RNA id: TCONS_00055604


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00055604
length 4821
RNA type mRNA
GC content 0.35
exon number 5
gene id XLOC_028682
representative False

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007115.7
NCBI id CM002888.2
chromosome length 78093715
location 16631483 ~ 16644708 (-)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

atgtTTGGCTTTCACAAGCCGAAGATGTACCGCAGCCTTGATGGATGCTGCATCTGCAGGGCAAAATCCTCCAGCTCTCGCTTCACCGACAGCAAACGCTATGAGAGAGACTTTCAGAGCTGCTTTGGTTTAAGCGAGACTCGCTCTGGTGAAATCTGCAACGCTTGTGTCCTGCTGGTGAAACGCTGGAAGAAGCTGCCTGTCGGATCCAAGAAGAACTGGAATCACGTGGTTGATGCTCGAGGGGGACCCAGTCTGAAAACAACAGTGAAGTCAAAGAAAGTCAAATCCCTGTCCAGACGGATCCGACCGAGCCAGATCAGCAGAGTTCAGAAAGAACTCAAGAGACACAATTCAGACGCTCACAGCACCACCTCCAGTGCAAGCCCCGCCCAGTCACCCAGCTACAGTAACCAATCGGATGAAGGCTCTGACTCTGAGTTGACTCCCGGCTCTGCCCGCTCTCCAGTCTTCTCATTTCTAGACCTCACATACTGGAAGAGGCAGCGGGTGTGTTGCGGCATCATCTACAAAGGTCGTTTCGGGGAGGTTCTGATCGACCCGCATCTCTACAAACCCTGCTGCCAGAAAAAACAAGAGCAGGAgcaagaggaagaagaagaagaggaggaggaggacgaggaTGATGGAGAACTGGAGAAAGAGGAAGTGCCGAGCAGTCAGGAAATCCAGCCGCCACAAATCAAAATAGAGCAGGAAGTGGACGAGGAGTGGTGATGCCGCCTTGTTAGGGTACTGACTTGGCATTCTTAGGAAGCCTTGGAGAGTCCGACACTCTCAAAGACGTTCTCTCAGATTGCCTTTCAATTCAAGAGCAGCTGGATCTTTTTCTCTCCGtcttttcctctttctttcttttttatttccagcctttatttattaaactgaactGGCTTCGTTGTTTTCCGGAGTCTGGTACCATGTTATTCCAGTTCAGATTGAGTTCTTCTGTAGACATGaggaatttgtttgtttgttttgcgaTCCCACTCAAACACAGAATGCTGGATTTACGTACATCTTGCATAGAAATGTGGAGAATAGACTTGGACAGTGAACACAATCCTACACTGTCACTTTTGTAGCGGCGAGCACCACTGTGCACTTCTTCTAGGCACTTCCTCTGCAGCATTTAGCTGATGTTCCACCATTTCTGCTGGGATGTATAGCCAATATTTAgggaatcttttttttctttttctgtgtgtatgtgagaCGAGGTTATGTTTAAAGGGACAGGTcaccttaaaattgtttattgcaaacactttttgaaaaaaaacaaagtgaTTATTGTCAAAATTATGTTGTAAACCAGAAACAGAATGATGTAGAGgagattaaataataattttgaggtgaactgtcactttaattccTAATTTTGGCTCAGTCTGCCTGTATTCAGCAACAAACTCAACTCCTCTCCTAGTGTTTTACTACAAATGTTTCTCCAGACAGCGTTTCTCTATGGAGTCAGATCAGTCTCAGGAATAATgcatttaccaaataaaattcatacacgcacagcacaattcataaataacaataacaattcaTGAATGCACAAATCCAAATGATAATTTCAATAATGCAAACATTTAAGAAGAATATTTGTTATACATAAATGTATAAACGTAGGTGAGATGCATTTGAaatatattagatttttacttgtgaatttatgaaatggatttgcgcatttatgaattgtgttctggattaatgaattggatttgcaagttaataaattgtgttttaaatttacgaattggatttgcgcatttatgaattgtgttttggatttacgaattggatttgtgggttaataaattgtgttttaaatttacaaattggatttgtgcatttatgaattgtgtttcggatttccgaattggatttgcgcgttaataaattgtgttttggatttacgaattggatttgcgcgttgatatattgtgttttaaatttacaaattggatttgcgcatttatgaattatgttttggatttacgaattggatttgcgcatttataaaTTTGTGTTTTGGATTTACGAACTGAATTTGCtcatttatgaattgtattttaaatttacgaattgaatttgcgcatttatgaattgtgttttaaatttacgaattgaatttgcgcatttatgaattgtattttaaatttacgaattgaatttgcgcatttatgaattgtgttttaaatttacgaattgaatttgcgcatttataaattgtgttttaaatttacgaaatgaatttgctcatttatgaattgtattttaaatttacgaattgaatttgcgcatttatgaattgtgttttaaatttacgaattgaatttgcacatttatgaattgtgttttggatttacgaattggatttgcgcatttataaattgtgttttaaatttacgaattgaatttgcacatttatgaattgtgttttggatttacgaattggatttgcgcatttataaattgtgttttaaatttacgaattgaatttgcacatttatgaattgtgttttggatttacgaattggatttgctcatttataaattgtgttttaaatttacgaattggatttgctcatttataaattgtgttttaaatttgcgcatttatgaattgtctTTTGGATTTcctaattggatttgcgcattaatgaattgtgttttaaatttacgaattagatttgcgcatttatgaattgtgttttgaatttatgaattagatttgcacatttattaacgaatagttttttttttttatgtgaattgtgttgtgcgCGTGTTAATTTTATTTccgtaaatgtattattattgagaCTGATCTGGGTCCATATTTCTCTGGTGCTGAGGCAGACTGGGCACGGCCAACCAAAAATAATGCCTGGTTATCAACACTCTTGTATTCAGTGTATTAATGTAAATATCCAAAAAGTGTAGATTTGAGGTATTTGGAAGAGATCAGCGTCGAGCATGAAGGAAACTATTGTCTTGATGAAAATCTGCATGACATTTGCATGGaagattttatttctttatgcAACCATGTTGCAGCGATAACAATTTGGGCACATTTTGAGACGGTCCCAATATATTTTTGTAGATAATTcaagaaaagaacaaaaatgaaaattggctGCTGTTTAATGAATACAGGGGTTTAATTCTTATTAAGAATTGGATATTTTCAATATTGTCTCATTGAAAGCCAAAAAGCCCAATGATTTTTTGCTATTCCTCTTATATACTTGTTCATATACCTCTATCTCTTCCTCCTTGCCTTTTGTAAATACAGTATTCTTGTAATGACTTCTTTTTTAGTGTCATGAAAGATTTGAGCACATgttcttatttaatttaattttatttctccttttttttccaGGGAAAACTTTTTCAGATACCGAAAAGCTGAACCAATGTACATTTTCATTATAAGCTTTCATATATAAGGAGTATTCATGCGTTTTCCCCTATATGGTCTGTCCTGCCtttataattgtattgtttatgaTAGCCTTGGCTGTcttggattgtaaaaaaaaatgttgaagcaCACATACTTCTGTTTGATTCCAGGGGGTGGCGCTAGAGAGCttcgtttaaaaaaataacactcGATTGCACATTAATTTGAATTCTGTCTTATTTAATATCTGCTCAGTTTTGAAATGGGTATTTTGATGGTGGCAGCTTGTGGTTTAAGTGTGAATATGCCAGATCACAGAATGACATGAATGAAATTTGTGGAGACATCTGTTCAGGTGAAGCAGCTACACGGGGAAATGGTGTCATCTCTATGACGGCGTTATTTGTAAATATAAGATATGTAAGACTGAACAATGGCTATTTTGAATACTctttttgtcttatttatttcatatttatttgtcttgtggtctttttttctttttaaaactcaTCAGAGTTTGTCGTACAGGGCTGACTTGTCCTTACAACACTGCAATACGGACGGACTGAAATGCTTTCACACCGACGGTATGCCGAAATTCACTAAATATTATGGAGAACTTCAGGACTGGACAGCTGTTAAacacgtttgtgtgtgtgcgcgcgcgtgtgtgtgtgtgtgtttgctaagTATAGCTattttatttgactatttttatacttttgtttGAGGGTTTCTATTGCCCGAATCCCTTTGCTTAGACTAGTCCTTTAGTTGTAGTGCTACAGGCATGTATCGTAGCTATGCACTTTGTATTCACATTACTAGAGATATATGAAGcaggttttgtatttttttacatattgtaCTTTTTACTTGTTCCTCAATAAATGTAACTTGTGATGATTGCACTTGTTATGAGCATATATTTGTAacttacacagtatttaactttaatattaactgtattttactgtacactctaaaaacaaatgctgggttccacacatttcatgttgtttcaacacaaatcgattaagtttttacaattttaaatggattgaacttaaaataaTGAAGTTGTCCCATTAACAActtaagagttgtgttgtttcaactcaatttttatgtcattttcagttatgcagtatgttactgtgttttaaagttgcatagtgaaaattactgtatattttacagtaaagatatacattcAACTCTGTAAATACTTATACTGCAAGATAAATGGTGTTGTAAATActtatttacagtaagttacttgcAAACTGCTGCCAGTAGGTTTCTCTAGATTCTACTGGATTGCTAAAAGTGTGCTGTCAAACAAATGCATTGCATTTAATATAAAC

Function

GO:

id name namespace
GO:0030336 negative regulation of cell migration biological_process
GO:0016580 Sin3 complex cellular_component

KEGG: NA

ZFIN:

id description
ZDB-GENE-041210-166 Predicted to be involved in negative regulation of cell migration. Predicted to be part of Sin3 complex. Orthologous to human SINHCAF (SIN3-HDAC complex associated factor).

Ensembl:

ensembl_id ENSDART00000180605

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00057346 lncRNA downstream 188430 16439748 ~ 16443053 (-) False XLOC_028678
TCONS_00057345 lncRNA downstream 188430 16439748 ~ 16443053 (-) True XLOC_028678
TCONS_00058173 lncRNA downstream 188910 16411878 ~ 16442573 (-) False XLOC_028678
TCONS_00055592 lncRNA downstream 297651 16325613 ~ 16333832 (-) True XLOC_028675
TCONS_00055590 lncRNA downstream 308901 16320607 ~ 16322582 (-) False XLOC_028675
TCONS_00058174 lncRNA upstream 121963 16763705 ~ 16768876 (-) False XLOC_028684
TCONS_00058175 lncRNA upstream 121963 16763705 ~ 16769120 (-) False XLOC_028684
TCONS_00058176 lncRNA upstream 121963 16763705 ~ 16777643 (-) False XLOC_028684
TCONS_00058177 lncRNA upstream 121963 16763705 ~ 16777689 (-) False XLOC_028684
TCONS_00058178 lncRNA upstream 131268 16773010 ~ 16777647 (-) False XLOC_028684
TCONS_00055603 mRNA downstream 2681 16615027 ~ 16628802 (-) True XLOC_028681
TCONS_00055602 mRNA downstream 2682 16615026 ~ 16628801 (-) False XLOC_028681
TCONS_00055601 mRNA downstream 86398 16536173 ~ 16545085 (-) True XLOC_028680
TCONS_00055600 mRNA downstream 180108 16447485 ~ 16451375 (-) False XLOC_028679
TCONS_00055599 mRNA downstream 180108 16447485 ~ 16451375 (-) True XLOC_028679
TCONS_00055606 mRNA upstream 7800 16649542 ~ 16706941 (-) False XLOC_028683
TCONS_00055607 mRNA upstream 7800 16649542 ~ 16706978 (-) False XLOC_028683
TCONS_00055608 mRNA upstream 9232 16650974 ~ 16706776 (-) False XLOC_028683
TCONS_00055609 mRNA upstream 12676 16654418 ~ 16658514 (-) False XLOC_028683
TCONS_00055610 mRNA upstream 38718 16680460 ~ 16706978 (-) True XLOC_028683
TCONS_00055587 other downstream 417943 16213424 ~ 16213540 (-) True XLOC_028672
TCONS_00055582 other downstream 623316 16003900 ~ 16008167 (-) False XLOC_028666
TCONS_00055578 other downstream 871810 15757435 ~ 15759673 (-) False XLOC_028663
TCONS_00055559 other downstream 1886792 14744576 ~ 14744691 (-) True XLOC_028647
TCONS_00055550 other downstream 2186708 14437242 ~ 14444775 (-) True XLOC_028642
TCONS_00055632 other upstream 615618 17257360 ~ 17260959 (-) False XLOC_028692
TCONS_00055646 other upstream 1085644 17727386 ~ 17740785 (-) False XLOC_028701
TCONS_00055647 other upstream 1094701 17736443 ~ 17737812 (-) True XLOC_028702
TCONS_00055657 other upstream 1274190 17915932 ~ 17949318 (-) False XLOC_028708
TCONS_00055658 other upstream 1357775 17999517 ~ 18038547 (-) False XLOC_028708

Expression Profile

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