RNA id: TCONS_00055966


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00055966
length 163
RNA type snRNA
GC content 0.50
exon number 1
gene id XLOC_028909
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007115.7
NCBI id CM002888.2
chromosome length 78093715
location 33390222 ~ 33390384 (-)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

ATATTTACCttgcaggggagataccatgatcaagaaggtggttcacccagggcgacgCTTAGCCATTGTACTCCGGTCACGCTGACCTctgccagcgcagagagacggaaagtcactttccacaatgttttcattcagtgttctacgctggtggaatcacctt

Function

GO: NA

KEGG: NA

Ensembl:

ensembl_id ENSDART00000117893

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00058253 lncRNA downstream 254584 33128015 ~ 33135638 (-) True XLOC_028905
TCONS_00058252 lncRNA downstream 493089 32758196 ~ 32897133 (-) True XLOC_028902
TCONS_00058251 lncRNA downstream 672021 32717318 ~ 32718201 (-) True XLOC_028901
TCONS_00055958 lncRNA downstream 672242 32716854 ~ 32717980 (-) False XLOC_028901
TCONS_00058250 lncRNA downstream 922992 32466205 ~ 32467230 (-) False XLOC_028899
TCONS_00058254 lncRNA upstream 27164 33417548 ~ 33419586 (-) False XLOC_028912
TCONS_00058255 lncRNA upstream 27164 33417548 ~ 33446814 (-) True XLOC_028912
TCONS_00058256 lncRNA upstream 308342 33698726 ~ 33699784 (-) True XLOC_028914
TCONS_00055973 lncRNA upstream 406308 33796692 ~ 33808943 (-) False XLOC_028916
TCONS_00055974 lncRNA upstream 415949 33806333 ~ 33808943 (-) True XLOC_028916
TCONS_00055965 mRNA downstream 18588 33364466 ~ 33371634 (-) True XLOC_028908
TCONS_00055964 mRNA downstream 58541 33310760 ~ 33331681 (-) True XLOC_028907
TCONS_00055963 mRNA downstream 201152 33179367 ~ 33189070 (-) True XLOC_028906
TCONS_00055962 mRNA downstream 209691 33179354 ~ 33180531 (-) False XLOC_028906
TCONS_00055960 mRNA downstream 316840 33057844 ~ 33073382 (-) False XLOC_028904
TCONS_00055968 mRNA upstream 8812 33399196 ~ 33405483 (-) True XLOC_028911
TCONS_00055969 mRNA upstream 133853 33524237 ~ 33525219 (-) True XLOC_028913
TCONS_00055971 mRNA upstream 330419 33720803 ~ 33763368 (-) False XLOC_028915
TCONS_00055970 mRNA upstream 330419 33720803 ~ 33763368 (-) False XLOC_028915
TCONS_00055972 mRNA upstream 331692 33722076 ~ 33763221 (-) True XLOC_028915
TCONS_00055943 other downstream 1132492 32257582 ~ 32257730 (-) True XLOC_028898
TCONS_00055942 other downstream 1133787 32256272 ~ 32256435 (-) True XLOC_028897
TCONS_00055912 other downstream 2162595 31227559 ~ 31227627 (-) True XLOC_028884
TCONS_00055911 other downstream 2165572 31224544 ~ 31224650 (-) True XLOC_028883
TCONS_00055910 other downstream 2166628 31223488 ~ 31223594 (-) True XLOC_028882
TCONS_00055967 other upstream 1391 33391775 ~ 33391921 (-) True XLOC_028910
TCONS_00055975 other upstream 576533 33966917 ~ 33967068 (-) True XLOC_028918
TCONS_00055976 other upstream 577826 33968210 ~ 33968352 (-) True XLOC_028919
TCONS_00055986 other upstream 1162683 34553067 ~ 34589087 (-) False XLOC_028925
TCONS_00055991 other upstream 1842913 35233297 ~ 35233413 (-) True XLOC_028931