RNA id: TCONS_00055888


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00055888
length 164
RNA type snRNA
GC content 0.57
exon number 1
gene id XLOC_028861
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007115.7
NCBI id CM002888.2
chromosome length 78093715
location 30955341 ~ 30955504 (-)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

atacttacctggcaggggagataccatgatcaagaaggtggttcacccagggcgaggcttggccattgcactccggccacgctgacccctgcgaattccccaaatgtgggaatctcgactgcataatttctggtagtgggggactgcgttcgcgctctcccctt

Function

GO: NA

KEGG: NA

Ensembl:

ensembl_id ENSDART00000180388

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00057365 lncRNA downstream 373946 30577476 ~ 30581395 (-) False XLOC_028857
TCONS_00057366 lncRNA downstream 373946 30579097 ~ 30581395 (-) True XLOC_028857
TCONS_00057364 lncRNA downstream 409055 30540999 ~ 30546286 (-) True XLOC_028856
TCONS_00057363 lncRNA downstream 409925 30540999 ~ 30545416 (-) False XLOC_028856
TCONS_00057362 lncRNA downstream 409925 30540999 ~ 30545416 (-) False XLOC_028856
TCONS_00058241 lncRNA upstream 104853 31060357 ~ 31062275 (-) False XLOC_028859
TCONS_00058242 lncRNA upstream 104853 31060357 ~ 31062771 (-) False XLOC_028859
TCONS_00058243 lncRNA upstream 104853 31060357 ~ 31063096 (-) True XLOC_028859
TCONS_00055896 lncRNA upstream 140325 31095829 ~ 31097622 (-) True XLOC_028868
TCONS_00055897 lncRNA upstream 192675 31148179 ~ 31149083 (-) True XLOC_028869
TCONS_00055887 mRNA downstream 24045 30925543 ~ 30931296 (-) True XLOC_028860
TCONS_00055882 mRNA downstream 242753 30707282 ~ 30712588 (-) False XLOC_028858
TCONS_00055883 mRNA downstream 243181 30707298 ~ 30712160 (-) True XLOC_028858
TCONS_00055881 mRNA downstream 427102 30521650 ~ 30528239 (-) True XLOC_028855
TCONS_00055880 mRNA downstream 515225 30428468 ~ 30440116 (-) True XLOC_028854
TCONS_00055895 mRNA upstream 66124 31021628 ~ 31064105 (-) False XLOC_028859
TCONS_00055913 mRNA upstream 292464 31247968 ~ 31311955 (-) False XLOC_028887
TCONS_00055914 mRNA upstream 346956 31302460 ~ 31311871 (-) False XLOC_028887
TCONS_00055915 mRNA upstream 347196 31302700 ~ 31311428 (-) True XLOC_028887
TCONS_00055916 mRNA upstream 579945 31535449 ~ 31698009 (-) False XLOC_028888
TCONS_00055851 other downstream 2099664 28829894 ~ 28855677 (-) False XLOC_028829
TCONS_00055850 other downstream 2413206 28542021 ~ 28542135 (-) True XLOC_028825
TCONS_00055849 other downstream 2522896 28432331 ~ 28432445 (-) True XLOC_028824
TCONS_00055832 other downstream 3814038 27141179 ~ 27141303 (-) True XLOC_028817
TCONS_00055829 other downstream 3856056 27088371 ~ 27099285 (-) True XLOC_028815
TCONS_00055889 other upstream 19412 30974916 ~ 30975079 (-) True XLOC_028862
TCONS_00055890 other upstream 29852 30985356 ~ 30985519 (-) True XLOC_028863
TCONS_00055891 other upstream 36377 30991881 ~ 30992044 (-) True XLOC_028864
TCONS_00055892 other upstream 37682 30993186 ~ 30993349 (-) True XLOC_028865
TCONS_00055893 other upstream 40292 30995796 ~ 30995959 (-) True XLOC_028866

Expression Profile

//