RNA id: TCONS_00055974


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00055974
length 412
lncRNA type lincRNA
GC content 0.49
exon number 2
gene id XLOC_028916
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007115.7
NCBI id CM002888.2
chromosome length 78093715
location 33796692 ~ 33808943 (-)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

cacgctaccatacaaagctgctttccctgagcagtttcgacaccaacttgtttcaagtagcgcaacagctctgggaaatcagttcaatttagccatgcctagctggagctcctccacaaagaaagagacctccttaataccagcttaggaagcactcccaccttcctgtcaaccacagttctgtctctatttgagcacacctcaaggcatttgaagtcttctccttacggcagccagctgcgatgcatttaagcacctgattacaagggtgctcttgctaaaaggagcaatggcagagagagacttccagtgcagactttaagatgctgcaatctaatcgtgggaaagacacttgctcctgagcagattcgagcttggggatgtgttgctgtcacaccaacgagtctgccgt

Function

GO:

id name namespace
GO:0004689 phosphorylase kinase activity molecular_function

KEGG: NA

Ensembl:

ensembl_id ENSDART00000194354

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00058256 lncRNA downstream 106549 33698726 ~ 33699784 (-) True XLOC_028914
TCONS_00058255 lncRNA downstream 359519 33417548 ~ 33446814 (-) True XLOC_028912
TCONS_00058254 lncRNA downstream 386747 33417548 ~ 33419586 (-) False XLOC_028912
TCONS_00058253 lncRNA downstream 670695 33128015 ~ 33135638 (-) True XLOC_028905
TCONS_00058252 lncRNA downstream 909200 32758196 ~ 32897133 (-) True XLOC_028902
TCONS_00057370 lncRNA upstream 150432 33959375 ~ 33961465 (-) True XLOC_028917
TCONS_00055977 lncRNA upstream 550232 34359175 ~ 34361549 (-) False XLOC_028920
TCONS_00055978 lncRNA upstream 551831 34360774 ~ 34362421 (-) True XLOC_028920
TCONS_00055979 lncRNA upstream 580209 34389152 ~ 34390120 (-) True XLOC_028921
TCONS_00058257 lncRNA upstream 648150 34457093 ~ 34458495 (-) False XLOC_028922
TCONS_00055971 mRNA downstream 42965 33720803 ~ 33763368 (-) False XLOC_028915
TCONS_00055970 mRNA downstream 42965 33720803 ~ 33763368 (-) False XLOC_028915
TCONS_00055972 mRNA downstream 43112 33722076 ~ 33763221 (-) True XLOC_028915
TCONS_00055969 mRNA downstream 281114 33524237 ~ 33525219 (-) True XLOC_028913
TCONS_00055968 mRNA downstream 400850 33399196 ~ 33405483 (-) True XLOC_028911
TCONS_00055980 mRNA upstream 634707 34443650 ~ 34459618 (-) False XLOC_028922
TCONS_00055981 mRNA upstream 634839 34443782 ~ 34459615 (-) False XLOC_028922
TCONS_00055982 mRNA upstream 640423 34449366 ~ 34455848 (-) False XLOC_028922
TCONS_00055983 mRNA upstream 640423 34449366 ~ 34460301 (-) False XLOC_028922
TCONS_00055984 mRNA upstream 640423 34449366 ~ 34480611 (-) False XLOC_028922
TCONS_00055967 other downstream 414412 33391775 ~ 33391921 (-) True XLOC_028910
TCONS_00055966 other downstream 415949 33390222 ~ 33390384 (-) True XLOC_028909
TCONS_00055943 other downstream 1548603 32257582 ~ 32257730 (-) True XLOC_028898
TCONS_00055942 other downstream 1549898 32256272 ~ 32256435 (-) True XLOC_028897
TCONS_00055912 other downstream 2578706 31227559 ~ 31227627 (-) True XLOC_028884
TCONS_00055975 other upstream 157974 33966917 ~ 33967068 (-) True XLOC_028918
TCONS_00055976 other upstream 159267 33968210 ~ 33968352 (-) True XLOC_028919
TCONS_00055986 other upstream 744124 34553067 ~ 34589087 (-) False XLOC_028925
TCONS_00055991 other upstream 1424354 35233297 ~ 35233413 (-) True XLOC_028931
TCONS_00055992 other upstream 1926063 35735006 ~ 35735169 (-) True XLOC_028934

Expression Profile

//