RNA id: TU2443019


Basic Information

Item Value
RNA id TU2443019
length 4161
lncRNA type inter_gene
GC content 0.40
exon number 3
gene id G2136262
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_048592.1
NCBI id CM023246.2
chromosome length 43716683
location 40104646 ~ 40109801 (-)
genome version USDA_OmykA_1.1_2020_rainbow_trout_Genome
species rainbow trout
(Oncorhynchus mykiss)

Sequence

ttatccaaacttttgactggtactgtatatgttgtcATTTTGGGGCTGACGTGGATATTCAATCAGAAAACCGGCATTTTGTATTGGACAGGACCATCTGTATCAACAATTTCAacgtgtgtttgtttttttacggACAATAATGCCAAATCGCCTGTATCGTGTTAATtaacagtgcattaggaaagtattcagacaccttaactttttccacattttgttaaagttacagccttattctaaaatggattaaataaaataatgtcctcatcgatctacacacaataccccataatgacatcacaataccccataatgacatcacaataccccataatggcaaaaacagaaataccttattgacataaatattcagaccctttgctatgagactcaacattgagctcaggtgcatcctgtttccattgatcgtccttgagctgtttctacaacttgattggagtccagctgtgataaattcaattgattggacacaatttggaaaggcatacacctgtctatataaggtctcacagttgacagtgcacttcagagcaaaaaccaagccatgaggttggaattgtccgtagagctcagagaggggattgtgtcgaggcacagatctggggaagggtaccattgaaggtccccaagaacacagtggcctccattcttaaatggaagaagtttggaaccaccaagacttttcctatagctgaccgcccggccaaactaagcaatcgggggataagggccttggtcagggaggtaggtgaccaagaatggtcactctgacggaggtccatagttcctctgtggagatgggagaaccttccagaaggacaaccatctctgcagcactccatcaatcaggcctttatggtagagtggccagacagaagccactcctcagtaaaaaggcacatgacagcccgcttggagtttgccaaaaggcacctaaaggactctgaccatgagaaacaagattctctggtctgatgaaaccaagcatcacgtctggaggaaacctggcaccttgCCTACGGTGAAGCATCGTGGTGGcaactagttaggatcgagggaaagatgaacagagaaaagtacagagagatccttgatgaaaacctgctcaagacctcagactgggtgggcgaaggttcaccttagatcaggacaacgaccctaagcacacagccaagacaacgcaggagtaacatcgggacaagtctttgaatgtccttgagtggctcagccagagcccggacttaaacccaatcgaacatctctggagaaacctgaaaatagctgtgcagtgacactcccatccaacctgacagggcttgagaagatctgcagagaagaatgagagaaactccccaaatacaggtgtgacaagcttgtagtgtcatacccaagaagactcaaggctgtaatcgctgccaaaggtgcttcaacaaactactgagtaaaagggtctgaatacttctgttgtttcagttttatattttttatgaatttgaagaaaaaaaatctaaacctgtttttgcttcattgAATAACATTTGAGTAGATTTTAGagtaaggctttaacgtaacaaaaagtgAAGCGGTCTGAATTTTTTCCCAGAATGCACTTTGTGTTGCCTTACATTCATTATGAATGGCTTGGTTTTCTGTTCCGGTTGTTTTCAGTGTTAACCCTTATCAGTGCCACTCCTGGGGTCACATTCATTATGAGTGGCTTGGTTTTCTGTTCCGGTTGTTTTCAGTGTTAACCCTTATCAGTGCCACTCCTGGGGTCACATTCATTATGAGTGGCTTGGTTTTCTGTTCCGGTTGTTTTCAGTGTTAACCCTTATCAGTGCCACTCCTGGGGTCACATTCATTATGAATGGCTTGGTTTTCTGTTCCGTTTGTTTTCATTGTAGTGTTTTGCACTACAATCCACGATAGCTAGTTCAGGTCCTATGCTGAAGTGAGGCAAGGCAGGGTAAGATGGATACAGTATTAAACTAGATAGCATCACTAATAATGCCCAAATACCTTGTTTTCAGTGTTAACCCTTATCAGTGCCACTCCTGGGGTCacattcattagtgcacactatACCAAAACCGTTTTgcaagaacaaaaaaaaaaaaactttttcccccTAATTGGGTTAGTCCCCTATTTCAGTCTGTCAATCTCTATGAAGATGGGAGGTGTCTACATACAGTCAGTCACAGGGTTCTCTCTTTGTACAGACTCCAAAAAAAACATGTTGCTTTTGAAGTACACTTTATTTTTGGTACTAATATTGTCATGGTAATGTAATTATCCTCATGTTTTTCACTTCCTCTTAAGTTGAAATACCACTAAAAAAAAAGTGATCCGTGTCCCTCCATAGATATGTTACACTTTCTGTGTTGCATTGTAGAACAGACAGAAATGAAAGTGTAAAGACGACATGTTCATTTTGTCGTCGGGGAAAGTTTTTGGTGGTGCAACATTCAGTATTGGGATGAATTGATTTTGAGTGACTCGATTTGGCTCGTGTAGATCATTTTAATGGTGAACTACTTCTCAAATTCAACATGGTAGGTCTACGTAGATCAAGCCCCAACAAGAAACGATTGAAAGGGTCAAAAACAAGAAATCTCTGTGAAGTTAAAGATATGTGTTTTGGAATGCTTTTGGACCCGTTACACCAGCTATCTGGGGAGGATGGACTCTTGTCATTTTGTCTTTAGTAATAGTTGTctttagtaatagtagtaatagttgtctTTAGTAATAGTTGTCTTTAGTAATAGTTGTCTTTAGTAATAGTTGTctttagtaatagtagtaatagttgtctTTAGTAATAGTTGTCTTTAGTAATAGTTGTCTTTAGTAATAGTTGTATTTAGTAATAGTTGTCTGTAGTAATAGTTGTATTTAGTAATAGTTGTctttagtaatagtagtaatagttgtctTTAGTAATAGTTGTATTTAGTAATAGTTGTCTGTAGTAATAGTTGTATTTAGTAATAGTTGTctttagtaatagtagtaatagttgtctTTAGTAATAGTTGTCTTTGGTAATAGTTGTCTTTGGTAATAGTTGTCTTTGGTAATAGTTGTCTTTGGTAATAGTTGTCTTTGGTAATAGTTGTCTTTGGTAATAGTTGTCTTTAGTAATAGTTGTCTTTAGTAATAGTTGTCTTTAGTAATAGTTGTCTTTGGTAATAGTTGTCTTTGGTAATAGTTGTCTTTAGTAATAGTTGTCTTTAGTAATGGTTGTTTGAAAGGCCTCAGATTGAAGGTTTATACCTTTCAACCGTTAGTGAAATGTCAGTGATGGAAATGTTGGATTGGTTTTGAGTCAAGAAAGGCTGCCTCTCAAATTGATTGTTGTCTAGATTGTCCTATCAATATACACATAATAGTTTAGGTCAAAATGCATAGTtaagatacaggtaactgccaaagaAAGGATACGTTTGAAAACCGGTGCTTCcagtgtggttcctgagttaattaagcaattcacATCCCATCATTATTAGGGTCCCATCTTCAGCTGCTACACTGGTCCAACCCCCAAGGCACTGGTCATTGCTGATTGGCTAGTCCAGTACATCTTTTAGAATCTAATGCCCGACCTTACTTGACTGTCACCAGCTGGACTGTTACCAGCTGGACTGTTACCAGCTGGACTGTCACCAGCTGGACTGTCACCAGCTGGACTGTCACCAGCTGGACTGTCACCAGCTGGACTGTCACCAGCTGGACTGTCACCAGCTAACTGTTACCAGCTAACTGTTACCAGCTAACTGTTACCAGCTAACTGTTAGGCTATGATAACATGAACTCTAATTGAACCCTTTGAGCTGTCCTgctattgtttattgttttcttTGTGGTATTTATTTGTGGTTCTTGGAAGTGTTTCTGGTGCTTATGGGTTACGGGTTACATACAGGGGTGGAATTGACATGTAAAAAATCTCAGCATTTTTGAGCTGAATGCCCAGTGATACAACGGTTGTGACTCGCCTTTTTCCCCACCTTCAATTCCACTCCTGGTTACATGTTTTAGATTGTTAGATTGAGAAGGAGTCCGATCAAgtataaatcaatcaatcaaaagaTCGATAGATTGATTGAGATCaagtatttaaataaatgt

Function

GO: NA

KEGG:

id description

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TU2443010 lncRNA downstream 20930 40082993 ~ 40084214 (-) False G2136259
TU2443011 lncRNA downstream 21412 40082993 ~ 40083732 (-) True G2136259
TU2443006 lncRNA downstream 30436 40074372 ~ 40074708 (-) True G2136255
TU2442997 lncRNA downstream 37173 40067214 ~ 40067971 (-) True G2136247
TU2442990 lncRNA downstream 55611 40049276 ~ 40049533 (-) True G2136241
TU2443051 lncRNA upstream 28466 40138267 ~ 40140732 (-) True G2136276
TU2443037 lncRNA upstream 43804 40153605 ~ 40154931 (-) True G2136274
TU2443038 lncRNA upstream 45394 40155195 ~ 40156240 (-) False G2136275
TU2443039 lncRNA upstream 45394 40155195 ~ 40156240 (-) False G2136275
TU2443040 lncRNA upstream 45394 40155195 ~ 40156240 (-) False G2136275
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XM_036966545.1 mRNA downstream 1996 39975514 ~ 40103148 (-) False LOC110508256
XM_036966460.1 mRNA downstream 235208 39843311 ~ 39869936 (-) True ndufv2
XM_036966458.1 mRNA downstream 275937 39778552 ~ 39829207 (-) False LOC110509145
XR_005040216.1 mRNA downstream 275938 39778552 ~ 39829206 (-) False LOC110509145
XM_036966923.1 mRNA upstream 5600 40115401 ~ 40127201 (-) True LOC110509140
XM_036966347.1 mRNA upstream 58610 40168411 ~ 40317511 (-) False LOC110508253
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XM_036966055.1 mRNA upstream 342515 40452316 ~ 40587932 (-) True LOC110508251
XR_005040272.1 mRNA upstream 487459 40597260 ~ 40599320 (-) True LOC118944871
TU2442946 other downstream 108098 39990563 ~ 39997046 (-) True LOC110508256
TU2442908 other downstream 159310 39943153 ~ 39945834 (-) True G2136189
TU2442821 other downstream 275965 39803795 ~ 39829179 (-) True LOC110509145
TU2442402 other downstream 1099094 39005461 ~ 39006050 (-) True G2135837
TU2441345 other downstream 1578224 38519571 ~ 38526920 (-) True G2135034
TU2444084 other upstream 305502 40415303 ~ 40415540 (-) True G2137086
TU2444112 other upstream 362287 40472088 ~ 40475701 (-) False G2137111
TU2444111 other upstream 362454 40472255 ~ 40475701 (-) False G2137111
TU2444115 other upstream 362454 40472255 ~ 40475701 (-) False G2137111
TU2444116 other upstream 362454 40472255 ~ 40475701 (-) False G2137111

Expression Profile