RNA id: TCONS_00055707


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00055707
length 5389
RNA type mRNA
GC content 0.38
exon number 14
gene id XLOC_028737
representative False

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007115.7
NCBI id CM002888.2
chromosome length 78093715
location 19903784 ~ 19921410 (-)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

TTGGGACAAGGAGACGTGAGCCCGGGGGAATATCAGCCATGTTGACACCATGGAgattgttcctctgccagatggCACTGAACATATTCTATCACATCGCAAAAGCCAGTTTATGCCTTGGTGGTCAGGATATATTTGCCACGGTCAGAGAGAACAGTCCCACTGGAGAGTTCATAGCCAACCTCAGTATAAACGGAGACCCTGCAGGAGCCAGCAGCATCCGGCTCTGTCTCACAGGTGAAAATGCAGACTGGTTTTACCTTGAAGGCCGAACAATCCGACTCAACTCTTCGTTTTCAAGGGCCTTGGATCGAGAGGTTTTGGGGTCCGTCCTGATAGCTGCATTGACATGTtatgaaaatgaaattataagGGGTCGATATCGAATCATGGTGGAGATACTGAACGAAAACGACAACATGCCACATTTCATTGAAGACACCATTCAACCACGATATATAAGTGAGCTGCTGTCTGTAAACTCGATGGTGTTCACAGTGAAAGCCAGAGATGTCGATGGAGACACCATCACTTACATGGTCGACAAATCTACAACTGATGCCAGCTATTTTAGGATCGATCTGCCTAACAGCGGGATGGTGATCCTGGATAAACCTTTGGACTATGAGACTAAAACTCAGCTGCAGGTGGTCATCTATGCTGTGGAAACAAGTACAAAAGAGAAGTACAGCACAACAGCCACCGTCACTGTGAACGTCCTAGACGGTGATGACCAGTATCCACAGTTTCAACCATGTGCACCTGTTTATGAAGACGGAGATCATAATATTTGCACCAACCCTGTGTACAGTGTCAACATCACGGAAACGGATGAGGATGCTGTGCTTTATTTTTCTCCGGGTCCCATTCTTGCTGAAGACGGAGACAAGAACATACTGACCCCTCTAGTCTACAGCATTCTGTCAGGTGATGATAATGGCAGGTTTACAATCGACTCGAAAACAGGAGAGATCACTCTACGGCACCGTGTGGAAAACAGACTCCTCACCCCTTCATTTAGGCTCCGAATAATGGCTGCGCAGGTTAATGACCCTAAGAAGTATTCGGTGGCGACGGCACTGATACATGTGTTGTCAGAGAACAGATTTCCTCCATTCTTCAACAAGACCGTCTATAAAGGGTTCCTCATCGAGAGCTCGAGTCCTGCTACACTGGTCACTACCTACGGGAACCAAGTCCTACTGGTCCAGGCCATCGACAGAGACTTCAGAGATGGAATTAACCCCAAATTACGTTATACAATGCAGCCCTTGACAGGTAGCAGTAAACTGTATCACATAACCCAGGATGGCATCGTGATTGCTAAGACAGATCGGCTCAGAGCATTTGACCGACACATCCTAGAGGTTATTGCAACAGATGAAGAGTCAGGCGAGGCAGCCCATGCTTCGGTAGACATTGAAGTTTTGCAGAGAGGACAACCAGTTCCCAGAAGTCCATTTGGAGAGGAGCGACTGTTTGGAGATATGCATGCTGGGATGGCCGGTGGCATCGCTGCCGTTGTTTTCATAGTGGCTGTGTTGGCCCTGTTTCTCTTCCTCTGGCTGGCCAAGAGGCGAAGAGAGAGGCGGGATCCAGTGGAAAGGGGTGCTGTAGCTCTTGGGAAGCACCCAAATGTGGAGGCATCAGCACCCATCTCTCCTCGCCAGGTGTCGTAAGACTTTTGTGGAAGTGTTTTTCCAGGAACACCGGCGGTAAGACATCTGTACCATGCAGGAACAAGAGACGAACAATCAGTTTCCCCACACAAATCTGTGAAGACATTTTATGTTAGTCTGGAAGTTTGTTTTGTGGAAGTTCTGTCATCAAGGCAGCTCATATGTTGTCCTGCTCCTGAAGAAATCTttgggagattttttttttttttttttgagaacttTGAACTCAAATTGGATATATATAATACAAGTCTATTTcatgtcaaaaccttgacttcCAATTGACATGCACACATGGATGCCCCTTTGACCatggaaaaacaacaaaaatgaattataatataaaaaagtaatttatcttaaattccaaattatgtttacacTAGATTTTGTATTcatacaatgcatgtaaactaccttgatgtccaaATGACaccaaattgacatctaacattggcatcAAAGAACACTTTCACAGTTCAATTACAAGACAGTCCAGTGCTAGATGTCAGTTggatgtcgttttgacatcaaggtagtcaattgGCATCAATTGGATctacatttttaatatgtttttgacatattttattatgtcattttgaaatgaaggTGCCTGCGGGGCaggtttctttttaaaatcatgtcCTTCAAAGCCACTATAAAAGTTTAATGAAAGAAGCCTAAGCAAGACTACATTTAGAAAATCAAAAACACAGTGCAAAtagtaatattacatttttaaataacagttttctcCTTTGATAACCTTTAAAATGCTTTGTTTCTATAATGACAAAGCTGGATTTTCAGCAGTCATTACATTAGTctttacatactgtatatgatCATTCAGATTCAGAAATCattatatgctgatttggtgctcaagaaacatttcttatcaCAAATCAAAGTTACACGAACAGTTGTGCTACTTAATATGTTTGTGAAACTTTTTTACAGGATTCTTTAATAGATATAAAGTTCAGaagaacaattatttaaaatattttgcaacatTAAGTGTTTTATTGTTATTCTTGATTTGTTTAATGTGTCTGTTTTATCTATTAGTAAATCCAGCACACTCTTTATTTAGAGGCTAACATCGGATAACCAAAATACTCCTTGCTAGTTATAAAGATTCTCTGTAAAacaacaatgtaaacaaacaattttaaagaaaatttcaCAACTGTTAGAATTACTCAGCCTCATGTTTTTTCTGATGTCAATTTGTATAGTTCTTACTTCTTTCCGGGGTCTTAGGTAGCTCACTCCATATTTTTAGAAACCAAAGTAGCAATCACATATTTATATCTAGGCTTGTTGCTGTCTTATAAAGTGTAAACACAAGATGGCGCCGTAAGACCATTATCCTTTTGTTGCAACACACCAGTAACGTCACTTTAGAGTGTGATTTCATCAAGTAGGCAACAATCGCCAGATATTGAATAAAGATGTAGAATGGAGTACAGGGCAGATAAATACTGCATTTTCCAAAAGATCGTAATGAGTTTGTATttgggcgtcacagtggcacagtgggaacatcacagcaagaaggtcgctgattctaGCCTCAGctgcctcagttggcgtttttgtgtggagtttgcaagtccAAAAGCGTTGTGAATAAGGTACATGTAAgataaactgtccatagtgtatgtgtgggaatgagtgtgtatgggtgtttcctagtgttggtttgcagctggaagggcatcctttgcGTATAAAACATAttgttgacggttcattccgctgtggccaccccagattaacgaagggactaaaccgaaataaaaaatgaatgaatgagtttatacTTGTTAAACAACACTTGAGTACTGTAAATTATTTTCTGTGTTATACATAATGTTTACATAATTTAAGGAGTTTAGGAGCTTAAGTGTCAGAGGACAGAGGACTCCAGTAAGGGGCTtgtactaaattaaaataaaattttaaataaatatattttgtcaaTTATAATGTTCTTTACTGAACGTTATTCGGTTGAAAGTTTGCCAGACACCATATAGTTGAAGTTGTTTTATTAGACAAACGTctggaaaaaatacaaatatattcatGAAATACATGCAGCAATTCAGACTTTTtctacaaaaataatttaaataggtGACAAAATAATATCATATAGGGTAAAAATGATTAGTTACTTATAAAAGGTTAGTAACATGTTGacttaaatttattaaacaaagcaGAAACAAAATAAGAATCAACTTAATAGATCCAAGTaacaactggtttactcactttttaaagtaaaattagtAATCACTTTGTACAGTAAGTGTGATAAATATTCATCACTTTTCTTCTCATAATTGTGAGTCTATATTTTTGTAAGTTCAGAGTTTTGTGGAAAAAAGTCAAAAGTGCAAAATATAAACTTGCAGTTGTGAGTTAATTGAAATCGTGAGATACAAAGTGACATTATATAGAGCACAATCAAAAGTGTGAGGTGTAAACTCACAGAATGGATTGGAAAGGAAAgtcttttttgctttttatttttacggCAGGAACAAACTTCCAGCGATAGATGTAAACATGCAGAAGACACAATAAGCCAATTCAAATGTccaatattgatattttaaatgtCCCCCCGAAAATTCAAATAAACTTTTGGATAAATAATAGACGTGTAAAATTTTACTTAGTGTTGAAAGTAGTTGTCAAAAAGCTATTTAAACACTAGAACATTGTGTATTTTCATGAAGTATACATAGTAACCACTAGAGGAAGCCatcacatttaaaattaaataaatttagctTCGTATTTGAAATGCATAAGTTCATACAGTAAGTGCTCAGTTTAGtgttaaattaatgtaaaataaaattaaccctATGAGATGCATGAAGAGAAAATTTGTGTGGatgtgttttgttgcatgttGTATCATTTCCTCTGGGTTGCATGCTTAATTTGTTCTGCTCAGCTGACCATGACCACTTGCCATGATAAAATCATACAATAAGATATACGCTCTTTGTTACACACTTTCCGTGAGGCTCTTGGTGTAGGAAAAATAACTACCCTTAATATATCCGCTTTAAGCAAATTTAAACAGTGCAGTCTTTACTGctaaatttataaatgtatataaatgtatatgtataaatcgTAAGTGAATGTATGTGATGTGCAGGAGAGCGTGAAACTGTGGAGAGTTTTTGCTTGAGTGATTCTGTATGTCTCTTAATTCTCTCATGCACATGGACATTGACAGACTGGAGAGAAATGCTACTTAATGTGAAGGAGGACAGAACA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Function

GO: NA

KEGG: NA

Ensembl:

ensembl_id ENSDART00000184359

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00058196 lncRNA downstream 2651 19900015 ~ 19901133 (-) True XLOC_028736
TCONS_00058195 lncRNA downstream 364694 19534461 ~ 19539090 (-) True XLOC_028733
TCONS_00058194 lncRNA downstream 533999 19366363 ~ 19369785 (-) True XLOC_028731
TCONS_00057351 lncRNA downstream 534044 19284658 ~ 19369740 (-) False XLOC_028731
TCONS_00058193 lncRNA downstream 534044 19366363 ~ 19369740 (-) False XLOC_028731
TCONS_00058197 lncRNA upstream 116990 20038400 ~ 20039284 (-) True XLOC_028739
TCONS_00058198 lncRNA upstream 123457 20044867 ~ 20047402 (-) False XLOC_028741
TCONS_00058200 lncRNA upstream 123457 20044867 ~ 20047884 (-) False XLOC_028741
TCONS_00058199 lncRNA upstream 123457 20044867 ~ 20047884 (-) True XLOC_028741
TCONS_00058201 lncRNA upstream 201503 20122913 ~ 20124058 (-) True XLOC_028746
TCONS_00055706 mRNA downstream 19344 19768679 ~ 19884440 (-) False XLOC_028735
TCONS_00055705 mRNA downstream 19344 19768679 ~ 19884440 (-) True XLOC_028735
TCONS_00055704 mRNA downstream 19799 19768679 ~ 19883985 (-) False XLOC_028735
TCONS_00055703 mRNA downstream 161481 19711958 ~ 19742303 (-) True XLOC_028734
TCONS_00055702 mRNA downstream 161484 19710657 ~ 19742300 (-) False XLOC_028734
TCONS_00055709 mRNA upstream 24884 19946294 ~ 19982119 (-) False XLOC_028738
TCONS_00055710 mRNA upstream 29070 19950480 ~ 20027571 (-) True XLOC_028738
TCONS_00055711 mRNA upstream 116111 20037521 ~ 20039635 (-) False XLOC_028739
TCONS_00055712 mRNA upstream 121397 20042807 ~ 20043484 (-) True XLOC_028740
TCONS_00055713 mRNA upstream 127850 20049260 ~ 20051141 (-) False XLOC_028742
TCONS_00055699 other downstream 856229 19047466 ~ 19047555 (-) True XLOC_028730
TCONS_00055684 other downstream 1249523 18654155 ~ 18654261 (-) True XLOC_028720
TCONS_00055683 other downstream 1250543 18653148 ~ 18653241 (-) True XLOC_028719
TCONS_00055676 other downstream 1297246 18597660 ~ 18606538 (-) False XLOC_028717
TCONS_00055674 other downstream 1308644 18593830 ~ 18595140 (-) True XLOC_028716
TCONS_00055714 other upstream 127914 20049324 ~ 20063234 (-) True XLOC_028742
TCONS_00055724 other upstream 254733 20176143 ~ 20177868 (-) False XLOC_028749
TCONS_00055737 other upstream 474639 20396049 ~ 20396170 (-) True XLOC_028756
TCONS_00055751 other upstream 1730261 21651671 ~ 21652632 (-) True XLOC_028763
TCONS_00055755 other upstream 2314948 22236358 ~ 22237294 (-) True XLOC_028767

Expression Profile

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