RNA id: TCONS_00055906


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00055906
length 107
RNA type snRNA
GC content 0.49
exon number 1
gene id XLOC_028878
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007115.7
NCBI id CM002888.2
chromosome length 78093715
location 31216612 ~ 31216718 (-)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

gtgctcgctacggtggcacatatactaaaattggatcgatacagagaagattagcatggcccctgcgaaaggatgacacgcaaatccgtgaagcgctccataatgct

Function

GO: NA

KEGG: NA

Ensembl:

ensembl_id ENSDART00000190939

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00055897 lncRNA downstream 67529 31148179 ~ 31149083 (-) True XLOC_028869
TCONS_00055896 lncRNA downstream 118990 31095829 ~ 31097622 (-) True XLOC_028868
TCONS_00058243 lncRNA downstream 153516 31060357 ~ 31063096 (-) True XLOC_028859
TCONS_00058242 lncRNA downstream 153841 31060357 ~ 31062771 (-) False XLOC_028859
TCONS_00058241 lncRNA downstream 154337 31060357 ~ 31062275 (-) False XLOC_028859
TCONS_00057367 lncRNA upstream 24405 31241123 ~ 31245599 (-) True XLOC_028885
TCONS_00057368 lncRNA upstream 29023 31245741 ~ 31246667 (-) True XLOC_028886
TCONS_00058244 lncRNA upstream 339176 31555894 ~ 31557435 (-) False XLOC_028889
TCONS_00055918 lncRNA upstream 339176 31555894 ~ 31557497 (-) True XLOC_028889
TCONS_00057369 lncRNA upstream 409548 31626266 ~ 31628100 (-) True XLOC_028890
TCONS_00055885 mRNA downstream 152028 30884012 ~ 31064584 (-) False XLOC_028859
TCONS_00055884 mRNA downstream 152028 30884012 ~ 31064584 (-) False XLOC_028859
TCONS_00055886 mRNA downstream 152028 30886750 ~ 31064584 (-) False XLOC_028859
TCONS_00055895 mRNA downstream 152507 31021628 ~ 31064105 (-) False XLOC_028859
TCONS_00055887 mRNA downstream 285316 30925543 ~ 30931296 (-) True XLOC_028860
TCONS_00055913 mRNA upstream 31250 31247968 ~ 31311955 (-) False XLOC_028887
TCONS_00055914 mRNA upstream 85742 31302460 ~ 31311871 (-) False XLOC_028887
TCONS_00055915 mRNA upstream 85982 31302700 ~ 31311428 (-) True XLOC_028887
TCONS_00055916 mRNA upstream 318731 31535449 ~ 31698009 (-) False XLOC_028888
TCONS_00055917 mRNA upstream 318731 31535449 ~ 31784872 (-) False XLOC_028888
TCONS_00055905 other downstream 2535 31213971 ~ 31214077 (-) True XLOC_028877
TCONS_00055904 other downstream 4121 31212385 ~ 31212491 (-) True XLOC_028876
TCONS_00055903 other downstream 16289 31200217 ~ 31200323 (-) True XLOC_028875
TCONS_00055902 other downstream 17346 31199160 ~ 31199266 (-) True XLOC_028874
TCONS_00055901 other downstream 18406 31198100 ~ 31198206 (-) True XLOC_028873
TCONS_00055907 other upstream 2011 31218729 ~ 31218835 (-) True XLOC_028879
TCONS_00055908 other upstream 2541 31219259 ~ 31219365 (-) True XLOC_028880
TCONS_00055909 other upstream 4658 31221376 ~ 31221482 (-) True XLOC_028881
TCONS_00055910 other upstream 6770 31223488 ~ 31223594 (-) True XLOC_028882
TCONS_00055911 other upstream 7826 31224544 ~ 31224650 (-) True XLOC_028883

Expression Profile

//