RNA id: TCONS_00058217


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00058217
length 322
lncRNA type antisense_over
GC content 0.45
exon number 2
gene id XLOC_028794
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007115.7
NCBI id CM002888.2
chromosome length 78093715
location 25245031 ~ 25247848 (-)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

CATCCTTATCCAGACATCAGTCAAATCAGtgtgtgtttgtttcattaGCCCAAGCTCCTGTGTCAAACAGATGTGAAACGATGTAATCGTCATGCTGCCCATCGATCAGTTTAGCTGCATTGTTTTTGGCGAACCAACAATCCACCGTCTGCTTTCCAGAGTAGATTCTCCTGCTCTTCTTCATGACGGCGACGCTTCGATCTTTCACCTTTAGGAAGTGGAAACTGGGTAGTGTGAAGTTTTTACCAAGTGTTTCCTGTGTGCCGTTTGCTCCAGTTGTGCTGAAATTTCCAGGAATCTGCGTTAAACCGATGTCTTCATA

Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00055792 lncRNA downstream 184295 25058475 ~ 25060736 (-) True XLOC_028790
TCONS_00057356 lncRNA downstream 196024 24971644 ~ 25049007 (-) True XLOC_028789
TCONS_00058216 lncRNA downstream 196161 24924363 ~ 25048870 (-) False XLOC_028789
TCONS_00057355 lncRNA downstream 272950 24833526 ~ 24972081 (-) False XLOC_028789
TCONS_00057354 lncRNA downstream 398054 24833526 ~ 24846977 (-) False XLOC_028789
TCONS_00055803 lncRNA upstream 226358 25474206 ~ 25478126 (-) False XLOC_028796
TCONS_00055804 lncRNA upstream 226358 25474206 ~ 25479379 (-) True XLOC_028796
TCONS_00058218 lncRNA upstream 246608 25494456 ~ 25497067 (-) True XLOC_028797
TCONS_00055817 lncRNA upstream 758594 26006442 ~ 26007456 (-) True XLOC_028804
TCONS_00055823 lncRNA upstream 879329 26127177 ~ 26147550 (-) True XLOC_028807
TCONS_00055796 mRNA downstream 29063 25187912 ~ 25215968 (-) False XLOC_028793
TCONS_00055795 mRNA downstream 29063 25187912 ~ 25215968 (-) True XLOC_028793
TCONS_00055794 mRNA downstream 63479 25173299 ~ 25181552 (-) True XLOC_028792
TCONS_00055793 mRNA downstream 76573 25084228 ~ 25168458 (-) True XLOC_028791
TCONS_00055791 mRNA downstream 180521 25054510 ~ 25064510 (-) False XLOC_028790
TCONS_00055797 mRNA upstream 4007 25251855 ~ 25271455 (-) False XLOC_028795
TCONS_00055798 mRNA upstream 4317 25252165 ~ 25257451 (-) False XLOC_028795
TCONS_00055799 mRNA upstream 9520 25257368 ~ 25263215 (-) True XLOC_028795
TCONS_00055800 mRNA upstream 224657 25472505 ~ 25485214 (-) False XLOC_028796
TCONS_00055801 mRNA upstream 225118 25472966 ~ 25485404 (-) False XLOC_028796
TCONS_00055780 other downstream 1490760 23746043 ~ 23754271 (-) True XLOC_028783
TCONS_00055776 other downstream 1793100 23451817 ~ 23451931 (-) True XLOC_028782
TCONS_00055774 other downstream 1825576 23419320 ~ 23419455 (-) True XLOC_028780
TCONS_00055773 other downstream 2018182 23226733 ~ 23226849 (-) True XLOC_028779
TCONS_00055755 other downstream 3007737 22236358 ~ 22237294 (-) True XLOC_028767
TCONS_00055802 other upstream 226358 25474206 ~ 25478995 (-) False XLOC_028796
TCONS_00055813 other upstream 592938 25840786 ~ 25840902 (-) True XLOC_028802
TCONS_00055827 other upstream 1159298 26407146 ~ 26407263 (-) True XLOC_028811
TCONS_00055829 other upstream 1840523 27088371 ~ 27099285 (-) True XLOC_028815
TCONS_00055832 other upstream 1893331 27141179 ~ 27141303 (-) True XLOC_028817