RNA id: TCONS_00055943


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00055943
length 149
RNA type snRNA
GC content 0.54
exon number 1
gene id XLOC_028898
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007115.7
NCBI id CM002888.2
chromosome length 78093715
location 32257582 ~ 32257730 (-)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

AGACAATCGCGGCTTCTCGTTGGACGAGAGTCTACAGTCTACAGTTACCATTGCACGTTCCCTGGGCAGATGTCTGCGaactccccaaatgtgggaatctcgactgcataatttctggtagtgggggactgcgttcgcgctctcccctg

Function

GO: NA

KEGG: NA

Ensembl:

ensembl_id ENSDART00000183056

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00055936 lncRNA downstream 215042 32042094 ~ 32042540 (-) True XLOC_028893
TCONS_00055934 lncRNA downstream 264340 31986302 ~ 31993242 (-) False XLOC_028891
TCONS_00055935 lncRNA downstream 264340 31991784 ~ 31993242 (-) True XLOC_028891
TCONS_00058249 lncRNA downstream 265436 31986302 ~ 31992146 (-) False XLOC_028891
TCONS_00058248 lncRNA downstream 297474 31957130 ~ 31960108 (-) True XLOC_028892
TCONS_00055951 lncRNA upstream 172852 32430582 ~ 32432589 (-) False XLOC_028899
TCONS_00055952 lncRNA upstream 174993 32432723 ~ 32456694 (-) False XLOC_028899
TCONS_00058250 lncRNA upstream 208475 32466205 ~ 32467230 (-) False XLOC_028899
TCONS_00055958 lncRNA upstream 459124 32716854 ~ 32717980 (-) False XLOC_028901
TCONS_00058251 lncRNA upstream 459588 32717318 ~ 32718201 (-) True XLOC_028901
TCONS_00055941 mRNA downstream 64714 32191378 ~ 32192868 (-) True XLOC_028896
TCONS_00055939 mRNA downstream 77427 32175332 ~ 32180155 (-) False XLOC_028895
TCONS_00055938 mRNA downstream 77883 32174137 ~ 32179699 (-) False XLOC_028895
TCONS_00055940 mRNA downstream 77883 32176095 ~ 32179699 (-) True XLOC_028895
TCONS_00055937 mRNA downstream 160177 32096811 ~ 32097405 (-) True XLOC_028894
TCONS_00055944 mRNA upstream 171849 32429579 ~ 32458327 (-) False XLOC_028899
TCONS_00055945 mRNA upstream 171849 32429579 ~ 32466449 (-) False XLOC_028899
TCONS_00055946 mRNA upstream 171849 32429579 ~ 32466676 (-) False XLOC_028899
TCONS_00055948 mRNA upstream 171849 32429579 ~ 32642681 (-) False XLOC_028899
TCONS_00055947 mRNA upstream 171849 32429579 ~ 32642681 (-) False XLOC_028899
TCONS_00055942 other downstream 1147 32256272 ~ 32256435 (-) True XLOC_028897
TCONS_00055912 other downstream 1029955 31227559 ~ 31227627 (-) True XLOC_028884
TCONS_00055911 other downstream 1032932 31224544 ~ 31224650 (-) True XLOC_028883
TCONS_00055910 other downstream 1033988 31223488 ~ 31223594 (-) True XLOC_028882
TCONS_00055909 other downstream 1036100 31221376 ~ 31221482 (-) True XLOC_028881
TCONS_00055966 other upstream 1132492 33390222 ~ 33390384 (-) True XLOC_028909
TCONS_00055967 other upstream 1134045 33391775 ~ 33391921 (-) True XLOC_028910
TCONS_00055975 other upstream 1709187 33966917 ~ 33967068 (-) True XLOC_028918
TCONS_00055976 other upstream 1710480 33968210 ~ 33968352 (-) True XLOC_028919
TCONS_00055986 other upstream 2295337 34553067 ~ 34589087 (-) False XLOC_028925