RNA id: XR_005040887.1


Basic Information

Item Value
RNA id XR_005040887.1
length 4788
RNA type mRNA
GC content 0.46
exon number 3
gene id LOC118945783
representative False

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_050570.1
NCBI id CM025857.1
chromosome length 46327593
location 2832013 ~ 2837148 (+)
genome version USDA_OmykA_1.1_2020_rainbow_trout_Genome
species rainbow trout
(Oncorhynchus mykiss)

Sequence

aaagtggtgatcctaactgacctaagacagggaatttttactgggattaaatgtcaggaattgtgaaaaactgagtttaaatgtatttggctaaggtgtacgtaaacttccaacTACAACTGTATACAGTCTCCTGGTTTTTATGACAATCAAACTTATTAGAATGTTTTTAATTATAACCAGGATGGTGAATCAAATGTATTACAATGATTCACCAGCCTGGTTTTTTATTAAAAACCAAACTTATTAGAATGGTTCACCTTCCTGGTTTTATGGTGACAACGTCCGTGGTGAGAATGCAATGCGACTTATGGAGATGTGTGAATGAGATCTGATCTGATAGATAGTTCTGAAACACAGGCCAATCGGGGAACTGGATAACAGTTAGtggataaaacacaggcctatcGGGGAGCTGGATAACAGGCCTATCGGGGAGCTGGATAACAGGCCTATCGGGGAGCTGGATAACAGGCCTATCGGGGAGCTGGATAACAGGCCTATCGGGGAGCTGGATAACAGGCCTATCGGGGAGCTGGATAACAGGTAGtggataaaacacaggcctatcGGGGAGCTGGATAACAGTTAGtggataaaacacaggcctatcGGGGAGCTGGATAACAGGCCTATCGGGGAGCTGGATAACAGGCCTATCGGGGAGCTGGATAACAGGTAGtggataaaacacaggcctatcGGGGAGCTGGATAACAGTTAGtggataaaacacaggcctatcGGGGAGCTGGATAACAGTTAGtggataaaacacaggcctatcGGGGAGCTGGATAACAGGCCTATCAGGGAGCTGGATAACAGGCCTATCAGGGAGCTGGATAACAGGTAGTGGATAAAACACAGGCCAATCAGGGAGCTGGATAACAGTTAGTGGATAAAACACAGGCCAATCGGGGAACTGGATAACAGTTAGtggataaaacacaggcctatcGGGGAGCTGGATAACAGTTAGTGGATAAAACACAGGCCAATCGGGGAGCTGGATAACAGGTAGtggataaaacacaggcctatcaGGGAGCTGGATAACAGTTACTGGATAAAACACAGGCCAATCGGGGAGCAGGATAACAGTTAGtggataaaacacaggcctatcaGGGAGCTGGATAACAGTTAGTGGATAAAACACAGGCCAATCGGGGAGCTGGATAACAGTTAGtggataaaacacaggcctatcaGGGAGCTGGATAACAGTTAGTGGATAAAACACAGGCCAATCGGGGAGCTGGATAACAGTTAGtggataaaacacaggcctatcGGGGAGCTGGATAACAGTTAGtggataaaacacaggcctatcGGGGAGCTGGATAACAGTTAGTGGATAAAACACAGGCCAATCGGGGAGCTGGATAACAGGTAGtggataaaacacaggcctatcaGGGAGCTGGATAACAGTTAGTGGATAAAACACAGGCCAATCGGGGAGCTGGATAACAGGTAGTGGATAAAACACAGGCCAATCGGGGAGCTGGATAACAGGCCTATCAGGGAGCTGGATAACAGTTAGtggataaaacacaggcctatcGGGGAGCTGGATAACAGGCCTATCGGGGAGCAGGATAACATTTAGtggataaaacacaggcctatcGGGGAGCAGTATAACAGTTAGtggataaaacacaggcctatcaGGGAGCAGTATAACAGGCCTATCGGGGAGCAGTATAACAGTTAGtggataaaacacaggcctatcagggagctggataacagttagtggataaaacacaggcctatcagggagcagtataacagttagtggataaaacacaggcctatcGGGGAGCTGGATAACAGGCCTATCAGGGAGCTGGATAACAGTTAGtggataaaacacaggcctatcGGGGAGCTGGATAACAGGCCTATCGGGGAGCAGGATAACATTTAGtggataaaacacaggcctatcGGGGAGCAGTATAACAGTTAGtggataaaacacaggcctatcaGGGAGCAGTATAACAGGCCTATCGGGGAGCAGTATAACAGTTAGtggataaaacacaggcctatcagggagctggataacagttagtggataaaacacaggcctatcagggagcagtataacagttagtggataaaacacaggcctatcGGGGAGCTGGATAACAGGCCTATCAGGGAGCTGGATAACAGTTAGTGGATAAAACACAGGCCAATCAGGGAGCTGGATAACAGTTAGtggataaaacacaggcctatcagggagcagtataacagttagtggataaaacacaggcctatcagggagcaggataacagttagtggataaaacacaggcctatcGGGGAGCAGTATATCAGGCCTATCGGGGAGCAGGATAACAGTTAGtggataaaacacaggcctatcGGGGAGCTGGATAACAGGCCTATCAGGGAGCTGGATAACAGTTAGTGGATAAAACACAGGCCAATCAGGGAGCTGGATAACAGTTAGtggataaaacacaggcctatcagggagcagtataacagttagtggataaaacacaggcctatcagggagcaggataacagttagtggataaaacacaggcctatcagggagcagtataacagttagtggataaaacacaggcctatcaGGGAGCAGTATAACAGGCCTATCGGGGAGCAGTATAACAGTTAGtggataaaacacaggcctatcagggagcagtataacagttagtggataaaacacaggcctatcagggagcaggataacagttagtggataaaacacaggcctatcagggagcagtataacagttagtggataaaacacaggcctatcGGGGAGCTGGATAACAGTTAGtggataaaacacaggcctatcagggagctggataacaggcctatcagggagctggataacagttagtggataaaacacaggcctatcagggagcagtataacagttagtggataaaacacaggcctatcagggagcagtataacagttagtggataaaacacaggcctatcagggagcagtataacagttagtggataaaacacaggcctatcagggagcaggataacagttagtggataaaacacaggcctatcagggagcagtataacagttagtggataaaacacaggcctatcaGGGAGCAGTATAACAGGCCTATCGGGGAGCAGTATAACAGTTAGtggataaaacacaggcctatcagggagcagtataacagttagtggataaaacacaggcctatcagggagcaggataacagttagtggataaaacacaggcctatcagggagcagtataacagttagtggataaaacacaggcctatcGGGGAGCTGGATAACAGTTAGtggataaaacacaggcctatcagggagctggataacaggcctatcagggagctggataacagttagtggataaaacacaggcctatcagggagcagtataacaggtagtggataaaacacaggcctatcaGGGAGCAGTATAACAGGCCTATCGGGGAGCAGGATAACAGTTAGtggataaaacacaggcctatcaGGGAGCAGTATAACAGGCCTATCGGGGAGCAGGATAACAGTTAGtggataaaacacaggcctatcaGGGAGCAGTATAACAGGCCTATCGGGGAGCAGGATAACAGTCAGtggataaaacacaggcctatcaGGGAGCAGTATAACAAGCCTATCGGGGAGCAGGATAACAGTTAGtggataaaacacaggcctatcaGGGAGCAGTATAACAGGCCTATCGGGGAGCAGTATAACAGTTAGtggataaaacacaggcctatcGGGGAGCTGGATAACAGTTAGtggataaaacacaggcctatcagggagcagtataacagttagtggataaaacacaggcctatcagggagcagtataacagttagtggataaaacacaggcctatcagggagcagtataacaggcctatcaGGGAGCAGTATAACAGGCCTATCGGGGAGCAGGATAACAGTTAGtggataaaacacaggcctatcagggagcagtataacagttagtggataaaacacaggcctatcagggagcagtataacagttagtggataaaacacaggcctatcaGGGAGCAGTATAGCAGTTAGtggataaaacacaggcctatcagggagcagtataacagttagtggataaaacacaggcctatcaGGGAGCAGTATAACAGTTAGTGGATAAAACACAGGCCAATCGGGGAGCTGGACAACAGTTAGtggataaaacacaggcctatcaGGGAGCTGGATAACAGGCCTATCAGGAAGCAGGATAACAGGTAGTGGacattctctctctttatattggatctttGTCCAGCTACTGTGGATGTGCTGTAAAACCCTCTATAGTCCTTGTTGTTTAATATTATATGGCCACGGGGAGAAATGATGGCGCCTGTAAGTTTGACACTATTTCAAACAAGTTGTTGTTTCGTTTTGTTTAGAATTTGATTACACTTATTCCCTCTCTTTTTAGTTTGTCAATAATAATTGTATTCTTGTTTATTGACAATGTTTGGCATGTCCATAATGCAATTTACAGCAGGCCATGCCCCTATATCAGTAGGAATGCTATGTAGGCCAtgcccctatatcagtgggaatgctatgtaggccATGCCTCTACATCAGTGGGAATGCTGTGTAGGCCATGCCTCTACatcagtgggaatgctatgtaggccatgcccctatatcagtgggaatgctatgtaggccatgcccct

Function

GO: NA

KEGG: NA

JBrowse2

Neighbor

RNA id RNA type direction distance location representative gene id
TU2507290 lncRNA upstream 59818 2771906 ~ 2772195 (+) True G2191995
TU2507288 lncRNA upstream 72920 2758890 ~ 2759093 (+) True G2191993
TU2507282 lncRNA upstream 88212 2743481 ~ 2743801 (+) True G2191987
TU2507266 lncRNA upstream 111370 2720386 ~ 2720643 (+) True G2191972
TU2507259 lncRNA upstream 115495 2716268 ~ 2716518 (+) True G2191965
TU2507347 lncRNA downstream 37418 2874566 ~ 2874872 (+) True G2192047
TU2507349 lncRNA downstream 40035 2877183 ~ 2877665 (+) True G2192049
TU2507354 lncRNA downstream 81694 2918842 ~ 2920294 (+) False G2192054
TU2507355 lncRNA downstream 81694 2918842 ~ 2920294 (+) True G2192054
TU2507371 lncRNA downstream 85753 2922901 ~ 2924465 (+) False G2192059
XM_036968823.1 mRNA upstream 198729 2594448 ~ 2633284 (+) False zwilch
XM_036968821.1 mRNA upstream 198729 2594450 ~ 2633284 (+) True zwilch
XM_036968822.1 mRNA upstream 198868 2594442 ~ 2633145 (+) False zwilch
XM_036968824.1 mRNA upstream 208976 2594444 ~ 2623037 (+) False zwilch
XM_036968829.1 mRNA upstream 244159 2535960 ~ 2587854 (+) True map2k1
XM_036968631.1 mRNA downstream 55786 2892934 ~ 2915974 (+) False smad3b
XM_036968629.1 mRNA downstream 103945 2941093 ~ 3052608 (+) False iqch
XM_036968627.1 mRNA downstream 103946 2941094 ~ 3052608 (+) False iqch
XM_036968630.1 mRNA downstream 103947 2941095 ~ 3052608 (+) False iqch
XM_036968628.1 mRNA downstream 103948 2941096 ~ 3052608 (+) False iqch
TU2507289 other upstream 69041 2760260 ~ 2762972 (+) True G2191994
TU2506803 other upstream 584511 2247064 ~ 2247502 (+) True G2191616
TU2506051 other upstream 1149964 1681554 ~ 1682049 (+) True G2191047
TU2505853 other upstream 1579062 1251666 ~ 1252951 (+) True G2190881
TU2505851 other upstream 1579724 1251666 ~ 1252289 (+) False G2190881
TU2507357 other downstream 56087 2893235 ~ 2909182 (+) True smad3b
TU2507374 other downstream 85753 2922901 ~ 2924465 (+) True G2192059
TU2507365 other downstream 203272 3040420 ~ 3052452 (+) True iqch
TU2507745 other downstream 947359 3784507 ~ 3785708 (+) False LOC110521165
TU2507833 other downstream 1072956 3910104 ~ 3910366 (+) True G2192425

Expression Profile