RNA id: TCONS_00058105


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00058105
length 2996
lncRNA type inter_gene
GC content 0.31
exon number 2
gene id XLOC_028579
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007115.7
NCBI id CM002888.2
chromosome length 78093715
location 11754996 ~ 11758042 (-)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

tgctttttaaaaaaatgttttaagtgaTTAAAAAGGTGAAATCTTGTGGTTCGATGAATAGCAGCAAGTAATAAGGACGTCAGCTGAAATGtaatcatctttttttaataaatctttataTAAATACCTTAATAATGAAGAAATTTCTATTTTTTAATCAAGTTGCACCCAAGTTCTTCGAAAAAGGCAAATGTTCTTTCTCAGGTATGTATCATGGTTAATATTGCTTAAATGAGAGATTTCAACATTCCCTTAATGCCTTATAATTGCCTTATAATTTCTTAGTAGTACAATTAGTACAAAAAAGTGAATCCACAAATATGTTTCTGCCTCATCATGTGTTCTAAATTAGGACCTTAACCACAAAATATATAAGAATAGATTTAATAAGGCTGATGCTGCTCTTTACTATCTCTAATAAAGATAACAAAGACCTTTCCACAGCTCACAGTATATTTGAAGGACATTTATTGACTCACTGTCATCATGAGACTTGTTTTGCTGTGGTTCAGACTAAAGCATTTCACACTGATCTGTCCGCGGGTGCGATTTAAACGAGGAGGTTTTAAACATATCAAGTGCtttggaataaaataaacaacggATTTGTGGAGAGTGGTACTGTCAGCAGGCGATGAGGAAAATAAACTAGATCATAACAGTGGAGGAGTAAgccattcacacgcacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacatatatatatatgtgagctGCTGTTTTTTCTCTGGGGATGGACTCCGCTTGGTACCAGGCTTCTGATAAAGAGGTGCAGAGTGTTCTGTGTCCTGTCAACTACTAAATCACACATTCCCaacgatacacacacacacacacacacacatatatttatctCGGACTTAGAGAGAGAGCTCAAGCAAGATTATGCTAATGTTATTTTGATCATGCAGAGACACCATGCAGAATGTCTGACATGTCAAGCTTGTTTTGAATATGCTGCATTCTTGttcatgtcacacacacacacacatgcgagcACTGACCACCTGTGTTTCTGAGAATGTGTTCAGTCTCTCCACTTATCTTATCGTAACAAGTCCCCGCTAAATGAAATTCaatgatttttatgtttttaaaaggtttttagaAAGTTGTTTATATATCCTGTATGAACGTAAAGTGAGACTGAAACTATTTAACTccaaaagtgattaaaaaaagtgtattaaaatgtataaaacacttttttaaagaCTAGATGGaagtaaatacaatataaaaatgaaataaattgaaaTTGTCACTATATTTTGAAGGCTAGGACTGCCATTGGGATTGGAAATGGAAAATTACTAAACCactggaaaaaaaattgaaagcatTTTAGGTAATAcattaagtaattaaaataaatacatttatctgTGAAATCCTCAAAGGCAAATGTGCatcgaagtaaaaaaaaaaattcaaagttaattaaataaataaataaaataaaaagtacatttaaaaagcaaaataaaacattttaccaaTATGAGTGTTTGAGAGGTTGAGATTAAAATGTGGAATAcatttgcaaaataataataaaaaaagttattaaaaataaaattatcctATCCATTTATCCACATTCTGAAGTCGtgtggttttattttaaaatttaaaatatttgtatgcaACTTCATTCAACCACTTTAAAAAGGAAACGGTCACCTACCCTCTGTGAAATAAGTGAAATTAAGCCTTCAGAAATATAGAAACATTTAAAGCTGCTTGCTTTTGTGCGTCACAAAACATGCGATGAGAAATGATTTCAGATAAGATGGAATGCGAGCACTGGACATCTACAGTGCTTTACACATATCTGAAGAATGTGTGTCATAAATCTGGAGATAAATCCAAAAAAAGGTTTCAGAAAGTGTATTCATCATGGGGGAGGCAGTGCTTGGCACAGCGTCTCAGCGCATGAGTGAATGAGCGCCACATTCTTCAAATGCTCTTGCCATTGTGGCTCTTTAATGAGGCAGGGTGACAAAAGCCTGGCATGGTGGCGCTAACGGTGGACGCCAGGCCTGAAGCCGGCATCCAGCCTGCCACCCTCGAGCTGTTTAACATGCCGTCCGTCACCTGCCGTGCTCTGAAGAGTGTCATGAGGGCAACCCTCCAAATATCTGCTTCTACTCATGCTTTAaagtatgagagagagagctggGTGTGTACGAGCGACTACTTTTAATACTGTTTTTGAATGTGAGGATGATTTCAATTccacatcatttgaaaaatagaCTTAAACATAAACGCTGGATGCTAAAATTGTTATAAATTGGTCTAAAAATTGATAaaagaaattatataaaatagatagacagacagaaagacagaccgATTTTAATTTAGATGTGATTAAATTCAGTTAATCTTTTGGCAGcactaataaattaattaaaaaataatataaattaatagtaattaattaaaactaaaataacacaaaaataggTATGCATTAGACAGtagaattgaattaataaaactaGACAATCTGTAAAGAttgtcaacaacaaaaacaacaataaaaatccTTCAAgatcaaattaataatatttgagttttggtctagcatttttttttacagtattttttatctttttagtccatccaactaaataaaaaaaaattatataaaaaaataaaaataactacatttttagtggattttaaacatgcattaaataaataaaacattcattaaaaaataatatacatttaaacatgaataaaataaaacaaaacatgcattacataaataaaataaatgtaaacatgaataaaataaaacatgcattacataaataaaataaatgtaaacatgaataaaataaaacatgcattaaataaataaaataaatgtaaacatgaataaaataaaacaaaacatgcattacataaataaaataaatgtaaacatgaataaaataaaacatg

Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00058104 lncRNA downstream 140 11753630 ~ 11754856 (-) True XLOC_028578
TCONS_00058103 lncRNA downstream 62797 11610718 ~ 11692199 (-) True XLOC_028576
TCONS_00058102 lncRNA downstream 63380 11610718 ~ 11691616 (-) False XLOC_028576
TCONS_00058101 lncRNA downstream 64384 11610718 ~ 11690612 (-) False XLOC_028576
TCONS_00055435 lncRNA downstream 117604 11610718 ~ 11637392 (-) False XLOC_028576
TCONS_00058106 lncRNA upstream 240 11758282 ~ 11768254 (-) False XLOC_028580
TCONS_00055438 lncRNA upstream 240 11758282 ~ 11768254 (-) False XLOC_028580
TCONS_00058107 lncRNA upstream 240 11758282 ~ 11780662 (-) False XLOC_028580
TCONS_00058108 lncRNA upstream 240 11758282 ~ 11780722 (-) False XLOC_028580
TCONS_00058109 lncRNA upstream 240 11758282 ~ 11780736 (-) False XLOC_028580
TCONS_00055436 mRNA downstream 3959 11732156 ~ 11751037 (-) False XLOC_028577
TCONS_00055437 mRNA downstream 17057 11734362 ~ 11737939 (-) True XLOC_028577
TCONS_00055431 mRNA downstream 151847 11577909 ~ 11603149 (-) True XLOC_028573
TCONS_00055428 mRNA downstream 160794 11573568 ~ 11594202 (-) False XLOC_028573
TCONS_00055427 mRNA downstream 174048 11573568 ~ 11580948 (-) False XLOC_028573
TCONS_00055442 mRNA upstream 46633 11804675 ~ 11810799 (-) False XLOC_028581
TCONS_00055443 mRNA upstream 51095 11809137 ~ 11810365 (-) True XLOC_028581
TCONS_00055444 mRNA upstream 55736 11813778 ~ 12007404 (-) True XLOC_028582
TCONS_00055445 mRNA upstream 275831 12033873 ~ 12040345 (-) False XLOC_028583
TCONS_00055447 mRNA upstream 276791 12034833 ~ 12040322 (-) True XLOC_028583
TCONS_00055433 other downstream 146713 11608196 ~ 11608283 (-) True XLOC_028575
TCONS_00055432 other downstream 148141 11606758 ~ 11606855 (-) True XLOC_028574
TCONS_00055389 other downstream 1093319 10661561 ~ 10661677 (-) True XLOC_028553
TCONS_00055328 other downstream 3167088 8587787 ~ 8587908 (-) True XLOC_028518
TCONS_00055327 other downstream 3613530 8141349 ~ 8141466 (-) True XLOC_028515
TCONS_00055457 other upstream 517072 12275114 ~ 12286066 (-) True XLOC_028592
TCONS_00055464 other upstream 655377 12413419 ~ 12433016 (-) True XLOC_028596
TCONS_00055465 other upstream 837638 12595680 ~ 12595804 (-) True XLOC_028597
TCONS_00055473 other upstream 1019667 12777709 ~ 12781135 (-) True XLOC_028602
TCONS_00055491 other upstream 1148939 12906981 ~ 12914170 (-) True XLOC_028606

Expression Profile

//