RNA id: TCONS_00055975


Basic Information

Item Value
RNA id TCONS_00055975
length 152
RNA type snRNA
GC content 0.54
exon number 1
gene id XLOC_028918
representative True

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007115.7
NCBI id CM002888.2
chromosome length 78093715
location 33966917 ~ 33967068 (-)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome
species zebrafish
(Danio rerio)

Sequence

atacttacctggcaggggagataccatgatcaagaaggtggttcacccagggcgaggcttggccattgcactccggccacgctgacccctgcgaatggCGATCGACCTGTACGGCGTGCAAATTTCATTTTAGATGTGTAGGCAATTACAGC

Function

GO: NA

KEGG: NA

Ensembl:

ensembl_id ENSDART00000131186

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TCONS_00057370 lncRNA downstream 5452 33959375 ~ 33961465 (-) True XLOC_028917
TCONS_00055973 lncRNA downstream 157974 33796692 ~ 33808943 (-) False XLOC_028916
TCONS_00055974 lncRNA downstream 157974 33806333 ~ 33808943 (-) True XLOC_028916
TCONS_00058256 lncRNA downstream 267133 33698726 ~ 33699784 (-) True XLOC_028914
TCONS_00058255 lncRNA downstream 520103 33417548 ~ 33446814 (-) True XLOC_028912
TCONS_00055977 lncRNA upstream 392107 34359175 ~ 34361549 (-) False XLOC_028920
TCONS_00055978 lncRNA upstream 393706 34360774 ~ 34362421 (-) True XLOC_028920
TCONS_00055979 lncRNA upstream 422084 34389152 ~ 34390120 (-) True XLOC_028921
TCONS_00058257 lncRNA upstream 490025 34457093 ~ 34458495 (-) False XLOC_028922
TCONS_00057371 lncRNA upstream 519904 34486972 ~ 34494214 (-) False XLOC_028923
TCONS_00055971 mRNA downstream 203549 33720803 ~ 33763368 (-) False XLOC_028915
TCONS_00055970 mRNA downstream 203549 33720803 ~ 33763368 (-) False XLOC_028915
TCONS_00055972 mRNA downstream 203696 33722076 ~ 33763221 (-) True XLOC_028915
TCONS_00055969 mRNA downstream 441698 33524237 ~ 33525219 (-) True XLOC_028913
TCONS_00055968 mRNA downstream 561434 33399196 ~ 33405483 (-) True XLOC_028911
TCONS_00055980 mRNA upstream 476582 34443650 ~ 34459618 (-) False XLOC_028922
TCONS_00055981 mRNA upstream 476714 34443782 ~ 34459615 (-) False XLOC_028922
TCONS_00055982 mRNA upstream 482298 34449366 ~ 34455848 (-) False XLOC_028922
TCONS_00055983 mRNA upstream 482298 34449366 ~ 34460301 (-) False XLOC_028922
TCONS_00055984 mRNA upstream 482298 34449366 ~ 34480611 (-) False XLOC_028922
TCONS_00055967 other downstream 574996 33391775 ~ 33391921 (-) True XLOC_028910
TCONS_00055966 other downstream 576533 33390222 ~ 33390384 (-) True XLOC_028909
TCONS_00055943 other downstream 1709187 32257582 ~ 32257730 (-) True XLOC_028898
TCONS_00055942 other downstream 1710482 32256272 ~ 32256435 (-) True XLOC_028897
TCONS_00055912 other downstream 2739290 31227559 ~ 31227627 (-) True XLOC_028884
TCONS_00055976 other upstream 1142 33968210 ~ 33968352 (-) True XLOC_028919
TCONS_00055986 other upstream 585999 34553067 ~ 34589087 (-) False XLOC_028925
TCONS_00055991 other upstream 1266229 35233297 ~ 35233413 (-) True XLOC_028931
TCONS_00055992 other upstream 1767938 35735006 ~ 35735169 (-) True XLOC_028934
TCONS_00056013 other upstream 2822069 36789137 ~ 36789707 (-) False XLOC_028946

Expression Profile

//