RNA id: TCONS_00057355


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00057355
length 317
lncRNA type inter_gene
GC content 0.31
exon number 2
gene id XLOC_028789
representative False

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007115.7
NCBI id CM002888.2
chromosome length 78093715
location 24833526 ~ 25049007 (-)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

gttcaTTATTGAGTATGAATGGCTGACTGTTCAATGTCCGTTCAAATAATTTGCATAATGTTTTAGGgttcttcttttttgtttgtttgtttgttttttccagctTGATAAACATCTGACAATCTTTGCTTTTCATCTGATGGAAAAGAGCATCATGAATATTCCTCACATGTTTAATGAGTTAACCAACACAAGTAAACGattgtccCTGGGAAAGTGACTTTGAGAGATGTCAAGTTCACACAAAGGTTTGTTTccattttttcattgttttatgtactgtatgaaaacatttaaatagaaaTTTAAGTATATAG

Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00058215 lncRNA downstream 42785 24726095 ~ 24790741 (-) True XLOC_028788
TCONS_00058214 lncRNA downstream 42789 24726095 ~ 24790737 (-) False XLOC_028788
TCONS_00058213 lncRNA downstream 190017 24501129 ~ 24643509 (-) True XLOC_028787
TCONS_00058212 lncRNA downstream 190039 24501129 ~ 24643487 (-) False XLOC_028787
TCONS_00058211 lncRNA downstream 214523 24501129 ~ 24619003 (-) False XLOC_028787
TCONS_00055792 lncRNA upstream 86394 25058475 ~ 25060736 (-) True XLOC_028790
TCONS_00058217 lncRNA upstream 272950 25245031 ~ 25247848 (-) True XLOC_028794
TCONS_00055803 lncRNA upstream 502125 25474206 ~ 25478126 (-) False XLOC_028796
TCONS_00055804 lncRNA upstream 502125 25474206 ~ 25479379 (-) True XLOC_028796
TCONS_00058218 lncRNA upstream 522375 25494456 ~ 25497067 (-) True XLOC_028797
TCONS_00055787 mRNA downstream 801602 23886726 ~ 24031924 (-) False XLOC_028785
TCONS_00055790 mRNA downstream 801770 23888549 ~ 24031756 (-) True XLOC_028785
TCONS_00055786 mRNA downstream 813815 23886726 ~ 24019711 (-) False XLOC_028785
TCONS_00055785 mRNA downstream 869686 23886726 ~ 23963840 (-) False XLOC_028785
TCONS_00055784 mRNA downstream 869688 23886726 ~ 23963838 (-) False XLOC_028785
TCONS_00055791 mRNA upstream 82429 25054510 ~ 25064510 (-) False XLOC_028790
TCONS_00055793 mRNA upstream 112147 25084228 ~ 25168458 (-) True XLOC_028791
TCONS_00055794 mRNA upstream 201218 25173299 ~ 25181552 (-) True XLOC_028792
TCONS_00055796 mRNA upstream 215831 25187912 ~ 25215968 (-) False XLOC_028793
TCONS_00055795 mRNA upstream 215831 25187912 ~ 25215968 (-) True XLOC_028793
TCONS_00055780 other downstream 1079255 23746043 ~ 23754271 (-) True XLOC_028783
TCONS_00055776 other downstream 1381595 23451817 ~ 23451931 (-) True XLOC_028782
TCONS_00055774 other downstream 1414071 23419320 ~ 23419455 (-) True XLOC_028780
TCONS_00055773 other downstream 1606677 23226733 ~ 23226849 (-) True XLOC_028779
TCONS_00055755 other downstream 2596232 22236358 ~ 22237294 (-) True XLOC_028767
TCONS_00055802 other upstream 502125 25474206 ~ 25478995 (-) False XLOC_028796
TCONS_00055813 other upstream 868705 25840786 ~ 25840902 (-) True XLOC_028802
TCONS_00055827 other upstream 1435065 26407146 ~ 26407263 (-) True XLOC_028811
TCONS_00055829 other upstream 2116290 27088371 ~ 27099285 (-) True XLOC_028815
TCONS_00055832 other upstream 2169098 27141179 ~ 27141303 (-) True XLOC_028817

Expression Profile

//