RNA id: TCONS_00055893


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00055893
length 164
RNA type snRNA
GC content 0.58
exon number 1
gene id XLOC_028866
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007115.7
NCBI id CM002888.2
chromosome length 78093715
location 30995796 ~ 30995959 (-)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

atacttacctggcaggggagataccatgatcaagaaggtggttcacccagggcgaggcttggccattgcactccggccacgctggcccctgcgaattccccaaatgtgggaatctcgactgcataatttctggtagtgggggactgcgttcgcgctctcccctg

Function

GO: NA

KEGG: NA

Ensembl:

ensembl_id ENSDART00000183752

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00057365 lncRNA downstream 414401 30577476 ~ 30581395 (-) False XLOC_028857
TCONS_00057366 lncRNA downstream 414401 30579097 ~ 30581395 (-) True XLOC_028857
TCONS_00057364 lncRNA downstream 449510 30540999 ~ 30546286 (-) True XLOC_028856
TCONS_00057363 lncRNA downstream 450380 30540999 ~ 30545416 (-) False XLOC_028856
TCONS_00058241 lncRNA upstream 64398 31060357 ~ 31062275 (-) False XLOC_028859
TCONS_00058242 lncRNA upstream 64398 31060357 ~ 31062771 (-) False XLOC_028859
TCONS_00058243 lncRNA upstream 64398 31060357 ~ 31063096 (-) True XLOC_028859
TCONS_00055896 lncRNA upstream 99870 31095829 ~ 31097622 (-) True XLOC_028868
TCONS_00055897 lncRNA upstream 152220 31148179 ~ 31149083 (-) True XLOC_028869
TCONS_00055887 mRNA downstream 64500 30925543 ~ 30931296 (-) True XLOC_028860
TCONS_00055882 mRNA downstream 283208 30707282 ~ 30712588 (-) False XLOC_028858
TCONS_00055883 mRNA downstream 283636 30707298 ~ 30712160 (-) True XLOC_028858
TCONS_00055881 mRNA downstream 467557 30521650 ~ 30528239 (-) True XLOC_028855
TCONS_00055880 mRNA downstream 555680 30428468 ~ 30440116 (-) True XLOC_028854
TCONS_00055895 mRNA upstream 25669 31021628 ~ 31064105 (-) False XLOC_028859
TCONS_00055913 mRNA upstream 252009 31247968 ~ 31311955 (-) False XLOC_028887
TCONS_00055914 mRNA upstream 306501 31302460 ~ 31311871 (-) False XLOC_028887
TCONS_00055915 mRNA upstream 306741 31302700 ~ 31311428 (-) True XLOC_028887
TCONS_00055916 mRNA upstream 539490 31535449 ~ 31698009 (-) False XLOC_028888
TCONS_00055892 other downstream 2447 30993186 ~ 30993349 (-) True XLOC_028865
TCONS_00055891 other downstream 3752 30991881 ~ 30992044 (-) True XLOC_028864
TCONS_00055890 other downstream 10277 30985356 ~ 30985519 (-) True XLOC_028863
TCONS_00055889 other downstream 20717 30974916 ~ 30975079 (-) True XLOC_028862
TCONS_00055888 other downstream 40292 30955341 ~ 30955504 (-) True XLOC_028861
TCONS_00055894 other upstream 2447 30998406 ~ 30998555 (-) True XLOC_028867
TCONS_00055898 other upstream 197933 31193892 ~ 31193998 (-) True XLOC_028870
TCONS_00055899 other upstream 198977 31194936 ~ 31195042 (-) True XLOC_028871
TCONS_00055900 other upstream 200034 31195993 ~ 31196099 (-) True XLOC_028872
TCONS_00055901 other upstream 202141 31198100 ~ 31198206 (-) True XLOC_028873

Expression Profile

//