RNA id: TCONS_00055412


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00055412
length 5587
RNA type mRNA
GC content 0.47
exon number 17
gene id XLOC_028565
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007115.7
NCBI id CM002888.2
chromosome length 78093715
location 11084209 ~ 11098539 (-)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

atttttatgtttgctgCTTCATATAATCTTCAGTGTTTCTCTATCTGCTTTAAGTTTAGTGTGTTTATCTCCAGGCTGATTTCTGACTGACACGAGTCTGTCCTCAGTGAAGTGTCTCTTCTTGACGCTGAAGGAGGAGTCCCGCTCATCAGCGCTcacactttattgatatatatGGAGAAAATCCAAATGCTGCTTTCTGATTTGTCACTGATTGTGTTTGATGATTTCCTCTGTTGTGTCTAATAAGGTAACAGTGAGAGTCATTGGCAGCTGTGagtctctcttgctctctctctttaGGAGCTCACAGGAGACACTTTCTTCAGTCTGAGCAGAGGAGCAGATGATGGAGGGACTTCTTTTAATCTTAAATATAATTACTATAACCACATCTGATTTTCCGACTGTGAGGTTGGTTGGTGGTCATAGTGCCTGTGCTGGTCGAGTGGAGGTTCATCATGATGGTCAGTGGGGCACAGTGTGTGATGATGACTGGGATATGACTGATGCTGCAGTGGTGTGTAGAGAACTGAAGTGTGGAGAGGCTGTAGAGACTCTGGGTGAAGCTTTATTTGGACAAGGATCAGGTCAAATCTGGATGGATGATGTGGCCTGTGGTGGATTAGAGTCAACAGTGAAGAACTGTAGTTCAGGAGGATGGGGTGAACATGACTGTGGTCATAGTGAAGATGCTGGGGTCATCTGCTCAGgTGTAAGACTGGTTGGAGGTTCTCACTGCTCTGGAAGGTTGGAGATCTTTCATAATCAGACGTGGATGTCAGTGTGTGACGCTGCCTTTGACCAGCAGGATGCAGAGGTTGTGTGTAGAGAGCTGGACTGTGGGGCTCCTGTACAGGTGCTGAGAGCTGCTGCTTTTGACAAAGGAGACACTCAGATGTGGACACAAGAGATTCACTGCAGAGGAAATGAGTCTCATGTTGGATTATGTTCAACCACAAATGACACACAGTGCTCTCAAGAAAACAATATAGAATTGAAATGTTCAGATTTTGAACTGGTCAGGTTGGTTGATGGAGACAGTTCCTGCAGTGGTCGAGTGGAGGTTTATCATAGAGGTCAGTGGGGAACAGTGTGTGATGATGACTGGGATATGGCTGATGCTGCAGTGGTGTGTAGAGAACTGGGCTGTGGAGAACCTCTGTATGCTCTGGGTTATGCTCACTTTGGACAAGGTTCAGGTCAAATCTGGATGAATGGAGTGTCCTGTAGTGGTTCAGAGTCAACACTGAAGAACTGTAGTTCAAAAGGATGGGGTGAACATGACTGTGGTCATGATAGAGATGCTGGAGTCAGATGCTCAGGAGTACGTCTGGTTGGAGGTTCTCGCTGCTCTGGGAGGTTAGAGATCCTTCATGATCACACGTGGATGTCAGTGTGTGACGCTGCCTTTGACCAGCAGGATGCAGAGGTTGTGTGTAGAGAGCTGGACTGTGGGGCTCCTGTACAGGTGCTGAGAGCTGCTGCTTTTGACAAAGGAGACGCTCAGATGTGGACACAAGAGATTCACTGCAGAGGAAATGAGTCTCATATTCAATTGTGTTCAACCATGAATGATACACAGTGCTCTCAGAAAAACAATGTGGAACTGAAATGTGCAgaTTTTGAGCAGGTCAGGTTGGTTGATGGAGACAGTTCCTGCAGTGGTCGAGTGGAGGTTTATCATAGAGGTCAGTGGGGAACAGTGTGTGATGGTGACTGGGATATGGCTGATGCTGCAGTGGTGTGTAGAGAACTGGGCTGTGGAGATCCTCTGTATGCTCTGGGTTATGCTCACTTTGGACAAGGTTCAGGTGAAATCTGGATGAATGAAGTTTCCTGTAATGGATCAGAGTCAACACTGAAAAACTGTAGTTCAAGAGGATGGGGTGGTCATAGCTGTGGTCATAATAGAGATGCTGGAGTCAGATGCTTTGAAGTCCGTCTGGTTGGAGGTTCTCGCTGCTCTGGGAGATTAGAGATCCTTCATAATCAGATGTGGATGTCAGTGTGTGACGCTGCCTTTGACCAGCAGGATGCAGAGGTTGTGTGTAGAGAGCTGGACTGTGGGGCTCCTGTACAGGTGCTGAGAGCTGCTGCTTTTGACAAAGGAGACACTCAGATGTGGACACAAGAGATTCACTGCAGAGGAAATGAGTCTCAGATTCGATTGTGTTCAACCGTGAATGACACACAGTGCTCTCAGGAAAACAACGTAGCGCTGAAATGTGCAGATTTTGAGCAGGTCAGGTTGGTTGATGGAGACAGTTCCTGCAGTGGTCGAGTGGAGGTTTATCATAGAGGTCAGTGGGGAACAGTGTGTGGTGATGACTGGGATATGGCTGATGCTGCAGTGGTGTGTAGAGAACTGGGCTGTGGAGAACCTCTGTATGCTCTGGGTTATGCTCACTTTGGACAAGATTCAGGTCAAATCTGGATGAATGAAGTTTCATGTAGAGGATCAGAGTCAACACTGAAGAGCTGTAGTTCAGGAGGATGGGGTGATCATAGCTGTGTTCATGATAGAGATGCTGGAGTCAGATGCTCAGGAGTTCATCTAGTCGGAGGTTCTCGCTGCTCTGGGAGGTTGGAGATCCTTCATGATCAGACGTGGATGTCAGTGTGTGACGCTGCCTTTGACCAGCAGGATGCAGAGGTTGTATGTAGAGAGCTGGACTGTGGGGCTCCTGTACAGGTGCTGAGAGCTGCTGCTTTTGACAAAGGAGACGCTCAGATGTGGACACAAGAGATTCACTGCAGAGGAAATGAGTCTCATGTTGGATTATGTTCAACCACAAATGACACACAGTGCTCTCAGAAAAACAATATAGAACTGAAATGTTCAGATTTTGAACAGGTTAGGTTGGTTGGTGGAGACAGTTCCTGCAGTGGTCGAGTGGAGGTTTATCATGGTCAGTGGGGAACAGTGTGTGATGAAGACTGGGATATGGCTGATGCTGCAGTGGTGTGTAGAGAACTGGGCTGTGGAGATCCTGTAGATGCTGTAGGTTCTGCTCACTTTGGACAAGGTTCAGGTCAAATCTGGATGAATGAAGTTTCCTGTAGTGGTTCAGAGTCAACACTGAAGAGCTGTAGTTCAAGAGGATGGGGTGAACATTACTGTAGTCATGATAGAGATGCTGGAGTCAGATGCTCAGAAACCCATCTGGTTGGAGGTTCTCGCTGCTCTGGGATGTTAGAAATCCTTCATAATCAGATGTGGATGTCAGTGTGTGACGCTGCCTTTGACCAGCAGGATGCAGAGGTTGTGTGTAGAGAGCTGGACTGTGGGGCTCCTGTACAGGTGCTGAGAGCTGCTGCTTTTGACAAAGGAGACGCTCAGATGTGGACACAAGAGATTCACTGCAGAGGAAATGAGTCTCAGATTCGATTGTGTTCAACCGTGAATGACACACAGTGCTCTCAGGAAAACAATGTAGAACTGAAATGTGCAGATTTTGAGCAGGTCAGGTTGGTTGATGGTGACAGTTCCTGCAGTGGTCGAGTGGAGGTTTATCATAGAGGTCAGTGGGGAACAGTGTGTGATTATAGGTGGGATATGGCTGATGCTGCAGTGGTGTGTAGAGAACTGAACTGTGGAGAACCTCTAGAAGCTGTGGGTTCTGCTTACTTTGGACAAGGTTCAGGTCAAATCTGGATGAATGAAGTTTCCTGTAGTGGATCAGAGTCAACACTGAAGAGCTGTAGTTCAAGAGGATGGGGTGAACATTACTGTGGTCATGTTGAAGATGCTGGAGTCAGATGCTCAGAAACCATAAATTATGGACGATTTACGAGACTTGCTGATGGACCTCACCTGTGCTCTGGGAGATTAGAAGTCCTTCGTGGAAACACCTGGTACACAGTGTGTGACGCTGCCTTTGACCAGCAGGATGCAGAGGTTGTGTGTAGAGAGCTGGACTGTGGGGCTCCTGTACAGGTGCTGAGAGCTGCTGCTTTTGACAAAGGAGACACTCAGATGTGGACACAAGAGATTCACTGCAGAGGAAATGAGTCAATTATTCGACACTGTCCAACATCAGGACTACTTAAAATGAACTGCACCAATGTCAGTGATGTTGCACTGATGTGTTCTGGTTACACTGATGTCCGACTGATCAATGGTCCTGACCCCTGTTCTGGCCGAGTTGAACGTCAGTATCTCAGTAAATGGGGCACAGTGTgtgatgcatgctgggatatgagAGCTGCCAGTGTCCTCTGTAAACAGCTGAATTGTGGGATTGCTGTGTCTGTTGTGGGATCAGACTGGTTTGGAGAGGGAAGTGGTGAAATCTGGGCTGATGTGTTTGATTGTGACGGGAATGAAACAAAACTCTCCGAATGTTCAATCTCTTCATGGAGTCGAGCTGAACGCTCTCATAGACGAGATGTTGGAGTCATCTGCTCTAACTCGTCTCTGGCTCTTCATGAGGGTCTGGTGCGGTTGTCTGGAGAGAGTCAGTGTGAGGGGCAGGTGGAAGTTTTGATCCAGCAGGTCTGGAGGAAGGTTTTGCTGGACTCCTGGAGTCTCACTGAATCCTCTGTGGTCTGCAGACAGCTGGGCTGTGGCTCTGTGCTCAACTTCTCCGGCTCCTCTTCATCCAGTCCTGAACACAGTCATGAGTGTGTGATGGGCTTCCAGTGCTCTGGGAGTGAAGCTCATCTGGGGAACTGCAGCTCTCCGCAAACTCTCAACTGCAGCTCCACACAACAGCTGTCAATCACCTGCCTTGGCCGCGGGTCCATCAGGCTGGTGGGTTCTGGGGGTGACTGTGCAGGGAGGCTGGAGGTTTTTCACAGCGGCTCATGGGGGACAGTGTGTGACGACTCCTGGGATATTAAAGATGCCCATGTGGTGTGCAGACAGCTGCAGTGTGGAGTGGCCCTCAGTAACCAGCAGGTACCAGCCTGGTTTGGTCCTGGTTCTGGACCCATATGGCTGGATGAGGTGGAGTGTGAGGGGAATGAGACGTCCCTGTGGAGCTGCTCTTCTCCAGGCTGGGAAAAACATGACTGTCTACACAAAGAGGATGTAGGAGTCGTCTGCTCTGAGTTTAAAGAGATCAGATTAACTGAGGGCTGTGAAGGGAATGTGGAGGTTTTCTACAATGGATCCTGGGGAAATGTGTGCTGGAATCAGATGGACAGAGACACAGTGAGTCTGATCTGTCAAGAGCTGAACTGTGGAAGATCTGGAGTTTTGTCTGATTCTACATCAAGACTGAAATCTGCTCCTAACTGGCTTGATAAAGTTAAATGTCGACCACATGACTCTACTTTATGGCATTGTCCATCTACACCCTGGGGACAAAACTACTGTAATGAAGATGAAGTGGCCAATGTTACTTGCTCAGGTTTGATggtatttaattgatttattattttctgaTTATCAGACATATTCCCTTATCCCCTTAACTGTTATCAGTGAGGTGTTTTTTTAGAAACTATTTATCAGTctttacattgttatttttatattgaaaCCATTAAAAGTAATGTAATCACCAACTCCACACTTATTGCTCATAGGAGAATCCACTTTTGTGAAAATCCCACCAACCACCCTCAATTAAAGCCTGGC

Function

GO: NA

KEGG: NA

Ensembl:

ensembl_id ENSDART00000135511

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00058100 lncRNA downstream 271922 10793666 ~ 10812287 (-) False XLOC_028555
TCONS_00055395 lncRNA downstream 271973 10790960 ~ 10812236 (-) False XLOC_028555
TCONS_00055396 lncRNA downstream 272035 10791967 ~ 10812174 (-) False XLOC_028555
TCONS_00055397 lncRNA downstream 287247 10793666 ~ 10796962 (-) False XLOC_028555
TCONS_00058099 lncRNA downstream 291156 10788536 ~ 10793053 (-) False XLOC_028555
TCONS_00055415 lncRNA upstream 26074 11124613 ~ 11125166 (-) False XLOC_028568
TCONS_00055416 lncRNA upstream 26074 11124613 ~ 11125650 (-) False XLOC_028568
TCONS_00055421 lncRNA upstream 80970 11179509 ~ 11186936 (-) True XLOC_028570
TCONS_00055422 lncRNA upstream 146793 11245332 ~ 11248285 (-) True XLOC_028571
TCONS_00055426 lncRNA upstream 304152 11402691 ~ 11404177 (-) True XLOC_028572
TCONS_00055411 mRNA downstream 2248 11079058 ~ 11081961 (-) True XLOC_028564
TCONS_00055410 mRNA downstream 6337 11070864 ~ 11077872 (-) True XLOC_028563
TCONS_00055409 mRNA downstream 16878 11066785 ~ 11067331 (-) True XLOC_028562
TCONS_00055408 mRNA downstream 20136 11054309 ~ 11064073 (-) True XLOC_028561
TCONS_00055407 mRNA downstream 30666 11035103 ~ 11053543 (-) True XLOC_028560
TCONS_00055413 mRNA upstream 502 11099041 ~ 11106856 (-) True XLOC_028566
TCONS_00055414 mRNA upstream 14041 11112580 ~ 11122638 (-) True XLOC_028567
TCONS_00055417 mRNA upstream 26075 11124614 ~ 11132617 (-) True XLOC_028568
TCONS_00055418 mRNA upstream 46061 11144600 ~ 11165961 (-) False XLOC_028569
TCONS_00055419 mRNA upstream 48079 11146618 ~ 11165611 (-) False XLOC_028569
TCONS_00055389 other downstream 422532 10661561 ~ 10661677 (-) True XLOC_028553
TCONS_00055328 other downstream 2496301 8587787 ~ 8587908 (-) True XLOC_028518
TCONS_00055327 other downstream 2942743 8141349 ~ 8141466 (-) True XLOC_028515
TCONS_00055313 other downstream 3208279 7870895 ~ 7875930 (-) False XLOC_028507
TCONS_00055311 other downstream 3208449 7870736 ~ 7875760 (-) False XLOC_028507
TCONS_00055432 other upstream 508219 11606758 ~ 11606855 (-) True XLOC_028574
TCONS_00055433 other upstream 509657 11608196 ~ 11608283 (-) True XLOC_028575
TCONS_00055457 other upstream 1176575 12275114 ~ 12286066 (-) True XLOC_028592
TCONS_00055464 other upstream 1314880 12413419 ~ 12433016 (-) True XLOC_028596
TCONS_00055465 other upstream 1497141 12595680 ~ 12595804 (-) True XLOC_028597

Expression Profile

//