RNA id: TCONS_00055909


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00055909
length 107
RNA type snRNA
GC content 0.48
exon number 1
gene id XLOC_028881
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007115.7
NCBI id CM002888.2
chromosome length 78093715
location 31221376 ~ 31221482 (-)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

gtgctcgctacggtggcacatatactaaaattggatcgatacagagaagattagcatggcccctgcgaaaggatgacacgcaaatccgtgaagcgctccatattgtt

Function

GO: NA

KEGG: NA

Ensembl:

ensembl_id ENSDART00000188684

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00055897 lncRNA downstream 72293 31148179 ~ 31149083 (-) True XLOC_028869
TCONS_00055896 lncRNA downstream 123754 31095829 ~ 31097622 (-) True XLOC_028868
TCONS_00058243 lncRNA downstream 158280 31060357 ~ 31063096 (-) True XLOC_028859
TCONS_00058242 lncRNA downstream 158605 31060357 ~ 31062771 (-) False XLOC_028859
TCONS_00058241 lncRNA downstream 159101 31060357 ~ 31062275 (-) False XLOC_028859
TCONS_00057367 lncRNA upstream 19641 31241123 ~ 31245599 (-) True XLOC_028885
TCONS_00057368 lncRNA upstream 24259 31245741 ~ 31246667 (-) True XLOC_028886
TCONS_00058244 lncRNA upstream 334412 31555894 ~ 31557435 (-) False XLOC_028889
TCONS_00055918 lncRNA upstream 334412 31555894 ~ 31557497 (-) True XLOC_028889
TCONS_00057369 lncRNA upstream 404784 31626266 ~ 31628100 (-) True XLOC_028890
TCONS_00055885 mRNA downstream 156792 30884012 ~ 31064584 (-) False XLOC_028859
TCONS_00055884 mRNA downstream 156792 30884012 ~ 31064584 (-) False XLOC_028859
TCONS_00055886 mRNA downstream 156792 30886750 ~ 31064584 (-) False XLOC_028859
TCONS_00055895 mRNA downstream 157271 31021628 ~ 31064105 (-) False XLOC_028859
TCONS_00055887 mRNA downstream 290080 30925543 ~ 30931296 (-) True XLOC_028860
TCONS_00055913 mRNA upstream 26486 31247968 ~ 31311955 (-) False XLOC_028887
TCONS_00055914 mRNA upstream 80978 31302460 ~ 31311871 (-) False XLOC_028887
TCONS_00055915 mRNA upstream 81218 31302700 ~ 31311428 (-) True XLOC_028887
TCONS_00055916 mRNA upstream 313967 31535449 ~ 31698009 (-) False XLOC_028888
TCONS_00055917 mRNA upstream 313967 31535449 ~ 31784872 (-) False XLOC_028888
TCONS_00055908 other downstream 2011 31219259 ~ 31219365 (-) True XLOC_028880
TCONS_00055907 other downstream 2541 31218729 ~ 31218835 (-) True XLOC_028879
TCONS_00055906 other downstream 4658 31216612 ~ 31216718 (-) True XLOC_028878
TCONS_00055905 other downstream 7299 31213971 ~ 31214077 (-) True XLOC_028877
TCONS_00055904 other downstream 8885 31212385 ~ 31212491 (-) True XLOC_028876
TCONS_00055910 other upstream 2006 31223488 ~ 31223594 (-) True XLOC_028882
TCONS_00055911 other upstream 3062 31224544 ~ 31224650 (-) True XLOC_028883
TCONS_00055912 other upstream 6077 31227559 ~ 31227627 (-) True XLOC_028884
TCONS_00055942 other upstream 1034790 32256272 ~ 32256435 (-) True XLOC_028897
TCONS_00055943 other upstream 1036100 32257582 ~ 32257730 (-) True XLOC_028898

Expression Profile

//