mRNA downstream 839606 9901116 ~ 9909371 (-) False XLOC_028550
TCONS_00055385 mRNA downstream 857103 9880647 ~ 9891874 (-) True XLOC_028549
TCONS_00055383 mRNA downstream 881192 9854075 ~ 9867785 (-) False XLOC_028548
TCONS_00055398 mRNA upstream 58549 10811490 ~ 10826575 (-) False XLOC_028555
TCONS_00055399 mRNA upstream 60320 10813261 ~ 10835620 (-) False XLOC_028555
TCONS_00055400 mRNA upstream 60969 10813910 ~ 10826575 (-) True XLOC_028555
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TCONS_00055402 mRNA upstream 196448 10949389 ~ 10958074 (-) True XLOC_028558
TCONS_00055389 other downstream 87300 10661561 ~ 10661677 (-) True XLOC_028553
TCONS_00055328 other downstream 2161069 8587787 ~ 8587908 (-) True XLOC_028518
TCONS_00055327 other downstream 2607511 8141349 ~ 8141466 (-) True XLOC_028515
TCONS_00055313 other downstream 2873047 7870895 ~ 7875930 (-) False XLOC_028507
TCONS_00055311 other downstream 2873217 7870736 ~ 7875760 (-) False XLOC_028507
TCONS_00055432 other upstream 853817 11606758 ~ 11606855 (-) True XLOC_028574
TCONS_00055433 other upstream 855255 11608196 ~ 11608283 (-) True XLOC_028575
TCONS_00055457 other upstream 1522173 12275114 ~ 12286066 (-) True XLOC_028592
TCONS_00055464 other upstream 1660478 12413419 ~ 12433016 (-) True XLOC_028596
TCONS_00055465 other upstream 1842739 12595680 ~ 12595804 (-) True XLOC_028597

Expression Profile

//