RNA id: XM_021590052.2


Basic Information

Item Value
RNA id XM_021590052.2
length 7587
RNA type mRNA
GC content 0.44
exon number 18
gene id tfr1a
representative False

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_048592.1
NCBI id CM023246.2
chromosome length 43716683
location 35782149 ~ 35813447 (-)
genome version USDA_OmykA_1.1_2020_rainbow_trout_Genome
species rainbow trout
(Oncorhynchus mykiss)

Sequence

TCTGTAGCTACTCTCAGCACATGACTTCTGAGAAGCTACCATGGACCACGCAAGGTCGACAATATCCAAAATTTTCAATGGAGAGCCTCGCTCATACACGCGCTTCAACCTGACGCAGAACATGGAGGGTGAGAACAGCCAGGTGGAGATGAAGCTGTCGTCCGACATGGACGAGGAGGTGGGCGGCAATGGCGTGGGGGAGGACCACAACCATGCCAAGGAACCCTATGTGGTACACAGGCCGGCCGGGCGCACGCCCAAGAGCGTCTGCTTCATGGTGGCCACCGTActcctcatcttcatcatcaGCTATCTGATTGGCTACCTGTCCCATCGGAAGAAAGAGTTGGCTCCTCCCAGCTGCTCTAGGTCCACCTTTGAAGAATCCATTACCCAGGGTTCCGTTAAGATGGAGGCGGACCCTGTCATGGACTGGAATGACGTGAAGAGACTGCTGGATGAGAAGATGAGTGCCTCCAGCTTCGAGAGCGCCTTCAGtGAGTTTGCTAGTGAAAGCCATCAGGCAGGCTCTGCTGGAGACACTGTGCTGGCCAAGAAGGTGCTGGGAAGATTCAAAGACTATGGCATGTATACGTGGACAGACGAGCACTATGTCAAGCTTGTGGATCCCCCTGCATCTGGCTCCAACATGGTGACCTTCAAAGGGTCTGACCTTGGAACACTGAGGGGATATCTGGCCTACAGCAAAACTGGAACAGCAAAGGGCGCAGTACTTTACGGCAACTACGGCCAGATGGACGACCTGAGGAAACTGCAGGATAAGAACATTGCCTTGGACGGGAGGGTCCTTCTGGTCAGATCTGGAAAAATAAGCTTTGCTGAGAAGGTGGCCAACGCAGCCAAGCTGAATGCCTCTGCTGTTCTCATCTACCCTGCTGACGACAGAAGGATCGGAGGTTCCACTCAGCTCTTTGGCCATGTCCATCTTGGCTCTGGCGACCCTTACACCCCCGGGTTCCCCTCCTTCAACCATACCCAGTTTCCCCCTGTCCAGTCCTCAGGCCTCCCCAGCATCCTGGCCCAGACCATCACAGTCGACATGGCCACCACTATCACGAGGGAAATGGAAGGGAAAAGCGCCCCTACAGGTTGGGGAGGGGTAGGAAAACTGGGAGATAATGACGATATGGTCACGGTGGAGGTCAACAACGTCCTGGCTGAGAAGTTGATCGTCAACGTGTTTGGAGTCATCAAAGGCTTTGTGGACCCAGATCGTTTTGTGGTTATGGGTGCTCAGAGGGATGCCTGGGGTCCAGGCTTCGCCAGCTCCACAGTGGGCACCAGTGTGTTGGTGGAGTTGGCCCGCACCATCTCAGACATGGTGAAAAATGATGGCTTCAAGCCCAGGAGGAGCATCGTTTTTGCCAGCTGGAGTGCTGGAGAGTATGGGAGTGTTGGCGCCACCGAGTGGTTGGAGGGTTATTTGTCTTCTCTGAACATGAAAGCCTTCTCTTACATCAACCTGGATGGAGTTGTAACAGGTTTCCCAACATTCAAAGCCTCGGCCAGCCCTTTAATGAACACACTCATCCAGAGAACGCTGCGGGAGGTGAACACTCTCAGTGACTCCGGTACACTCTACTCTGCAGTCTCCGGGCTCAACTGGGAGGCAGCAGTCATGGAGCCTCTGAGGCTAAATGATCCCGTTTATCCCTTCATCACCTTCTCCGGCATCCCATCGGTCTCATTCCGTTTCACCACAGAGGGTGAGGAATACCCATACCTCGGGACACTGGATGATACACGCGAAAAGCTGTATGGTGCCACGTCCAACCAGGTAGCCAAGCTGGCGGTGTCCGCAGGGCAGTTTGCCGGGAGAATAGCCCTGCGGCTGGTCCACGACCACCTGCTGCACCTGGATGTGGAGAAATACACCCGCCAGATCCGCACCCATGTGTTCGCCATTAACTCCAAGATCAAAAAAGTGCAGAGTATGCATCCCCAGCTGTTGCCTAAGTCGCTGTCTGTCCAGTGGCTGATGTCTGCGACGGGCTCCTACAGCCGAGCCGCCAGTAGCCTGGCCACTGAAATCGATAATAGTAACCTGGAGGACGCAGAGCTGTGCCGGAACATCAACGACCGCATCATGAGTGTGGAGAGGGACTTCCTGTCCCCATACGTGTCTCCCAGAGAGTCCCCGTTCCGCCACATCCTGGTGGGCTCCGGCTCCCACACCCTGAAGGCTCTGTCAGACCACCTGGACGCCCTGCAGATTGACCACTCAGACGCCAACGCTGATCTGTTCCGGATTCAGTTTGCTTTGGCAACCTGGACCATCCAGGGCTGCGCCAACTCACTGGCGGGGGAAGTCTGGTCCACAGATAACATGATCTAAGCCGGTCTCGACATGTCCTATTAAACAAAACACCCAATATAGCCATCGCTCAAGGCACCCTCAGTTAGGCTCAACCATTCAGGAAAATTAAATGGAAGTGTTCTGTATCGATATCAATAACTCAACCTCCTTTTTTTTTCATATGCATTGCAACTCATCAGTACGATATGATGTACTTTATCTTCCGCACAAGGCCCCCAAAAAATAACACTTCAATTCAACTGCCTTAAATTTCACTTGTTTGTGAAATTAGTGAAAAGCCATTTATCACTCTTGCGAGGAAAAAAAAACTGAATTGCATTTCTTAACGCCATATTTGAATTTATATTGGTGCTAAATACGAATGACTAATGGCCTACAAATGTCACAGTACTTACTAGTATGGCAATAACGCAGTTTTGGCCCAATATCCAAGGTCACAAACACCTAAATTGTGTGTGTAAACTCAAGAGGTACTTTGCGATTACAACAGAAAGGTTATTATGGTACTATTACCACCCATgaacaaaatcacaaaaaaaaaaattgtacaatCCGAGACCGCTGTTATTTCTACACTGTTTCTTTACATTGGATTCAAACCTGGGCTGTTTTTTTTATAGAGATTAAGGTGCTGAAAACTTTAGAACGAGACCTGGTCTGAGAGCTGTTGCCAAATGGGTTTAAATGTACATTCAGTTCAGAAAGTAACACAGAATAGATCGTTATCAATAAAAGGTCACTATTGGATTTGCCTGCTTGGCGGCGAGGAGACCACCGCTCTGCTAAAACCAGGGGATTGTTAAATCAATTTTTAACTATTTGGTTGTAATATAATCCCCCTCCTTGAAGAGCATAGTCAGAACTTACAAAtgtatgattttttttcttctccccctTGCAAACAACTGAGCACTTTTTAACTCTGTTTTCATACAGCATGTAACCAACCGCatgcttttcatgatcagtaaacgTAATTTCAGATACGTGAGAGCAAGCCTCTCAACATCCCTCAATATTGGCCACCATTAATTGGATATTTTAAGTGCTAAAAAAAGTTAACCACTCATTCTTGTCAGGTTGTTAAGGTTAATTTCCCCATCTTTTGTGGGCTCTGCTTGTCAAGCAGCAGAAGGGTACATTTGCAGATGTAATGTTTACGTTGCAAGCTACCGATCGGAAGTTTGTAGTTggctatgtatgtatgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtttcctaaaGCCTAATCTCTGATGAAGCAAGCTGAATGagttttagctagctacatgccaaATGGCTAGTCTACCTTCCCTAAATAACATGATACATGGATGTTTACTTACAATGAAAAAGCATGCAGTGACTGCTAAATGTGCAATAATCAGAAATGTGGTGTTCTGACTATGCTCTTCAAGAAGTGATGATATTAAAAACATAAATAGTTATAATATTGATTTAACAATTCCCTTAAACGGCACATATAGTTAATGGTTTTAACGACGCTGCAGTCAAATCGAATGCTTCGCCACATTTGACACACTATTGATAACGACCTGTTGACCTGACCCTTCACTGAGCCCTGCCTGCCTTGGTTACTGTTGCCACCGGGAAGCCCAATTCTCCATTCAACCACTGGTGAAATCTCCTCACAGTGATCTCAAACCGTGTTTTCGAATACACAATGAAATTAGACAGACTGACTGTGACTACCCCTTGCTAATCAGGAAGCTCTTGGGTATGTTGTGGTTGCCTGCCATTACAATTGCTTCAGGGGGAACCTGGTAAAAAAAATTGTTTGTACTTTAGCTAGCCACTGAATGGCTCTGAAATCATTGTCGGCATGCAGTTAAAGCTATAACCACTTTTGGCGCTAACTAGTGCCCTCAAACCATATCCTGATGTCGACAGCAGTATAAGCTAAAAACCAAGCTGGCTAGCTAAAACAATTTAGCTAGCGTTAGCAAGCTTGGTGGTCAGCGACAGAGCTAGCTAAACTAGCAAACAAAATGTTATATAatttgggataaaaaaaaaatactccaACAGGGTCTATATTTCAGGAATCACAGTAGCAAGTATTCCTGGTGCATATTTCAAATATTTATCCATTTGAATAAAGTttgaaaaactttttttttagcCTTAGATGGGTTGGCGTGGCTTAGCGACGGGTCATTTGAACCATGTAAAGCGAGACCATCTAACCTAGTTACTGATGTTCAGTTGTCCTGAGACCTAAAGGCTAAATAAAGCCCTTTGTTTTTTTTACGCCTCAAGCAACATGTACCTTACACCACGCTTGTGAGCTCTTTCGAAATGGCCTCCTGCTGACATGAATACAATAGCGAGGACTTTTAAAACCTGGGGCGAAAGGGTCTTCACCACATGTCACTGAAAAGGTCTATTTATTTCCTTGTTTATTTATCAGTGACAGGGTTCACTATAAATGGTGTGTTTTTTTAAAACTACTTTTTAAACATGTATAATTATCGGGAGCAGTGTCTTCCATAATTATGACAGTAATACTGTCGAAATGACAAAGCAGCATCTGCTATGGAAGTGTACCTGTCAGACCGACTAACCCATACTAGAGACCAGCCCATACAGAGACCAGTCCATTCAGTCACCTACTTCACAACCGACTGCAGGTTCTGCGAGTTAGCCGTTAA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Function

GO: NA

KEGG: NA

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TU2438703 lncRNA downstream 3543 35778353 ~ 35778606 (-) True G2132798
TU2438699 lncRNA downstream 6799 35774336 ~ 35775350 (-) True G2132794
TU2438697 lncRNA downstream 8221 35773598 ~ 35773928 (-) True G2132793
TU2438689 lncRNA downstream 10541 35771108 ~ 35771608 (-) True G2132788
TU2438688 lncRNA downstream 11917 35770018 ~ 35770232 (-) True G2132787
TU2438717 lncRNA upstream 7703 35819775 ~ 35820085 (-) True G2132812
TU2438730 lncRNA upstream 32294 35844366 ~ 35844638 (-) True G2132824
TU2438731 lncRNA upstream 33968 35846040 ~ 35846366 (-) True G2132825
TU2438733 lncRNA upstream 36166 35848238 ~ 35848523 (-) True G2132827
TU2438696 lncRNA upstream 38410 35850482 ~ 35852434 (-) True G2132792
XM_036966285.1 mRNA downstream 1749 35663916 ~ 35780400 (-) False LOC110508241
XM_036966286.1 mRNA downstream 18580 35663916 ~ 35763569 (-) False LOC110508241
XM_036966282.1 mRNA downstream 45033 35663916 ~ 35737116 (-) False LOC110508241
XM_036966284.1 mRNA downstream 60764 35663916 ~ 35721385 (-) False LOC110508241
XM_021590047.2 mRNA downstream 206168 35516740 ~ 35575981 (-) False LOC110509088
XM_036966684.1 mRNA upstream 21911 35833983 ~ 35841991 (-) False LOC110509089
XM_036966685.1 mRNA upstream 21911 35833983 ~ 35842022 (-) True LOC110509089
XM_036966073.1 mRNA upstream 58084 35870156 ~ 35925783 (-) False LOC110509091
XM_021590059.2 mRNA upstream 190781 36002853 ~ 36013047 (-) False rpp40
XM_021590060.2 mRNA upstream 190781 36002853 ~ 36013047 (-) True rpp40
TU2437347 other downstream 1264020 34516522 ~ 34518129 (-) False G2131641
TU2437349 other downstream 1264020 34516522 ~ 34518129 (-) True G2131641
TU2437325 other downstream 1295973 34485869 ~ 34486176 (-) True G2131621
TU2436347 other downstream 1723879 34044690 ~ 34058270 (-) True LOC110509052
TU2436338 other downstream 1739584 34041569 ~ 34042565 (-) False LOC110509052
TU2438804 other upstream 193417 36005489 ~ 36017832 (-) False lyrm4
TU2438803 other upstream 203990 36016062 ~ 36017832 (-) True lyrm4
TU2438849 other upstream 211708 36023780 ~ 36025201 (-) False LOC118944844
TU2438850 other upstream 211718 36023790 ~ 36025201 (-) True LOC118944844
TU2438948 other upstream 412141 36224213 ~ 36225379 (-) True G2132971

Expression Profile